ルイージサーキット
サーキットコース。全長は717m。道幅は広く、コーナーも緩やかで走りやすいため、難易度は低い。また1位のキャラクターが2周目に入ると、アイテムボックスをぶら下げた気球が現れるが、このアイテムボックスを取ると、必ずトゲゾーこうらが出る。タイムアタックモードで1分50秒以下を記録すると、開発スタッフがプレイしたゴーストが出現する。どう速く走ったとしても1分39秒台が今のところ限界である。マリオカート7で再登場しているが、そちらでは、グライドボードと水中が両方ともないコースである。また、気球にぶら下がったアイテムボックスは普通の仕様に変更された。モーモーファーム
のどかな牧場の中を走り抜けるコース。全長は今作で最も一周の距離が短い527m。路面が凸凹しており、インコースにはところどころチョロプーが出現し、ぶつかるとクラッシュする。マリオカート ダブルダッシュ‼︎、マリオカートWiiでは、キノコブリッジとキノコシティとWii版のムーンリッジ＆ハイウェイを走るトラックにロゴを確認できる。マリオカートDSで再登場している。ノコノコビーチ
無人島の海岸を舞台とする海系コース。全長は691m。キノコを使って洞窟を走り抜けるショートカットがある（100cc以上では、キノコ無しでも入れる）。砂浜にいるカニを踏んだり接触するとスピンしてしまう。海に入っても走行できるが、深いところまで進むとコースアウトになる。しかし、前述の洞窟あたりの湖のような海には、最深部まで水没しても救出されず沈み続けることがあり、放っておいてもキャラクターがブクブクと水没していくだけのため、その際は自力で脱出するしかないが、大幅なタイムロスとなってしまう。また、一部の岩場をジャンプし続けて登ると水没する。潮の満ち引きがあり、干潮時にしか通れない道が出現する。大きな岩の上のブロックは、必ずトゲゾー甲羅が出る。マリオカート7で再登場しているが、バナナカップに昇格。コースは大幅に変更されている（ショートカットの場所変更、矢印が書かれた段差がダッシュボードに変更、水中走行可など）。カラカラさばく
ぶつかるとクラッシュする2台の蒸気機関車が走る荒野のコース。全長は753m。道幅が狭い上に路面が少し滑りやすく、踏切で機関車が来れば通過するまで待たなければならない。線路内を走行することもできるが、速度が次第に落ちる。トンネル内では通常だと周回判定がないものの、1-2周目のみスター使用時に限り周回判定が付く。マリオカート ダブルダッシュ‼︎では同名のコースが登場するが、こちらは名前が同じだけで中身は全くの別物である。マリオカート7で再登場しているが、このはカップに昇格。トンネルに入るとコースアウトになる代わりに、グライドボードが2つ設置された。また、蒸気機関車が5両から2両（通信時は1両）に減っており、トンネルに入るとコースアウト扱いになる。キノピオハイウェイ
交通量の多い高速道路の道路系コース。全長は三番目に距離が長い1036mで、ぶつかるとクラッシュする車が走行を妨害する。コース前半は3車線だが、後半は2車線に縮小される。アイテムは待避所に集中していて本線上に無い。通常は車はカートと同じ方向に走行するが、ミラーモードでは逆走してきて、その難度は最強のAIであるはずのCPUすらもクラッシュしまくるほど。スターなどで遮音壁の外に吹き飛ばされると水没する。不具合があるためか、COMは待避所を通らずにアイテムを出す。マリオカート7では直接の登場はないが、「ネオクッパシティ」のBGMの一部に、このコースのフレーズが含まれている。マリオカート8で再登場するが、背景が大幅に変更されているほか、遮音壁に飛ばされても水没はしなくなった。また本線上にアイテムボックスが設置され、待避所にはコインが配置。フラッペスノーランド
雪の深いコース。全長は734m。道が凍っており、ぶつかるとクラッシュする雪だるまが至る所に置いてある。コースアウトからの復帰関連で不具合が多く、一部に復帰不能になる箇所もある。マリオカートDSで再登場している。チョコマウンテン
曲がりくねった山道の凸凹コース。全長は687m。道が細く途中のカーブでは落石があり、落下防止用の柵も50ccクラスにしか備え付けられておらず、転落すると大きなタイムロスとなる。マリオカートDSで再登場しているが、このはカップに昇格し、排気量に関わらず落下防止用の板が無い。マリオサーキット
サーキットコース。全長は567mと短いが、大小さまざまなコーナーが控えていて、アイテムよりドライビングテクニックを重視した作りになっている。なお、タイトル画面でRボタンを押すと、タイムアタックで記録された本コースの最高記録が表示され、1分30秒を切ると数字が点滅する他、スタッフによるゴーストが出現する。本ゲーム発売当時、この条件を満たして一部のゲームショップで見せる事で任天堂の公式ライセンスカードが貰えるイベントが開催されていた。マリオカートwiiにも登場する。ワリオスタジアム広大なスタジアムの中に大量の土砂が敷かれたモトクロスのようなコース。全長は二番目に距離が長い1591mで、凹凸の多い路面は走りにくい。大幅なショートカットが可能な箇所がある反面、ジャンプ台から転落したときのタイムロスが大きい。シリーズのスタジアム系コースの中で唯一、サーキット系コースのBGMが使われている。『マリオカートDS』では、同名のコースが登場するが、そちらでは、全くの別物である。シャーベットランド
南極地方のコース。全長は756m。海沿いのコーナーには割れ目があり、海に転落すると凍るため復帰まで時間がかかり、大幅なタイムロスとなる。コース上や途中の洞窟内にはぶつかるとスピンするペンギンがたくさんいる。GC版の同名コースとは全くの別物。マリオカートWiiで再登場しているが、バナナカップに降格。洞窟ではBGMが変化するようになった。 ピーチが造った難易度の高いサーキットコース。全長は1025m。湖を飛び越える大ジャンプが爽快。湖沿いのコーナーはつづら折れになっており、フェンスが無いので転落しやすい。コースの一角には『スーパーマリオ64』の舞台であるピーチ城があり、城の周りも走行可能（本作中の表彰式もここで行われる）。2分40秒以下の記録更新によってスタッフによるゴーストが出現する。マリオカート8でも登場するが、ピーチ城へ行けないうえ、気球やボート等、背景が大きく変わっており、さらに、バナナカップに降格された。クッパキャッスル クッパ城をそのまま使ったコース。全長は777m。建物なのでほとんどのコーナーが直角であり、ドッスン、マグマ、階段、螺旋通路などの仕掛けが満載で、ドライビングテクニックを使いこなさないと難しい。城に入って2つ目の部屋の出口にいるドッスンの数は排気量によって変化し、50ccでは1体、100cc・おまけでは2体、150ccでは3体登場する。マリオカートWiiで再登場しているが、サンダーカップに昇格。城に入って2つ目の部屋の出口にいるドッスンの数は排気量に関係なく3体に固定されている。ドンキージャングルパーク ジャングルを貫いて造られた自然系コース。全長は893m。路肩に乗ると、住民から抗議の石つぶてが飛んでくる（サンダーで小さくなっていると潰れ、タイムアタックのゴーストセーブも不可能。軽量級に至ってはスリップする可能性がある）。川にはスター・テレサ状態でも激突するとクラッシュする遊覧船が登場。マリオカートWiiで再登場しているが、このはカップに降格。石つぶてが飛ばなくなっている。またコース名が「ドンキー」から「DK」となり、遊覧船にぶつかる危険性も無くなり、石つぶても飛んでこなくなった。ヨッシーバレー 岩肌が荒々しい峡谷のコース。全長は772m。道が蜘蛛の巣のように無数に分岐しているため正確な順位が判定出来ず、順位表記が「?」マークになっている。構造上逆走しやすく、柵がほとんど無い上に崖が非常に高いため、転落は大幅なタイムロスになる。峡谷の出口には巨大なヨッシーの卵があり、スターで無敵の状態以外で接触すると潰される。マリオカート8でも登場しており、このはカップに降格。コースの各所に転落を防ぐ為の柵や逆走防止措置の段差が追加された他、背景も観客のヨッシーを始めとして大きく作り変えられ、一部ルートの中では大砲で飛んで行くように変更された。さらに何と信じられないことに順位がわかるようになった。ヒュードロいけ テレサのすみかになっている池のコース。全長は747m。フェンスがほとんど無いので池に転落しやすい。途中の古びた洋館では、コウモリが大量発生している。ドリフト時の音が他のコースと異なる。キキキーという音が嫌いなプレイヤーもさぞ多いことだろう。SFC版のおばけ沼のフレーズが含まれているが、よく聞かないととても分かりづらい。マリオカートDSで再登場した。レインボーロード おなじみ、虹色に輝く美しいコース。全長は2000mで、マリオカート7の同名コースと共にシリーズ史上1周最長だが、本作では1週でゴールではない為に、実際は走行時間と走行距離がさらに長い。コースそのものは簡単な作りで、最初から最後までフェンスが配置されているのでコースアウトの心配が少ない。そのため最終コースの割には難易度もそこまで高くはないが、3匹のワンワンがコースを逆走しており、ぶつかるとクラッシュする。マリオカート8で再登場。ネオンサインが花火に変更されたり、汽車が宙を走っているものが追加されたりと、背景が大きく異なっている。また、フェンスが一部箇所で省略されたり、一部エリアが反重力ゾーンとなるなどコースも大きく変化。マリオカート史上最長コースでもあるため、「グランプリ」「タイムアタック」では1周すればゴールとなるように変更された。ビッグドーナッツドーナツの形をしたコース。内側はマグマだがフェンスが無いので、マグマの中に転落しやすく、壁が4ヶ所あるがそれを除けばシンプルのバトルコースである。
後に『マリオカート7』で再登場する。新たにグライドボードが追加され、一定間隔で出現し、溶岩の上を飛ぶことができるようになった。これを利用してステージ中央に設置されたアイテムボックスを取れるが、時々溶岩から火柱が噴き出し、当たると落下してしまうため注意が必要である。ブロックとりで3段階の高さの砦が4つある。砦は赤・黄・緑・青に色分けされている。高い所から低い位置にいる敵を狙う戦法が有効に使える。後にマリオカートDSで再登場するが、BGMが変更されている。ダブルデッキ 4段階の高さがある「ロ」の字型のフロアーを、斜面でつないで行き来する。4コースの中で最も広く、他のカートと遭いにくい上に、同じ配置の階が2つずつあるため、レーダーでは分かりづらい。
高層ビルの屋上に作られたコース。コースにフェンスが無いので、ビルから転落しやすい。ビルから落ちた後の復帰時間が長い。
