ディヴィジョンの存在を疑うCSI分析官ナオミの元に、フラッシュドライブが届く。それには、マデリン・ピアースとディヴィジョンについての大量の情報が入っていた。CIA長官からの連絡で状況を知ったチーム・ニキータは、アマンダの画策と見抜き作戦を練る。
ナオミは早速手にした情報をCIA長官に渡す。
長官はすぐにフレッチャーに伝える。
そんな時、やはりディヴィジョンの存在が明るみになってしまう。
ショーンがシールズに戻ろうとしている矢先、メンバーが招集される。
とりあえずフラッシュドライブを長官から渡してもらい、中身を確認する必要があった。
ディヴィジョンのメンバー達が監視する中。CIA長官からフラッシュドライブを受け取る作戦が始まった。
するとショーンの携帯にアマンダから電話が入る。
そして次の瞬間、長官が乗っていた車が爆破されたのだ。
本部に戻るメンバーだったが、アマンダの仕業で、全てがショーンの暗殺計画だと仕組まれてしまう。
早く真犯人を挙げないとショーンは軍にも戻れず、逮捕されてしまう。
そこでニキータは唯一犯人を見ただろうナオミと接触することに。
FBIを装い、彼女を訪ね、その男の写真を見たらわかるか？と確認して出て行った。
ディヴィジョンにはホワイトハウスのダンフォースから電話が入り、ショーンを出頭させろと言われる。
このままでは地位も名誉も無くしてしまう。
ライアンはショーンに時間稼ぎのため出頭させる。
そしてバーコフは街中で携帯を捨てる不審者を発見し、その男を突き止める。
ナオミにその男の写真を見せるとその男だと分かる。
しかしナオミはニキータの存在までも疑っており、彼女の身元を調べ始めていた。
バーコフの調べで、その男の住所が判明するが、すでに彼は殺されており、アマンダから電話が入る。
そしてショーンは殺されるのだと。そして慎重に動機を作っていると言う。
アマンダ曰く、ショーンは母の死の後、セラピーを受けており、母親の死はCIA長官のせいだと思い込んでいると、さらにそのセラピーの様子がデータとして残っているのだと。
これでショーンの動機も作られ、国家反逆罪として死刑になってしまう。
しかしニキータは、彼の存在を消し去り、ディヴィジョンに運べば助かると・・・・。
それにはショーン自身の同意が必要・・・。
ショーンの姉らから協力を得て、本物の弁護士を雇い、ショーンに接触。
姉らからの手紙を渡す。
そしてそこには暗号が・・・・。
「アーティクル134」
軍法規による自傷行為の事だと言う。
ショーンは考えているがなかなか結論が出せないでいる。
その間にニキータとアレックスが侵入し、救急ボックスの注射を入れ替える。
その頃、ナオミはショーンの面会を申し出ていた。
その時、ショーンは弁護士を殴り、入ってきた職員の銃を奪ってもみ合い、自分の方を撃った。
救護員が呼ばれ、救急ボックスの注射を彼に刺すと、彼は拒絶反応を示し、彼の息は止まってしまう。
その様子を見ていたナオミはアマンダに電話を入れる。
しかしアマンダは、ニキータが助けにくるからもう一度殺せ！と命じる。
その後、ニキータとアレックスが、ショーンが運ばれたラボに向かい彼の蘇生を始める。
そこへナオミが現れ、ニキータと死闘の末、彼女はナイフで死亡。
ショーンも無事息を吹き返し、ディヴィジョンに連れ帰る事ができたのだった。
しかし今後、ショーンは汚名を着せられたまま死亡したことになり、地位も名誉も失ってしまった。