以前、イギリス情報局"MI6"の諜報員だと判明したカサンドラだが、彼女にはもう一つの衝撃的な秘密があった。それを知ったマイケルは激怒し、カサンドラから息子を奪おうとする。一方、アレックスはテレビのインタビューを通じ、母親に「会いたい」とメッセージを送る。
ショーンとアレックスの調べでカサンドラは2重スパイということが分かる。
MI6という肩書の傍ら、ゴーゴリとして動いていたのだ。
その情報をニキータに送ったアレックス。
怒りを露わにしたマイケルは、息子を取り返すと言い3人で隠れて生きようと言い出す。
取り乱すマイケルをなだめ、とりあえずカサンドラと話そうというニキータ。
カサンドラと接触したアりは、何かの任務を彼女に命じた。
その作戦の途中で、マイケルが彼女に接触。
カサンドラは何かの情報が入ったケースを奪うだけの簡単な任務を命じられただけだと言う。
しかしそのケースを持った運び屋がセルゲイの屋敷に近づいていることから、セルゲイの暗殺をMI6の仕業に仕立てるアリの計画ではないか？と思われた。
MI6の後を追っていたニキータが、アリの部下をやっつけ、ケースを奪った。
その頃、どうやらセルゲイはカティアを隠したのではなさそうで・・・・・。
アリはカティアの事で話があると言い、セルゲイを連れ出し、そして路地で射殺した。
アリはセルゲイがMI6に殺されたと言い、部下をMI6に送り込む。
アリからセルゲイの死を聞いたアレックスがニキータに報告。
MI6を救出しに向かった。
アレックスは匿名の手紙に書かれていた別荘へ向かうと、そこにはディビジョンの手下と母カティアが居た。
そこにアリとアマンダから電話。
ゼトロフの株を全て渡せば安全な暮らしを保障すると言われるが、あっさり断るアレックス。
MI6がニキータに助けられたと知ったアリは、カサンドラがゴーゴリのスパイであるとMI6にリーク。
MI6のボスがカサンドラの同僚に伝えたため、カサンドラはマイケルとニキータと共に逃げた。
途中でマックスを保護し、飛行機で逃げる手はずになっていた。
カサンドラを追っていたMI6は、飛行場まで追ってくるが、ニキータの操縦で飛び立った飛行機は爆破される。
ゴーゴリがカサンドラを始末したと思ったMI6は撤退。
ニキータは間一髪でパラシュートで脱出。
死ぬわけないと思っているアリは、引き続き、ニキータ、アレックスを敵視する。
そしてカサンドラとマイケルは永遠の別れを・・・・。