Trial and error

今週水曜日にsequencingに出していたサンプルの結果が戻ってきた。

以前のようなno bands, no dataではなかったが結果自体はdepressingなものだった。どうもinsertがおかしい。PCRの段階で何かおかしなことが起こっているみたいだ。これが一つのサンプルならまだいいのだが、2種類のサンプルに関して全く同じパターンでincorrectなsequenceができてしまっている。PCRのサイクルがまずいのだろうか。理由はわからないが、また一番最初のステップに戻ってやり直す必要がでてきそうだ。一ヶ月前の状態に逆戻り。まぁうまくいかない条件がわかったのは進歩と言えば進歩なのかもしれないが。実験なんてtrial and errorの繰り返しではあるが、ちょっとerrorが多すぎのような気も。。。

ligationがうまく行ってなさそうなサンプルに関しては、少し方法を変えてやってみることにした。以前はvectorに対して2種類のinsertを同時にligateしようとしていたのだが、まず片方だけ入れたplasmidを作成してその次にもう一つを挿入する方法を試そうと思う。

これまで６つのサンプルのうち成功しているのは１つのみ。それぞれ違った条件が必要だろうから、今後もtrial and errorが続きそうだ。1週間に２つくらいのペースで成功させることができれば次のステップまで進めて、プロジェクト第一段階の結果を出すところまでいけるはず。なんとかそこまでは終わらせてローテーション終了にしたいところだ。

Postdoc candidate

今日はうちのラボでポスドクを希望している人がラボを訪ねてきた。

現在Cornellの化学科所属とのこと。昨日PIからラボのメンバー全員にcandidateのscheduleが送られてきたのだが、かなり忙しいscheduleだった。

まず朝から学生二人と会い、朝食およびディスカッション。その後、別の学生数人とディスカッション後、プレゼンの準備、プレゼンという流れ。さらにその後、3組の学生と夕方までmeetingがあり、最終的にPIとの面談。そして最後に学生数人と軽く夕食。まるでacademic positionのインタビューのようなスケジュールである。しかもどうやら空港－大学間の送迎、および宿は全てうちのPIがアレンジし、費用も持ったようだ。

正直ポスドク候補のvisitingがこれほどintenseなものだとは思わなかった。でもこちらではこれが普通なのかもしれない。大学院出願前に、某著名研究者のラボを訪れたことがあったのだが、そこでは2時間に渡り、ラボの学生メンバーと一人ずつmeeting scheduleが組まれていた。内容はそれぞれが行ってる研究の簡単な紹介およびディスカッション。こちらとしては非常に良い機会だったのだが、残念ながらそこには合格できなかったのであまり評価されなかったのだろう。。。。。

さて、肝心のポスドク候補者のプレゼンだが、内容は有機反応における熱力学的な話だった。簡単に言うと、ある反応系において複数の生成物が予想される場合、反応条件の差によって、その生成比がどのように変化するかという問題に関する研究。だったと思う。　まぁだいたいはあっているはず。

正直物理化学は苦手な分野なので、kineticsなんかもあまり好きではないのだが、NMRの話もあって自分にとってはそこそこわかりやすい内容だった。

ただ、内容が現在うちのラボで行っているプロジェクトとかけ離れているので、彼女がなぜうちのラボに興味があるのか、ポスドクとして来たらどんな研究をやりたいのかという点が謎のままだった。まぁ有機化学のバックグラウンドを持った人が、biologyに進出するのは、chemical biologyの世界で非常に良くあるケースなので、ポスドクとして来たら有機合成よりもbiologyの方をメインにやるのではないかと予想はできるのだが。

自分の実験の方は相変わらず停滞中。sequencingの結果を待ちつつ、別のサンプルについて色々条件を変えながらplasmid constructionを試みているところ。どうも一部のサンプルに関してプライマーがうまく機能していない可能性が考えられたので、デザインし直してオーダーした。遅くとも来週半ばには届くだろう。

明日はもう金曜日。最近一週間が経つのが非常に早く感じる。忙しいのはいいことなのだが、忙しさの割りに結果が出ないと若干焦りも出てくる。

no bands, no data

今週の月曜日にsequencingに出していたサンプルの結果が返ってきたのだが、６つのサンプル全てがno bands, no dataというさみしい結果に。どうもligation, transformationのどこかが上手く行っていないような気がする。

というわけで、ligationから多少条件を変更してやり直してみた。今週中にminiprepまで終わらせたとしてもsequencingに出すのは来週月曜になるから、結果が分かるのは一週間後になる。

昨日の予定通り、70本miniprepsの残りもdigestしてゲルで確認してみたが、上手くいってそうなのはごく少数。昨日はone in four or fiveと書いたが、もしかしたらそれよりも確率が低いかもしれない。とりあえずsequencingに出したので、成功していれば、それを使って先に進むことができるのだが。。。。。

渡米前に船便で送っておいた荷物が今日大学に届いた。ダンボールいっぱいに本を詰めておいたのだが、見事に箱の端が破れていた。ダンボール箱ってもっと丈夫かと思ってたのに。有機化学の本がメインだが、ゲノム関係の本もあるので、実験の合間に復習するにはちょうどよさそうだ。

明日はポスドク候補の人が来てプレゼンをすることになっている。昼からなので"lunch will be provided"とのこと。フリーランチは非常にありがたい（笑）

PhDの研究がPhysical Organic Chemistryらしいので自分にとってはわかりやすいかもしれない。