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歴代天皇は長年、伊勢神宮に参拝しなかった歴史があり、最初に現役の天皇が参拝したのは、明治２（1869）年の明治天皇（122代）で、持統天皇（41代）は、持統６（692）年３月に、聖武天皇（45代）は、天平12（740）年11月に、伊勢へ行幸しましたが、神宮への参拝は、確認されていません。
「日本書紀」によると、かつてアマテラスは、天皇の宮殿で祭祀されていましたが、崇神６年には、崇神天皇（10代）が、神威が強力で同居が不安なため、娘のトヨスキイリヒメに祭祀を委託し、大和・笠縫邑（かさぬいむら、所在不明）へ遷宮、堅固な石の区画の神籬（ひもろぎ）を造営しました。
垂仁25年３月10日には、垂仁天皇（11代）が、トヨスキイリヒメを交代させ、娘のヤマトヒメに祭祀を委託し、アマテラスの理想的な遷座地を追い求め、大和の宇陀から近江・美濃を巡行、伊勢に落ち着き、祠（ほこら）を設置し、五十鈴川の畔に斎王の宮殿（磯宮／いそのみや）を建立したとあります。
これらが、伊勢神宮・内宮と斎宮の前身ですが、ここでは、「神威が強力で同居が不安だった」という以外の、歴代天皇が伊勢神宮に参拝しなかった理由を、考えてみたいと思います。
●律令制下
「続日本紀」によると、文武２（698）年９月10日に、天武天皇（40代）の娘・タキノヒメ（父の病気治癒祈願のため、天武15年４月27日に、伊勢参拝の経験あり）が、斎宮として、伊勢に派遣・奉仕し、その同年12月29日に、多気大神宮が、度会郡に遷宮されました。
この遷宮先が、現在地の伊勢神宮とみられるので、律令制を確立しようとする同時期に、伊勢神宮が整備され、アマテラスを祭神とし、大宝元（701）年８月３日に完成した大宝律令で、伊勢神宮を諸国の神社の最高位に格付されています。
そして、日本の古代律令制は、政治部門の太政官と、祭祀部門の神祇官が、各々独立した最高機関で（二官八省制）、天皇は、その双方から超越した存在に位置づけられています。
なので、もし、天皇が伊勢神宮に参拝すれば、神祇官の傘下の頂点である、伊勢神宮のもとに組み込まれ、神祇官‐伊勢神宮‐天皇‐太政官‐…の序列になったとも、受け取られかねないので、斎王による代理参拝としたのではないでしょうか。
上古・古代の天皇が、特定の神だけに固執せず、天上・地上の大勢（八百万／やおよろず）の神々を広範に祭祀したのは（天神地祇）、不特定多数にしておくことで、神より天皇の権威が優越できるからとされています。
よって、歴代天皇は、超越的な地位を維持するため、未婚の女性皇族を神社に派遣する、斎王制度を採用したとみられ、斎王は、伊勢神宮（斎宮）と、上下賀茂神社（斎院）があります。
▽古代の官制
○伊勢神宮の斎宮制度
現在地の伊勢神宮の斎王は、飛鳥後期の文武天皇（42代）の時代から、南北朝期の後醍醐天皇（96代）の時代まで継続し、斎王が生活する斎宮は、神宮から約15kmの距離にある、伊勢国多気郡（現・三重県明和町）にあり、平安京と同様、側溝付道路で碁盤目状に区画された都市が形成されていました。
斎王が伊勢神宮に参拝するのは、６・12月の月次（つきなみ）祭と、９月の神嘗（かんなめ）祭の、年３度のみで、しかも、斎王が伊勢神宮の祭祀を主宰するわけでなく、普段は斎王の宮殿で遥拝する程度なので、アマテラスは皇祖神なのに、天皇や斎王にとって、近くて遠い微妙な存在です。
この他に、斎宮の役所（斎宮寮）は、２月の祈年祭と11月の新嘗祭に、伊勢神宮領内の115座の神々へ、幣帛（へいはく、食物以外の供物）を分配しました。
○賀茂神社の斎院制度
上下賀茂神社の斎王は、伊勢神宮を手本とし、平安初期の嵯峨天皇（52代）の時代（平城太上天皇の変・810年）から、鎌倉前期の後鳥羽天皇（82代）の時代（承久の乱・1221年）まで継続し、斎王が生活する斎院は、山城国愛宕（おたぎ）郡紫野（現・京都市北区）にありました。
嵯峨天皇が、兄の平城上皇（51代）と平城京への再度遷都をめぐって対立した際、上下賀茂神社の祭神・賀茂の大神（おおかみ）に勝利を祈願し、それが成就したのがきっかけで、それ以降、平安京の守護神となりました。
伊勢の斎宮と賀茂の斎宮の両方が存続していた時期には、遠い伊勢よりも、近い賀茂のほうが、重視されていたようで、比較的、生母の出自が高く、赴任の期間も長い傾向にあります。
こちらの斎王は、４月の賀茂祭（現・葵祭／あおいまつり）を主宰しており、斎院は、平安京に近接する位置にあったので、貴族仲間がしばしば訪問・社交し、女流文学が生み出されました。
●律令制が形骸化する発端からの神社行幸
神祇官制の変遷を簡単にまとめると、奈良期までの天武系は、比較的、神に近い天皇なので、全国の有力神社（官社）へ国家的に介入し、平安前期からの天智系は、人に近い天皇なので、中央の有力神社（官幣社）に限定・合理化していき、平安中期には、特定の神社へ個別的に介入するようになりました。
そうなったのは、10世紀前半に、古代律令制が変容した影響とみられ、朝廷は、醍醐天皇（60代）の時代まで、中央集権（公地公民）を立て直そうとしましたが、朱雀天皇（61代）の時代から、中央集権を断念し、諸国の国司には、朝廷に一定額を納付すれば、国司の裁量で徴税するのを容認しました。
すると、国司達は、戸籍調査・作成等の管理が煩雑な、個人への課税から、管理の容易な、土地への課税へ転換したので、これ以降、しだいに律令制が形骸化していき、地方分権へと移行（王朝国家制→荘園公領制）、これとほぼ同時期から、大半の天皇が、京都近郊の神社を行幸するようになっています。
朱雀天皇は、平将門の乱（939-940年）・藤原純友の乱（939-941年）平定の感謝のため、天慶５（942）年４月29日に、平安京の守護神とされていた、賀茂の大神が祭神の上下賀茂神社に行幸しており、これが最初の現役の天皇による神社行幸といわれています。
これをきっかけに、10世紀後半・円融天皇（64代）の３社→一条天皇（66代）の７社→11世紀後半・後三条天皇（71代）の10社と、神社行幸数が拡大していきました。
ただし、神社行幸しても、天皇が直接参拝するのではなく、神前から多少距離のある御殿から使者を派遣した代理参拝で、即位前の皇太子や譲位後の上皇ならば、神前で参拝できました（伊勢神宮でも）。
しかし、13世紀前半・承久の乱での朝廷の敗北と、皇室の持明院統と大覚寺統の分裂・対立（両統迭立）で、神社行幸数もしだいに減少していき、14世紀前半・後醍醐天皇（96代）の６社が最後です。
南北朝の動乱になると、北朝の天皇は、引き籠もり、南朝の天皇は、動き廻り、南北朝合一以降、歴代天皇は、ほとんど行幸しなくなりました。
朱雀天皇から後醍醐天皇までの神社行幸は、以下に示す通りです。
なお、石清水八幡宮（京都府八幡市）の祭神は、応神天皇（15代）、春日大社（奈良市）・大原野神社（京都市、長岡京遷都の際に、春日大社から分祀）の祭神は、藤原氏の氏神で、藤原氏は、天皇の外戚（母方の家族）になり、摂関政治を主導しました。
平野神社の祭神は、桓武天皇（50代）の生母・高野新笠（にいかさ、百済系氏族）の祖先神とされ、平安京遷都の際に、大和国から移転させたようで、新笠の夫＋子の光仁（49代）・桓武の２天皇は、天武系が断絶し、天智系へと転換した、始祖といえます。
‐61代・朱雀＝１社：上下賀茂神社
‐62代・村上
‐63代・冷泉
‐64代・円融＝３社：石清水八幡宮・賀茂・平野神社
‐65代・花山
‐66代・一条＝７社：石清水・賀茂・春日大社・平野・大原野神社・松尾大社・北野天満宮
‐67代・三条＝２社：石清水・賀茂
‐68代・後一条＝７社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野
‐69代・後朱雀＝７社：石清水・賀茂・春日・平野・北野・大原野・松尾
‐70代・後冷泉＝７社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野
‐71代・後三条＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・北野・大原野・松尾・日吉大社・伏見稲荷大社・八坂神社
‐72代・白河＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野・日吉・伏見・八坂
‐73代・堀河＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野・日吉・伏見・八坂
‐74代・鳥羽＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野・日吉・伏見・八坂
‐75代・崇徳＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野・日吉・伏見・八坂
‐76代・近衛＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野・日吉・伏見・八坂
‐77代・後白河＝３社：石清水・賀茂・春日
‐78代・二条＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野・日吉・伏見・八坂
‐79代・六条
‐80代・高倉＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野・日吉・伏見・八坂
‐81代・安徳
‐82代・後鳥羽＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野・日吉・伏見・八坂
‐83代・土御門＝３社：石清水・賀茂・春日
‐84代・順徳＝10社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野・松尾・北野・日吉・伏見・八坂
‐85代・仲恭
‐86代・後堀河＝５社：石清水・賀茂・春日・平野・北野
‐87代・四条＝５社：石清水・賀茂・春日・平野・大原野
‐88代・後嵯峨＝３社：石清水・賀茂・春日
‐89代・後深草＝３社：石清水・賀茂・春日
‐90代・亀山＝３社：石清水・賀茂・春日
‐91代・後宇多＝３社：石清水・賀茂・春日
‐92代・伏見＝２社：石清水・賀茂
‐93代・後伏見
‐94代・後二条
‐95代・花園
‐96代・後醍醐＝６社：石清水・賀茂・春日・日吉・平野・北野
‐121代・孝明＝２社：賀茂・石清水
‐122代・明治：伊勢神宮４度
‐123代・大正：伊勢１度
‐124代・昭和：伊勢11度
※下線：摂関政治
●幕末の神社行幸の復活
天皇の神社行幸が復活したのは、幕末の孝明天皇（121代）で、かれは、攘夷祈願のため、上下賀茂神社（文久３／1863年３月11日）・石清水八幡宮（同年４月11日）に行幸し、直接参拝しており、その際、徳川家茂（いえもち、14代将軍）・藩主等の武家や、関白・大臣等の公家も、随行させています。
孝明天皇は、開港・領事の設置や、船舶への燃料・食料の提供等の、日米和親条約（1854年）は、容認した一方、領事裁判権あり・関税自主権なし等の不平等な日米修好通商条約（1858年）は、断固拒絶しましたが、尊皇攘夷・公武合体のための賀茂・石清水への神社行幸は、不本意だったようです。
そののちには、孝明天皇の神武天皇陵・春日大社・伊勢神宮参拝も、計画されていたようですが、八月十八日の政変（1863年）で、攘夷派が京都から追放され、参拝計画も中止になり、しだいに討幕派が優勢になっていき、孝明天皇は、慶応２年12月25日（1867年１月30日）に37歳で急死しました。
孝明天皇の神社直接参拝は、これまでの慣習を打ち破った出来事といえ、これは、明治天皇（122代）以降も、行幸先の神社直接参拝等で、引き継がれていきます。
●近代天皇の伊勢神宮参拝
慶応３年10月14日（1867年11月９日）に、徳川慶喜（よしのぶ、15代将軍）の大政奉還で、江戸幕府が政権を返上し、王政復古の大号令で、太政官・神祇官や摂政・関白等が廃止され、維新政府が樹立されると、形骸化しつつも存続していた古代律令制が、ようやく廃絶されました。
しかし、当初は、国家機関が、慶応３（1867）年12月９日に、三職制（総裁・議定・参与）、慶応４（1868）年１月17日に、三職七科制（神祇事務科、他に５科１寮）、その同年２月３日に、三職八局制（神祇事務局、他に７局）と、頻繁に改変されています。
そして、そののちも、次のような３種の太政官制や、内閣制等に改変されており、その中で、明治天皇が即位し、東京へ２度行幸（最終的に京都へ帰郷せず、東京に移住）、伊勢神宮へ４度参拝しています。
▽近代の官制
・慶応３年１月９日（1867年２月13日）：明治天皇が、即位
○太政官制（七官制）：慶応４＝明治元年閏４月21日（1868年６月11日）
太政官‐行政官（他に刑法官・議政官の２官）‐神祇官（他に４官）
・明治元年９月20日（1868年11月４日）～10月13日（11月26日）：明治天皇の１度目の東京行幸
・明治元年12月８日（1869年１月20日）～12月22日（２月３日）：明治天皇が、京都に一時帰郷
・明治２年３月７日（1869年４月18日）～３月28日（５月９日）：明治天皇の２度目の東京行幸（東京奠都／てんと）
※明治２年３月12日（1869年４月23日）：明治天皇の１度目の伊勢神宮参拝
○太政官制（二官六省制）：明治２年７月８日（1869年８月15日）
神祇官と太政官（下に６省）が対等
○太政官制（三院制）：明治４年７月29日（1871年９月13日）
太政官‐正院（他に右院・左院で３院）‐神祇省（他に７省）
・明治４（1871）年11月17日：明治天皇が、東京で大嘗祭
※明治５（1872）年：明治天皇の２度目の伊勢神宮参拝
※明治13（1880）年：明治天皇の３度目の伊勢神宮参拝
○内閣制：明治18（1885）年12月22日
内閣‐９省
○帝国憲法下の内閣官制：明治23（1890）年11月29日
内閣‐９省
※明治38（1905）年：明治天皇の４度目の伊勢神宮参拝
このうち、二官六省制は、太政官と神祇官が最高機関として各々独立した、古代律令制を復活させており、注意すべきは、その時期に、明治天皇が伊勢神宮へ参拝していないことで、これは、おそらく維新政府が意図的にしたことではなく、結果的にそうなったと、みられます。
七官制下の神祇官や、三院制下の神祇省・教部省（明治５／1872年４月21日～）・内務省社寺局（明治10／1877年１月11日～）、内閣官制下の神社局（明治33／1900年４月26日～）・神祇院（昭和15／1940年11月９日～昭和21／1946年２月２日）は、太政官や内閣の傘下に位置づけられています。
つまり、天皇は、唯一の最高機関である、太政官制・帝国憲法下の内閣官制で、すでに超越した存在を確保しているので、その傘下の一部である、伊勢神宮を参拝しても、問題ありとは判断されません。
一方、古代・近代の二官制だけは、双方が独立しているので、神祇官‐伊勢神宮‐天皇‐太政官‐…の序列になったとも受け取られかねないので、双方独立と矛盾することになり、歴代天皇が伊勢神宮に参拝しなかった理由は、ここにあったのではないでしょうか。
近代の神道は、儀礼面が神道由来でも、教義面が儒教由来で、明治天皇の伊勢神宮参拝も、祖霊信仰・祖先崇拝を重視する、儒教の影響といえます。
ちなみに、最高機関の改変をみると、律令制下の二官制での太政官と神祇官の２者独立が、帝国憲法下の内閣官制での内閣と陸軍・海軍の３者独立へ、置き換わり、政事でない他方が、祭事から軍事へ切り替えられています。
そのうえで、天皇は、超越的な地位から、学校には教育勅語で、軍部には軍人勅諭で、儒教道徳（忠孝一致・家族国家観等）を強要するようになり、やがて、臣民には、天皇尊崇の神社参拝も強制しました。