批判的意見 [編集]
「普通、土の1グラム中には約1～10億 もの有用な微生物がいるのに対し、EMは数で圧倒する訳ではなく、EMに含まれる微生物が、最初からいる微生物（日和見菌）を連係させて働かせる事ができ、投入した量以上の効果が出る」「EM技術は波動測定器で検証することができる」という現代科学では解明されていない分野の研究報告もあることから[要出典]、批判視されることがままある。
NPO法人EMあいち（事務所は比嘉が代表取締役を務める株式会社EM生活と同じ）[2][3]が主体となり河川にEM菌（米のとぎ汁等を含む）を投入している。[4]。
しかし福島県では2008年3月、EM菌（有用微生物群）などの微生物資材について「高濃度の有機物が含まれる微生物資材を河川や湖沼に投入すれば汚濁源となる」との見解をまとめ発表している[5]。
日本土壌肥料学会の1996年の「微生物を利用した農業資材の現状と将来」と題した公開シンポジウムにおいてEMが他の資材に比べて効果が低いと報告されるなど効果を疑問視する人も多く[6]、タイの試験研究機関の分析結果として、EM資材中に光合成細菌及び放線菌（Actinomycetes）の存在が確認されなかったとされている。
「科学とニセ科学」レジュメ[7]において、万能を謳うことや他の研究者の批判に対する対応に、疑似科学性が見られると批判されている。
「市民のための環境学ガイド」では「似非科学」の一つとして、EM菌が挙げられている[8]。
実験的研究によれば[要出典]、EM菌にはシアノバクテリアの発生を抑制する効果はない[9]。
runより：批判的な見解というのはこういう物にはつきものなので仕方ないでしょうね。
ぶっちゃけ良くわからないのですが消臭と抗酸化作用があるのが分かりました。
気になるのは「乳酸菌、酵母、光合成細菌を主体とする微生物の共生体」という部分ですね。
ph値が分からないのでまだ何とも言えないのですが飲用は免疫を上げそうです、気をつけるのはこの位ですね。
沖縄で普及したのも納得です、豚小屋が多いので悪臭問題が昔からあったのですが糞尿を液体化させて空気を混ぜ込む様にかき混ぜると臭気が減る方法があり更にEM菌を加えると効果が上がったと聞いています。