・原因（医学的見地から）
花粉症は、患者が空中に飛散している植物の花粉と接触した結果、後天的に免疫を獲得し、その後再び花粉に接触することで過剰な免疫反応、すなわちアレルギー反応を起こすものである。
アレルギーの中でも、IgE（免疫グロブリンE）と肥満細胞（マスト細胞）によるメカニズムが大きく関与する、即時型のI型アレルギーの代表的なものである。
同じI型アレルギーが主であるアトピー性皮膚炎では、IV型のアレルギー反応も部分的に関与するといわれる（症例によってはIII型も関与するといわれるが確証はない）。
花粉症でも、皮膚症状が出る場合は、IV型（すなわち接触性皮膚炎。
いわゆるかぶれである）が関与している場合もあるだろうと考えられている。
ここでは、即時型のI型アレルギーのみを紹介している。
また、一つの仮説としてTh細胞バランスを紹介する。
アレルギー反応のメカニズム
感作成立
花粉症の患者は、症状が現れる以前にそのアレルギーの元（アレルゲン）になる花粉に接触している。
目や鼻などの粘膜に花粉が付着すると、花粉内およびオービクルからアレルゲンとなるタンパク質が溶け出し、マクロファージ（貪食細胞）に取り込まれ、非自己（異物）であると認識される。
この情報は胸腺由来のリンパ球であるヘルパーT細胞のうちのTh2を介し、骨髄由来のリンパ球であるB細胞に伝えられる。
そして、B細胞はその花粉アレルゲンと特異的に反応する抗体を作り出す。
抗体は本来、体内に侵入した病原細菌や毒素などの異物を排除・無害化するためのものであり、ヒトにはIgG、IgM、IgA、IgD、IgEの5つのタイプが存在するが、花粉症の患者で最も重要なのがIgEである。
（こうした抗体が関与する免疫反応を液性免疫という。
）このIgEは、血液や粘膜中に存在する肥満細胞や好塩基球に結合し、再び花粉アレルゲンが侵入してIgEに結合すると、様々な化学伝達物質（ケミカルメディエーター）が遊離して症状を引き起こすことになる。
（後述）
なお、IgEが一定レベルまで肥満細胞に結合した時を感作が成立したと言い、発症の準備が整ったことになる。
どの程度までIgEが蓄積されると発症するかなどは個人差が大きいと考えられている。
また、IgEのレベル以外に発症を誘引する因子があるのかないのかなどについても詳しいことは分かっていない。
いずれにしろ、ある年に突然に花粉症が発症したように思えても、それまで体内では発症のための準備が着々と進んでいたということである。
このことを理解しやすくするため、一般にアレルギーコップという例えがよく用いられる。
すなわち、体内のコップに長期間かけて一定レベルの発症原因がたまり、それがあふれると突然に発症するというものである。
感作が一旦、成立すると、原則的に花粉症の自然治癒は困難である。
病原菌などに対する免疫と同様、「花粉は異物である」との情報が記憶されるためである。