$ wmaker fatal error: it seems that there is already a window manager running
すでにウィンドウマネージャが実行中なので Window Maker を起動できないということです。
このエラーは XWin を -multiwindow オプションを付けて起動した後に、wmaker を起動したときに発生します。
startxwin.sh はデフォルトで
XWin -multiwindow -clipboard -silent-dup-error &
となっており、これを Window Maker を使用するように編集する際には、以下のように XWin から -multiwindow オプションを削除してやらなければなりませんが、
XWin -clipboard -silent-dup-error & wmaker &
以下のように XWin に -multiwindow オプションを付けたままだったり、
XWin -multiwindow -clipboard -silent-dup-error & wmaker &
今回の例のように、デフォルトの startxwin.sh で起動した後に Window Maker を使用するように編集して再実行したりするとエラーになるというわけです。
実際、今回のエラーが発生した時点で、ps コマンドで実行中のプロセスを確認してみると．．．
$ ps
PID PPID PGID WINPID TTY UID STIME COMMAND
2952 1 2952 2952 con 1004 15:01:15 /usr/bin/bash
3708 1 3072 600 con 1004 15:01:24 /usr/bin/XWin
552 2952 552 1740 con 1004 15:03:08 /usr/bin/ps
確かに編集前の startxwin.sh によって起動した XWin が残っていました。
このプロセスを殺して、再度、編集後の startxwin.sh を実行してみると Window Maker が無事起動しました。