原点回帰ということもあり、怪人は「コウモリ」怪人と、「クモ」女。それを作り出した、悪の仮面ライダーといえるべき究極生命体を目差すネオ生命体「ドラス」が登場
ＺＯ Ｚは、終わり。Ｏは数字のゼロ。ゼロからのスタートを示す。また区切りを示す意味でもある。そして、ライダー生誕20周年の数字も意味している。
富士山麓の樹海の中の風穴で五年間、眠りに着いていたＺＯ、麻生勝。突如、オルゴールの音が頭の中に響き、「宏を守れ」と誰かが呼ぶ声で覚醒する。なぜ、彼は四年もの長きにわたり樹海の中で眠りに着いていたのか？それは彼が、科学者望月博士の助手であったが、研究に取り憑かれた博士の手により、改造されてしまったことによるため。改造間もない彼は、力が覚醒していないため、自己防衛のため富士の樹海へ身を隠す。自然の守り手、大自然の使い「仮面ライダー」となるために。
その頃、謎の金属球が、街のスクラップ置場に現れるドラスへと変型する。目覚めた彼は、望月博士の家を訪れ、息子、宏を捜す。下校中のひろしの眼の前にドラス金属球が降りて来て宏を追跡。やがて人型のネオ生命体ドラスへと変化し、街を破壊しながら、宏を追い詰める。彼はＺＯとなり、宏を逃がし、ドラスと闘う。ドラスを鉄骨に串刺しにし去っていくＺＯ。たしかにドラスを倒したかに見えたのだが、周囲の金属を集め自己再生するドラス。
宏は勝の姿を見て逃げ出し、空手の師範達の元へ助けにこう。突如、コウモリ男が宏達を襲う。今度は、逃げる宏達をクモ女が作り出した異空間に引き込む。コウモリ男と格闘するＺＯ。逃げるコウモリ男。宏達の危機に異空間に飛び込み辛くもＺＯは勝利するが、再びコウモリ男が、油断をついて宏をさらう。取り返すＺＯ。再び博士の自宅を訪れるが、博士は二年前から行方不明に。事態を博士の父親に話すのだが。
宏の父親に化けたコウモリ男は宏を誘拐、後を追った勝は、待ち伏せしていたドラスに邪魔をされ気を失う。宏は廃工場に拉致された事を知った勝はそこで行方不明になった望月博士を発見するのだが。ドラスの目的はひろしを誘拐し、望月博士を使って究極生命体へと進化すること。実はドラスも望月博士が作り出した生命体だったのだ。だが、邪悪な意思を持ち、神になるために、望月博士の協力が必要なため、博士を誘拐、拉致していたのだ。
ＺＯ対ドラスの最終決戦が始まる。
ＺＯは初期の仮面ライダーへの原点回帰であるため、所々、初期の仮面ライダーや漫画の仮面ライダーの場面を思わせるようなシーンが現れたりする。顔に現れる傷痕や、バイクとともに変身するシーンがそれだ。
ＺＯに変身ベルトと呼ばれる物は無く。赤く輝く丸い石のような物が腹部に見て取れる。また、胸部にプロテクターらしき物は無く、一体型のスーツらしき姿である。シンプルなデザインに金のラインが際立つ。このあたりが、新しいスタートを意味するデザインではないだろうか。
最終決戦時には、怒りが頂点に達すると頭部の穴のような所から、怒りの如く、蒸気のようなものが噴き出し、口の部分には瞬間だが、牙らしきものが現れ、怒りをあらわにする。まるで自らリミッターを解除したような表現が見て取れる。
またＺＯが乗る、レーサータイプのオートバイは「ＺＯブリンガー」と呼ばれるが、劇中では、その名称で呼ばれる事はない。
翌年、新しい劇場版仮面ライダーが誕生する。その名は「仮面ライダーＪ」
