アメリカ政府のラボから、エネルギーに関する極秘装置が奪われる。アマンダはその装置を餌に、アリをゼトロフのCEOに就任させようとしていた。数日間、ディヴィジョンを不在にするアマンダ。しかし、その間を狙って、パーシーがディヴィジョンを奪還しようと動き出す。
パーシーが前回助けたディビジョンのエージェントの情報によって、アマンダが留守にすることを知った彼は、ディビジョン奪還の為に動き出す。
その頃、極秘装置を手に入れたエージェントと待ち合わせしていたアマンダは、彼女を殺してしまう。
そこにニキータとマイケルが居合わせ、ディヴィジョンの護衛も到着。
ニキータはアマンダと格闘になり、胸を銃で撃たれ、倒れてしまう。
アマンダはニキータに再び銃を向けとどめを刺そうとするが、アマンダは撃てなかった・・・・。
そのまま極秘装置だけを奪って立ち去った。
アレックスはアリの乗っ取りを防ぐために、ウディノフ家が雇っていた科学者リフキンに株を全て売るから、ゼトロフのCEOになってくれと頼む。
しかし、レセプションがあり、そこでアリが極秘装置を餌にCEOになろうとしているはずだという。
レセプション会場。
アレックスが入口から入り、マスコミを引き付けている間にマイケルがゴーゴリに扮して潜入。
ニキータもモデルに扮して潜入。
アレックス、リフキン、アリ、アマンダは、役員会に参加、極秘装置を持ってプレゼン。
見返りにCEOに使命してほしいと頼む。
その頃、危険室保管庫へ入ったニキータは装置を取り出したため、警報が作動。
そこにアマンダやゴーゴリの手下がやってくる。
そして保管庫をロックし、酸素を排出し始める。
が、ニキータを殺しきれなかったアマンダはロックを解除。
ニキータはエージェントをやっつけ、アマンダを殺す事もせずに、マイケルの援護でその場から立ち去った。
装置を失ったアリは、役員会からの信用を失い、アマンダと共に追われることに。
その頃、ディビジョンに入り込んだパーシー。
ソーニャに揺さぶりをかけるパーシーだったが、アマンダに不満を持つエージェント達が反発。
パーシーを援護する。
パーシーの指示でバーコフと連絡をとったソーニャは、アマンダがロシアでディヴィジョンのエージェントを売っていることを知り、アマンダの信用を完全に失う。
帰り咲いたパーシーは、アマンダに急襲チームを送ると宣戦布告。
アマンダとアリの逃走劇が始まる。
しかしアリはまだブラックボックスを持っている。