ペラントのハッキングにより殺人容疑をかけられたブレナンは、父マックスの助けを借りながら、FBIの追跡を逃れ、逃亡生活を送っていた。そんな中、10年前に殺害されたハイスクール・カウンセラーの遺体が見つかり、現場にかけつけたチームはブレナンが調査した形跡を発見。ついに、彼女の無実を証明する糸口を見出し始める。
ジェファソニアンではクラークがブレナンの仕事を引き継いでいた。
またアンジェラは、何かぺラントの犯行を裏付ける鍵はないか？と探し続けている。
ブースは担当を外され、ブレナンの行き先をフリン特別捜査官からしつこく聞かれる始末。
そんなときフリンに匿名の男性からの通報が入り、ジェファソニアンのチームがヴァージニア州の山中の遺体発見場所に向かう。
すると既に骨は専門家によって処理されており、ブレナンがその場所にいた証拠を見つける。
アンジェラがスノードロップの花が置いてあるのを見つけたのだ。
被害者は10年前に失踪した高校のカウンセラーでぺラントと同じ高校に通っていたことが判明。
カミールはクラークにこの件についてメールでブースに知らせるよう伝える。
するとブースはアトランティックシティへ行くと言い、あるモーテルへ。
そこでブレナンと再会。
一方のぺラントはFBIが捜査に入ったというニュースを見て、FBIのシステムにハッキング。
さらにTVでアンジェラが花を連絡方法にしている事に気付くき、クラークのメールを見つける。
ブレナンは、更に調べるために直接骨を見たいといいだす。
一方、ジェファソニアンでは被害者が逃げていて頭を岩にぶつけたと所見。
ホッジンズは傷から赤メノウを見つけるが凶器が特定できない。
さらにアンジェラはキャロラインに振り込まれた金が偽装によるものだと証明することが出来るも、ぺラントの犯行であることは証明できず。
そしてアンジェラはホッジンズに、ブレナンと花で連絡を取り合っていたことを白状し、墓に花束を持って行って欲しいと頼む。
ホッジンズがその場所に行くとぺラントが待ち伏せ。
ホッジンズはぺラントに挑発され、彼の首お閉めるが、ぺラントは笑みを浮かべ、まるで殺してくれと言って居るかのよう。
ホッジンズはそれに気づき、手を離して立ち去ったのだった。
しかしその様子をホッジンズはスイーツにだけ話すのだった。
その後、フリンやキャロラインと仲間が集まり、アンジェラの連絡方法について聞く事に。
また墓に花を取りに行ったマックスは、そこに花がないため、近くにぺラントがいるのではないかと推測し、大声で「娘には会わせない！私を追ってメキシコ料理店へ来い」と言うのだった。
その後、マックスはブースの制止を振り切り、ブースが偽名で借りてきた車を処分しに出かける。
ブースは念のためフリンに連絡。
するとすでにぺラントがその車の場所を掴んでいることが分かり、FBIのサーバーにハッキングした疑いで彼を逮捕する。
クラークはぺラントの体型を考えると、凶器は重たいもので斧ではないかと推測。
そこにブレナンとブースがホッジンズとアンジェラの手引きで無人とのジェファソニアンに忍びこむ。
カミールをも追いだすが、彼女は最初からそれを予測し、知っていて帰っていった。
その後のブレナンやホッジンズの調べで、被害者は逆さに吊されて斧のようなもので切られ出血死したと断定。
傷口から日本刀の玉はがねも見つかり、凶器は斧ではなく、日本刀だと分かる。
さらにアンジェラが、ブレナンが写っていた監視ビデオの暗号を解き、そこにブレナンが居ないことを証明、偽造されたものであるとし、ついにブレナンの濡れ衣は晴れ、ぺラントは起訴されることになった。
しかしその後、FBIから連絡があり、ぺラントが実はエジプト人のバッサム・アルファヤトであり、今夜エジプトに戻るという。
また身分を偽造したのだろう・・・。
FBIはどうすることもできないという。
ぺラントはブレナンにマリーゴールドの花を手渡す。
花言葉は「痛みと悲しみ」だった。
その花を捨てたブースだったが、それを後にフリンが拾った行動が気になりましたね・・・。
彼はぺラントの仲間？？？