Eclipse(3.1.1)でローカル・ファイルとリモート・ファイル（CVSリポジトリ上）を比較エディタで比較すると、なぜかリモートファイルの日本語が文字化けしてしまいました。
そのせいで文字化けした部分がすべて相違点としてマークされ、非常に見づらい状態です。
ソースファイルはUTF-8なので、該当プロジェクトのテキスト・ファイル・エンコードはUTF-8に設定してあるのですが、リモートファイルの場合はこの設定を見ていないようです。
Eclipseのメニューから［ウィンドウ］－［設定］－［一般］－［エディター］－［テキスト・ファイル・エンコード］でUTF-8を選ぶとリモートファイルの文字化けは解消しました。
何か解せない設定です．．．