奈良興福寺の僧多聞院英俊の書いた元亀元年（１５７０）３月１９日付の日記に「僧衆（学僧や僧兵たち）は大旨、（麓の）坂本に下りて」とあります。
英俊自身、比叡山や麓の坂本を巡り、見分しているから確かな情報といえます。ここで彼は、比叡山の僧らの多くは山上におらず、麓に下って暮らしていると書いているのです。
一方、公卿の山科言継の日記から織田勢が３月１２日に比叡山の麓の上坂本の集落から焼き討ちを始めたことがわかります。
上坂本には比叡山の僧たちが住んでいましたから、信長は彼ら（特に僧兵）を攻撃対象にしていたと考えられます。
つまり、信長の焼き討ちの目的は伽藍を焼くことではなく、僧兵らを根絶やしにすることだったといえます。
もちろん、上坂本には僧らを世話する一般の人々やその家族も住んでいました。
『信長公記』をよく読むと、彼らや僧兵たちが履物もつけず、裸足で山へ逃げこんだ状況がわかります。
逃げこむ先としては大人数を収容できる根本中堂や講堂が最も無難です。
そこで信長は僧兵らの避難先である建物にターゲットを絞って焼き払い、その巻き添えで多くの老若男女や学僧が犠牲になったのではないでしょうか。
あまりに悲惨な結末が、全山ことごとく焼き払われたという誤解に繋がったのかもしれません。
信長はただ怒りにまかせて堂塔すべてを焼き打ちしたのではなく、僧兵らが籠もる主要な伽藍に狙いを定め、焼き払わせたという仮説が成り立つのです。
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