ブラック・ボックスを手放してしまったニキータは、オーウェンに助けを求める。オーウェンと再会したニキータは、彼が現在ゴーゴリに雇われていることを知り激怒する。一方、アレックスはセマクへの復讐を果たすため、ロシアの旧ウディノフ邸に忍び込もうとしていた。
アリに雇われていたオーウェンは、ブラックボックスを探してガーディアンのアジトを襲撃するが、絶対にアジトを離れないはずのガーディアンが姿を消していた。
不審に思ったオーウェンがその事実をニキータに話すと、ガーディアンはパーシーの指示にしか従わないはずだと言う。
そこで二人でガーディアンとブラックボックスの捜索を始める。
セルゲイに雇われているゴーゴリのアリは、ブラックボックスを壊さずに利用するために確保しようと言い出す。
壊すためにアリに協力してきたオーウェンは、その意見に賛同できず、アリの部下が向かった場所をニキータに伝え、その情報を他の誰かにも電話していた。
しかしその電話の途中で、アリの部下らにオーウェンが拘束されてしまう。
アリの部下やニキータが向かった場所はアムステルダム。
ガーディアンはレジメンを手に入れるために神経学者の元に行ってたのだ。
その情報を与えたのは何とディヴィジョンのローン。
彼はまだパーシーに仕えていたのか？？？(^_^;)
ガーディアンとニキータが銃撃戦になったところ、警察の特殊部隊が突入。
アリの部下が到着した頃には、二人は拘束されてしまっていた。
どうやらオーウェンは誰かに頼んで警察を送り込んだ？？
護送されるニキータとガーディアンをアリが襲撃し、ブラックボックスを奪ってセルゲイの元に戻って行った。
ニキータとオーウェンを殺そうとしていたアリの部下を、援護にやってきたマイケルが何とか撃退し二人を救出してくれた。
ガーディアンは取り逃してしまったが、持っていたパソコンを回収し解読すると、ガーディアンが第二段階に入っている事を知る。
それは、アジトを引き払い、どこかにガーディアンが集結するという物。
オーウェンとマイケルがガーディアンを追い、ニキータがアリのブラックボックスを追うことになった。
その頃、アレックスはセルゲイの屋敷に向かっていた。
アレックスを脅威に思っているセルゲイは、アリに、アレックスの始末も頼んでいたが、彼女はセルゲイの屋敷に侵入。
母親との再会を果たす。