6週間姿を消していたギグ・ハーバー・キラーが再び現われた。犯人によって鑑識作業済みの現場には、十数台のフィルムカメラや殺害状況を録音したCDが残されていたのだ。一方のフィンは、シアトルでギグ・ハーバー・キラーとしていったんは死刑判決を受けたジャレッドと双子の兄弟ポールの生い立ちを探る。望まぬ妊娠をした彼らの実母が身を寄せた修道院の墓地にはポールが眠っているというが、ひつぎの中に入っていたのは？
フィンはシアトルにいき、かつての同僚ショーとジャレッド･ブリスコとポール･ウィンスロップの生い立ちの調査を続けていた。
当時二人と同僚だったケリーの行方も分からなくなっており、彼女の行方も追って居た。
一方で、現場に向かったサラとニック。
現場には壁に書かれた謎のメッセージとICレコーダーが残されていた。
そして、女子大生の社交クラブのネックレス、十数台のフィルムカメラ、そしてCDデッキ。
CDデッキに残された音声を調べると、共犯者がいるらしい気配。
ポールは新しい相棒を見つけたのか？
そんな矢先、ポールがギグ・ハーバー・キラーとして服役中のジャレッド・ブリスコの裁判のやり直しを行うと、ラッセルに出廷を申し出てきた。
新犯人は別にいると言うが、ラッセルは出廷を拒否。
一方、シアトルではフィンとショーがブリスコの出生証明書を入手するが、双子である記載はなし。
母親として登録されているシンシア･ヒューズに会いに行く。
シンシアは私は産みの親ではない！と話し、実の母親は知らないと。
そしてブリスコは修道院から渡された子だと話してくれた。
フィンとショーはセント・ガブリエラ修道院へ向かう。
シスターアリスに出産台帳を見せてもらうと、そこに1976年6月にジャレッドとポールと言う双子が生まれていたことが分かり、母親はナンシー・ハーパー。
ポールは産まれてすぐに死亡したと言い、墓地に案内される。
二人は令状を取り、墓を掘り起こす事に。
すると中に入っていたのは、赤ちゃんの遺体ではなく人形、そして人形の首の中に金髪の女性の写真と人毛。
さらにフィンの調べで、事件が始まる1年前くらいにポールがこの修道院を訪ねていたことが分かる。
ポールはなぜ自分だけ死んだ事にされたのか？知りたかったのか？
ニックの調べで、やはり今回の現場にも星座のメッセージが。
サラとラッセルはジャレッドが母親に対する執着に着目し、ジャレッドと精神科医の会話のビデオを確認する。
モーガンの調べで今回の被害者がパメラ・クレイマーと判明。
しかしヘンリーの分析では、もう一人、行方不明中のケリーのDNAも発見される。
その後、そのケリーが錯乱状態で発見され病院に運び込まれる。
ケリーは麻薬を打たれており、腹部には切開した痕、足の裏に青いガラスの破片が付着。
彼女は「水の中に閉じ込められたと思っていたけど、それはガラスだった」と話す。
拉致される前にコーヒー店でウィンスロップと会っていたと話す。
ラッセルがウィンスロップに会いに行き、ケリーに会ったことをなぜ隠していたのか追及すると、ウィンスロップは、聞かれないから言わなかったと開き直る。
そして、ジャレッドが冤罪である証拠があるとケリーから接触してきたと話す。
会って話を聞くはずだったが約束の場所に来なかったと。
その後、グレッグとホッジスの調べでケリーの足のガラスの破片がミズホテルの物であることが判明。
現在廃墟と化しているここが犯人のアジトと踏んでそのホテルへ踏み込む。
そこには、手術器具や糸、マーカーなど、作業の痕跡が。
すると、物音がし、監禁されている女性を発見。
彼女は錯乱状態で、グレッグを殴って銃を奪い、その銃口をグレッグに向けた。
彼女を説得しようと試みるが女性はグレッグを撃とうとし、仕方なくフィンが彼女を射殺。
以前、ブリスコを撃った時と同じように内部調査を受けることに。
ロビンスの検視の結果、彼女は性転換手術を受けていた男であることが分かる。
そして彼女のDNAが砂漠の遺体から出たギグ･ハーバー･キラーのものと一致。
しかし彼女がギグ・ハーバー・キラーとはとうてい思えない。
これもウィンスロップの仕業か・・・・。
ラッセルは、たまたまベガスに来ていたFBI特別捜査官のエイヴリー･ライアン（のちのCSIサイバーの主演）に助言を求めに行く。
エイヴリーはラッセルに「これ以上の殺戮を食い止めるためには、娘のマヤを切り札に使うことも考えなくてはならない。マヤを巻き込みたくないなら、あなたは捜査から手を引くべき」と告げる。
一方で、フィンはケリーを見舞いに病院へ。
すると先に見舞いに来ていたショーをみたケリーが恐怖の表情を示したのだった。
その後、駐車場でウィンスロップの車に乗り込むショーの姿が・・・・・。