ブラック・ボックスを追って旧ウディノフ邸に侵入したニキータ。彼女は、昔ここで実行した任務を思い出していた。一方その頃、アレックスは忍び込んだ屋敷の中で衝撃の人物と対面する。ニキータはアレックスにその事実を聞かされ、彼女の計画に協力することにする。
母親と再会したアレックスは彼女を助け出そうと、作戦を考え、一旦母親の元を離れる。
一方で、アリのブラックボックスを追っていたニキータは、オーウェンがつけた追跡装置を元に、旧ウディノフ邸へ。
そこでアレックスと対面。
アレックスが母を救出したいというと、ニキータは母親を救出し、ブラックボックスも奪おうと言う。
また、ブラックボックスを解読し始めたアリの元に、アレックスが向かっていると言う情報が入り、アリは警戒態勢を取っていた。
アレックスは囚われ、どこかに連れ去られる所、ニキータが救出。
アレックスを保護し、ニキータは屋敷に戻り母親を救いに行く。
一方、ガーディアンを追っているマイケルとオーウェン。
ガーディアンの一人を捕え、集合場所の情報を得たマイケルは、集合場所へ向かう。
そこへローンから電話が入り、互いの身分を確認しあえと。
しかしマイケルがガーディアンではないことがバレてしまい、マイケルはブラックボックスを爆破して、オーウェンの援護でその場から脱出する。
屋敷に戻ったニキータだったが、母親は、「セルゲイにアレックスが来たと言ったのは自分だ」と言う。
母親はどうやらセルゲイに洗脳をされているようで、アレックスが精神を病んでいる病人だと・・・。
ニキータは真実を伝えるが、母親は、自分はずっとセルゲイのもので愛していると言う。
セルゲイと母親が浮気をしていたことが分かり、無理にでも彼女を連れ出そうとするが、アリの手下が現れ銃撃戦。
全てをマイクで聞いていたアレックスは、屋敷に戻りニキータを援護し、その場から脱出するのだった。
その頃、アマンダは、捕えていたライアンを利用しようと、パーシーの元へ送る。
同じ官房に入れ、話をさせることに。
何が起こるんでしょうかねぇ。
ライアン、好きな俳優さんなんで、死んでなくて良かった(^_^;)