今週水曜日にsequencingに出していたサンプルの結果が戻ってきた。
以前のようなno bands, no dataではなかったが結果自体はdepressingなものだった。どうもinsertがおかしい。PCRの段階で何かおかしなことが起こっているみたいだ。これが一つのサンプルならまだいいのだが、2種類のサンプルに関して全く同じパターンでincorrectなsequenceができてしまっている。PCRのサイクルがまずいのだろうか。理由はわからないが、また一番最初のステップに戻ってやり直す必要がでてきそうだ。一ヶ月前の状態に逆戻り。まぁうまくいかない条件がわかったのは進歩と言えば進歩なのかもしれないが。実験なんてtrial and errorの繰り返しではあるが、ちょっとerrorが多すぎのような気も。。。
ligationがうまく行ってなさそうなサンプルに関しては、少し方法を変えてやってみることにした。以前はvectorに対して2種類のinsertを同時にligateしようとしていたのだが、まず片方だけ入れたplasmidを作成してその次にもう一つを挿入する方法を試そうと思う。
これまで６つのサンプルのうち成功しているのは１つのみ。それぞれ違った条件が必要だろうから、今後もtrial and errorが続きそうだ。1週間に２つくらいのペースで成功させることができれば次のステップまで進めて、プロジェクト第一段階の結果を出すところまでいけるはず。なんとかそこまでは終わらせてローテーション終了にしたいところだ。