こんにちは、久田和弘です(^^)
男装女子マンガが人気絶大だった理由は、裏設定が「逆ハーレム」だからというのは大きいと思います！
例えば「桜蘭高校ホスト部」は、女性らしさに無関心なヒロインがなぜか学内のホスト部でホスト役を任されるという設定でしたが、彼女を取り巻くイケメンホストらとの関係性に思わずトキメイた読者は多いでしょう。
ただ、普通の逆ハーと桜蘭高校ホスト部は毛色が異なるといいますか。逆ハーの代名詞といえば「フルーツバスケット」ですが、悲劇を背負った美男子がわんさか登場する作中において、透が最終的にだれを選ぶのかヤキモキさせられる…というのもひとつの魅力でしたね。
一方、桜蘭高校ホスト部の場合、ヒロインはあくまでもホスト役に徹さなければならず、それゆえ、他ホストとの関係性も、恋愛というより「友情」のほうが最適でしょう。恋愛は一瞬で終わりますが、友情は永遠につづく場合もあります。なので、男装女子マンガが好きな読者のなかには、イケメンが同性の親友として扱ってくれる特別ポジションがなによりも甘美だという女性は一定数いたでしょうし、例えば今のBL人気もその延長線上にあると考えればいろいろと納得できます。
ということで、結論をまとめると、「男装女子マンガ人気の理由」は、「逆ハーの非日常感」「イケメンと同性同士の友情が育める」以上のふたつであると推測します！