平成ライダー初の劇場版で、テレビ版から枝別れしたストーリー。
テレビ版本作に、この劇場版「プロジェクトG4」につながる伏線が張ってある。
それは、「対アンノウン用」に警察機構が開発したG3システムのデータを何者かが奪取した場面。
奪取したのは自衛隊関係者で、目的は、G3システムを上回るG4システムを作り出すこと。これが今回の劇場版「PROJECTＧ4」の発端である。
Ｇ4とは？
自衛隊がＧ3システムのバージョンアップ版G3-Xを上回るシステムを作るベく奪取したデータをもとに作り上げたライダーシステム。ただでさえ、装着者の身体に著しい負担をかけるG3システム。それを上回るＧ4システムは、必ず、「装着者に死をもたらす」、自衛隊が作り出したライダーシステムなのである。
外観はG3-Xとほぼ同じだが、ボディー色が黒色と銀色で、眼の部分が青色。警察のマークにあたる部分が自衛隊のマークに変更されている。アンノウンを撃破するため、携帯武器は4連ミサイルランチャーなど装備し、G3との装備面では、それ以外は同じ。自衛隊はシステム面で警察機構以上の物を命題としていた為、システムそのものを装着者に調整する事をしないでいたのであろう。このため、犠牲者を多数出している。プロジェクトG4担当の女性士官（演じるは小沢真珠）はこの件に関して、自衛隊の兵器開発能力を押し上げるために多少の犠牲は付き物として見ていたようだ。
Ｇ3とは？
アギトの世界は、クウガの数年後の世界であり、未確認生命体が再び現れるかも知れないということから、警察機構が、クウガを模した強化スーツを製作。それがＧ3システムである。Ｇ3初期バージョンは、胸のアーマー部がクウガの名残を残しており、装甲も少なかった。また、Ｇ3の携帯武器を非装着の生身の人間が扱うのは困難である。装着時に武器の能力が発揮される様にセッティングされているためである。その後、警察側はG3システムの訓練をしていない者でも、装着出来るG3マイルド（初期型に近い）やG3バージョンアップ版、G3-Xを開発している。
Ｇ3の動力は、バッテリーである。これは、装着者の動きを補助するための各部モーターや、モニターや無線等に使われる。よってバッテリーが切れるということは、G3やG3-Xの活動停止を意味し、これが欠点であり弱点となる。その後、幾度となく改良されている。
映画本編では、この「G3-X VS G4」の対立を軸に多数のアリのアンノウンと対決するアギト、ギルス、G3-X、G4の戦いを描いている。アギトのバーニングモードやギルスのパワーアップバージョンが初めて劇場でお目見えし、その後テレビ版にも登場。
クライマックスは、圧倒的不利なG3-Xが、中の装着者が死んでいてもＡＩが起動し戦うＧ4との対決。
この戦闘のさなか、責任者の女性士官は、アリのアンノウンに襲われ殉職。その後、自衛隊によるＧ4システム継続が計られたは、不明。おそらくは、女性士官の殉職により、続行は見送られたのではなかろうか。装着するたびに犠牲者が出るようなシステム、犠牲者の上に成り立つシステムは、欠陥以外、何者でもない。
この映画は、このアギト以降、人間の手で作られた「ライダーシステム」による「仮面ライダー」の話へと変わっていく分岐点となったのかも知れない。
劇場版ラストシーンは、アギトである翔一の居候先の娘、マナがアギトの最期を暗示するような未来を見るシーンで終わっている。
