清音駅は大正14年2月17日の伯備線開業と同時に営業を開始しています。
清音駅からは井原鉄道が分岐しています。
井原鉄道(株)の井原線は平成11年1月11日11時11分11秒に運転を開始しています。
当初は吉備線延長国鉄井原線といい、総社から下原、岡田を通り、備中箭田（びっちゅうやた） （現在の真備支所付近）へ線路を敷設する計画でしたが、国鉄再建法で工事が凍結され、さらに真備町内では急速な住宅開発により用地買収が進んでいませんでした。
工事凍結前から線路変更も議論されていましたが、第三セクター井原鉄道の計画では正式に現在の小田川沿いのルートが示されました。
このような経緯から総社駅～清音駅間はＪＲの線路を借りて走る第二種鉄道事業となっています。
以前は井原や矢掛方面を結ぶバスも駅前から出ていましたが、井原線開業後にはＪＲバス矢掛線は井笠バスに路線譲渡され、さらに平成20年9月30日運行をもって新倉敷駅北口～矢掛が廃止となりました。
清音駅は金田一耕助が最初に登場した場所として有名になっています。
横溝正史は金田一耕助を『本陣殺人事件』で登場させています。
作品では金田一は昭和12（1937）年11月27日に清音駅に降り立っています。
現在の駅舎は何度も改修されていますが、美袋駅と同様に築100年になります。
空想を巡らせるなら、金田一が改札口から顔を出してもおかしくありません。
横溝一家は昭和20年5月から同23年7月まであしかけ4年を真備町岡田で過ごし、多くのミステリー小説を残しています。