先週sequencingに出していたサンプルの結果が戻ってきた。
18サンプルのうちデータが出たものが5つ。それ以外は全てno bands, no dataという結果に。
データが戻ってきた5つのうち、成功していたのは同じ種類の物が2つ。1つは、余計なbaseが挿入されており、残りの2つはなぜかPCRのプライマー同士がligateされたような配列になっていた。プライマーデザインに問題があるようには思えないのだが、別の方法で試してみる必要があるのかもしれない。
今回submitしたサンプルは以前やった約70本のminiprepsからランダムに選んだものだったのだが、結果から判断すると、同じ種類のサンプルでどうやら4~5つのminiprepsに1つのhitくらいの割合のようである。とりあえずminiprepsの残りがあるので、明日はそれら全てをゲルでチェックして上手くいっていそうなものをsequencingに出す予定。
確率的にはかなり低いけれど、とりあえずひとつは成功したサンプルがあるので、前進と言っていいだろう。今後は、このサンプルに関して優先的に実験をやりながら、並行して残りのサンプルのクローニング条件検討&やり直しという方向で進めていこうと思う。
夏のローテーション終了まであと1ヶ月と少し。一つでも成果と言えるような結果を出しておきたいところだ。