ピーチサーキット（任天堂公式記録 0'48"88）
キノコ城（ピーチ城）が背景にあるコース。最初のコースとあって難易度は低い。様々なコーナーがあり、ドリフトの練習ができるようになっている。後発の『マリオカートDS』にも登場。
浜辺を走る海系コース。奥にヘイホーの海賊船があり、弾を撃ってくる。この弾の落下位置は固定。敵キャラクターのカニさんも多数点在している。
後発の『マリオカートWii』にも登場しバナナカップに昇格。砲弾に当たったり爆風に巻き込まれるとクラッシュするようになった。
リバーサイドパーク（任天堂公式記録 0'56"78）
名称通り、川沿いに作られた自然系コース。道幅は広い。ダッシュバンやキノコを使ったショートカットが存在する。路面は滑りやすい傾向にある。
クッパキャッスル1（任天堂公式記録 0'44"93）
クッパの作ったコース。道幅は広く、直線と直角コーナーで構成されている。コース終盤、マグマ上を飛ぶジャンプ台があり、飛びそこねるとマグマに落ちてしまう。本作品の新作コースの中では最も全長距離が短い。後発の『マリオカート7』にも登場し、そちらでの唯一の本作由来コースとなっている。
クッパキャッスル系統の音楽は『スーパーマリオ64』におけるクッパとの対決時の音楽のアレンジが使用されている。
マリオサーキット（任天堂公式記録 0'59"81）
マリオの横顔がモチーフのサーキット。コース全長は短めだが、ヘアピンや連続コーナーがあり、難易度はやや高い。ゴール手前にピットがあり、ダッシュ板がある。のちに『マリオカート8』にも登場し、コウラカップに降格。そちらでのオリジナル版唯一の本作由来コースとなっていると同時にヘアピン付近が反重力ゾーンに変更されている。
テレサレイク（任天堂公式記録 1'17"86）
暗闇の中を走るコース。コース序盤にジャンプ台があり、コースの端にある壁に激突するとタイルが消えてしまい、タイムトライアルではゴーストをセーブすることが出来なくなる。更に、コースには見えにくい青い橋もある。
余談だが、BGMの一部に、SFC版のコース「おばけぬま」のフレーズが含まれている。
チーズランド（任天堂公式記録 0'55"86）
夜のチーズランドを走るコース。道幅は広いが、路面が滑りやすい。コース中盤には立体交差、終盤にはチューさんが点在しており、難易度はそこそこ高い。のちに『マリオカート8』のダウンロードコンテンツとして登場するが、時間帯も昼に変更された。さらに一部が反重力エリアである上、また、チューさんが鎖につながれた巨大ワンワン2体に代わっている。
クッパキャッスル2（任天堂公式記録 1'08"73）
クッパの作ったコース。路面に穴が開いていたり、ジャンプ台が多くあったりと、「クッパキャッスル1」よりも難易度は上がっている。
後発の『マリオカートDS』にも登場。非常にどうでもいいが、そちらではGBA版で出来なかった逆走が可能になった。
ルイージサーキット（任天堂公式記録 1'16"96）
常に雨が降っているテクニカルコース。滑りやすくなってはいないが、所々にある水溜りにはまるとスピンしてしまう。コース終盤に、壁と壁の間の隙間があってショートカットすることが可能だが、悪路にあって速度が落ちやすい上に隙間も小さい（カート1.5台分の狭さ）為、ショートカットを成功するには高い技術力が求められる。気球船の飛行場があり、次の「スカイガーデン」と繋がっている。後発の『マリオカートDS』にも登場しこのはカップに昇格するが、前述のショートカットポイントが削除されている。
スカイガーデン（任天堂公式記録 1'00"75）
空に浮かぶコース。コースの幅は広く、特に障害物はないが、フェンスが無いためにコースアウトしやすい。前述の『ルイージサーキット』と繋がっており、『ルイージサーキット』にいた飛行船が登場する。後発の『マリオカートDS』にも登場し、なお同じカップ名だが、一番難しいレトロカップとなったサンダーカップに昇格。『マリオカート8』に同名のコースが登場するがこちらとは一切異なる。
プクプクアイランド>（任天堂公式記録 1'06"40）
夕焼けの砂浜を走る、点在する島々を橋で繋いだ海系コース。道が分かれる場所が多数ある。比較的、凶悪なトラップは少なく、途中アホウドリさんが日向ぼっこしている。
サンセットこうや（任天堂公式記録 1'15"28）
荒野の道を走る凸凹コース。ゴールする頃には背景が夜になる。沼やヘイホーの住むテントが障害物となっている。
スノーランド（任天堂公式記録 1'20"78）
雪が降り積もるコース。コースそのものは広いが、路面は凍結していて非常に滑りやすい。また、ペンギンや雪だるまなどの障害もある。
リボンロード（任天堂公式記録 1'05"36)
赤い道路がリボンのようになっているコース。背景はプレゼントの箱で埋め尽くされている。コースに散在するダッシュバンや、立体交差が特徴的。ショートカットできる場所も存在する。
後に『マリオカート8』の追加コンテンツとして再登場するが、背景が大きく変更されて子供部屋をミニチュア感覚で走るコースになり、コース自体も高低差がつけられてレイアウトが一新された。また、BGMも大幅にアレンジが加わっている。
ヨッシーさばく（任天堂公式記録 1'18"85）
砂漠のコース。スフィンクスのような像があり、パックンフラワーが砂漠の渦に潜んでいる。路面状態はあまり良くなく、道幅も狭いので難易度は高い。
クッパキャッスル3（任天堂公式記録 1'25"71）
クッパ城の外側に位置するコース。それまでの「クッパキャッスル」コース同様に、ドッスンやバブルといった障害物もある。道幅は狭く、中盤にジャンプ台が多くある。
後発の『マリオカートWii』にも登場するが、ゴール手前で登場するカメックは登場しなくなった。
レイクサイドパーク（任天堂公式記録 1'04"23）火山付近の自然系コース。道幅は広いが、難易度は高い。コース中盤に火山弾が飛んできて、終盤には立体交差がある。2周目以降では、火山の噴火が始まる。また、「リバーサイドパーク」同様、スーパーキノコやダッシュ板を使ったショートカットが可能。
オンボロさんばし（任天堂公式記録 0'52"38）山奥の建物の近くで行われるコース。「テレサレイク」とは異なり、所々木が腐食して床が抜けている場所がある。中盤にテレサがうろついており、接触するとスピードが落ちてしまう。こちらには見えにくい青い橋が至る所にある。
クッパキャッスル4（任天堂公式記録 1'42"03）本作品の全40コースの中では最長となるコース。道幅はかなり狭く複雑なコースになっている。ドッスン・バブルに加えてメカクッパも障害物として登場する、「クッパキャッスル」コースの集大成。
レインボーロード（任天堂公式記録 0'48"23）シリーズ恒例の虹の道。難易度は非常に高い。コース上の至る所にダッシュ板があり、流れ星や雷雲などの障害物も点在。コースの端はスタート地点を除いてフェンスがなく、ジャンプ台になっていることから、ダッシュキノコを利用したショートカットが可能となっている。BGMのイントロが『スーパーマリオカート』の同名コースのアレンジしたものが使用されている。またファイナルラップ時のBGMはイントロを除いた所から始まる。