自分の前から姿を消した親友・小坂菜緒の行方を探して、馬路須加女学園に転校した遠藤さくら。
彼女はラッパッパ四天王との激戦を乗り越え、名をツクヨミと改めた菜緒とついに再会するのだが、マジ女の宿敵である矢場久根女子商業の総長・シュラから、彼女の目的は義理の姉である先代のラッパッパ四天王・おたべの命を奪った抗争を仕組んだ、捨照護路高校と九龍グループへの復讐であることを知る。
矢場久根や捨照護路の襲撃を経て、同じ学年のゼロやタイヨウら四天王とも友情を育んださくらは、廃墟ビルにて捨照護路との死闘を制し、復讐に燃えるツクヨミと1対1でぶつかり合う。
鬼邪高校・全日制の生徒である花岡楓士雄や、元ムゲンのメンバーで山王連合会を率いるコブラ達も見守る中で、さくらは思いの全てを拳に込め、かつてのツクヨミの心を取り戻した。
そんな中、九龍グループ総裁・九世龍心が逮捕されたとの報せが入り、街に平和な日々が戻るかと思われたが、突如としてSWORDの各地が奇襲を受ける。
新たに暗躍し始めたのは、＜湾岸地区＞に住み着く＜DOUBT＞と＜MIGHTY WARRIORS＞というチームだった。
さらに、隣接する＜戸亜留市＞という街で＜殺しの軍団＞と恐れられる不良校＜鳳仙学園＞もまた、ある事件をきっかけに鬼邪高と衝突することになる。
状況が混沌と化していく中、トップを失ったはずの九龍と、その計画に賛同する組織＜クライシス財閥＞も動き出す。
彼らは一般の不良少女よりも戦闘力が優れた＜クリーナー＞という暗殺集団を、刺客としてマジ女に差し向ける。
SWORDやマジ女、さくらとツクヨミ達に、最大の危機が迫ろうとしていた――