監督：クリス・コロンバス
主な登場人物（俳優）役柄
ハリー・ポッター（ダニエル・ラドクリフ）生き残った男の子。
ハーマイオニー・グレンジャー（エマ・ワトソン）マグルの少女。
ロン・ウィーズリー（ルパート・グリント）魔法使い旧家の六男坊。
モリー・ウィーズリー（ジュリー・ウォルターズ）ロンの母親。
アーサー・ウィーズリー（マーク・ウィリアムズ）ロンの父親。魔法省マグル製品不正使用取締局局長。
フレッド・ウィーズリー（ジェームズ・フェルプス）ロンの双子の兄。ハリーの2学年上。
ジョージ・ウィーズリー（オリバー・フェルプス）ロンの双子の兄。ハリーの2学年上。
ジニー・ウィーズリー（ボニー・ライト）ロンの妹。ハリーの1学年下。
ドラコ・マルフォイ（トム・フェルトン）魔法名門家の息子。
ルシウス・マルフォイ（ジェイソン・アイザックス）ドラコの父。魔法省勤務。
アルバス・ダンブルドア（リチャード・ハリス）ホグワーツ魔法魔術学校の校長。
ルビウス・ハグリッド（ロビー・コルトレーン）学校の鍵と領地の番人。
ミネルバ・マクゴガナル（マギー・スミス）副校長。変身術の先生。
セブルス・スネイプ（アラン・リックマン）魔法薬の先生。
ポモーナ・スプラウト（ミリアム・マーゴリーズ）薬草学の先生。
ギルデロイ・ロックハート（ ケネス・ブラナー）闇の魔術への防衛術の先生。
ポモーナ・スプラウト（ミリアム・マーゴリーズ）薬草学の先生。
フィルチ（デイビッド・ブラッドリー）学校の管理人。
トム・マールヴォロ・リドル（クリスチャン・コールソン）５０年前の生徒。
バーノン・ダーズリー（リチャード・グリフィス）ペチュニアの夫。
ペチュニア・ダーズリー（フィナオ・ショー）ハリーの母親の妹。
ダドリー・ダーズリー（ハリー・メリング）バーノンとペチュニアの息子。
（タイトル『Harry Potter and the Chamber of Secrets』）
夏休み、ハリーはダーズリー家で暮し、部屋は階段下から窓のある2階に変わった。商談でメイソンさんが来るので、バーノンはハリーに部屋から出ないで邪魔するなと言う。ハリーが部屋に戻ると屋敷しもべ妖精ドビーがいて、ハリーに優しくされると頭をタンスに打ち付ける。
ドビーはある屋敷に仕え、ハリーに、恐ろしい罠が仕掛けられているのでホグワーツ魔術魔法学校に行っていけないと警告しに来たと言う。ハリーが誰の罠か聞くと、ドビーは言えず頭をスタンドで叩く。物音を聞いたバーノンが注意に来て、ハリーはドビーをタンスに隠す。
ハリーに友人からの手紙が1通も届かなかったのは、ドビーが押収していたからだった。手紙を持ったドビーをハリーが追いかけると、1階に行く。ドビーは魔法でケーキを客の夫人の頭に落とす。
バーノンは怒り、ハリーの部屋の窓を鉄格子で塞いでへ閉じ込める。ウィーズリー家のフレッド、ジョージ、ロンが父の魔法の空飛ぶ車で救出に来る。
ハリーはウィーズリー家で過ごすことになり、母マリー、父アーサー、妹ジニーも歓迎する。フクロウがホグワーツからの手紙の学用品のリストを運んでくる。
ダイアゴン横丁に学用品を買いに、ウィーズリー家とハリーは暖炉から煙突飛行粉で移動する。
ハリーは行き先を言い間違え、ダイアゴン横丁の裏手にある「ノクターン（闇の町）横丁」に行く。怪しい輩に囲まれているハリーをハグリッドが助け、ダイアゴン横丁に連れて行く。
ダイアゴン横丁で会ったハーマイオニーはハリーを、ウィーズリー家が教科書を買っている書店に連れて行く。書店では作家ギルデロイ・ロックハートがサイン会をしていた。ロックハートはハリーと一緒に写真を撮ってもらい、宣伝にする。
店でドラコがハリーに嫌みを言う。ドラコの父ルシウスも、マグルとウィーズリー家を馬鹿にし、古本をジニーの鍋に入れる。
一行は駅へ行き、ホグワーツ行きの列車が出る９と3/4番線の壁を通過するが、ロンとハリーは壁に激突し、列車に乗り遅れる。ロンが空飛ぶ車を運転して、２人は列車を追いかける。車が列車に衝突しそうになって急上昇し、ハリーが落ちそうになる。車でそのまま学校へ行く。
空飛ぶ車は学校の前の暴れ柳に激突し、止めようとしたロンの魔法の杖が折れる。暴れ柳が車を襲い、車で慌てて逃げる。車はロンとハリーと荷物を放りだすと、どこかへ走り去る。
スネイプ先生は、空飛ぶ車が7人のマグルに目撃され、暴れ柳にも被害を与えたと２人を叱る。ダンブルドア校長とマクゴガナル先生は２人を退学処分にはしなかったが、家族に通知し、罰則を与える。
ポモーナ・スプラウト先生の薬草学の授業で、マンドレイクの苗の植え替えを行う。マンドレイクは石にされた人を元に戻す薬として使われると、ハーマイオニーが答える。
ロンは折れた杖をテープで補強する。フクロウがロンに吠えメールを届け、ロンの母が車を盗んだ事を叱る。
ロックハートが闇の魔術への防衛術の先生に就任する。ロックハート先生は悪戯好きのピクシー小妖精を籠から出して、捕まえるように生徒に命じるが、教室内はパニックで収拾がつかなくなる。先生は自室に退散する。ハーマイオニーが魔法でピクシーは静止させる。
スリザリンのクィディッチの新しいシーカーにドラコが入り、チーム全員に最新型箒ニンバス2001を与える。ドラコはハーマイオニーを「穢れた血」と言って侮辱する。怒ったロンが壊れた杖でメクジの呪いをかけるが、ロン自身にはね返る。
ハリーとハーマイオニーは、ロンをハグリッドに連れて行く。ハグリッドは、魔法使いの中には「純血」が偉いと思っている者もいるが、ハーマイオニーはどの魔法使いよりも優秀で、自信を持って良いと励ます。
ハリーは罰として、ロックハート先生のファンからの手紙の返事書きを手伝わされる。ハリーは「こっちへ来い」と言う声を聞く。遅くなったハリーは帰りの廊下で「殺してやる」と言う不気味な声を聞く。ハリーを迎えに来たロンとハーマイオニーには声は聞こえなかった。
声の元を探したハリー達は、沢山の蜘蛛が移動する方へ行くと「秘密の部屋は開かれた。継承者の敵よ、心せよ」と血で書かれた文字を見つけ、フィルチの猫が吊るされていた。
それを見たフィルチは、ハリーを疑う。そこにダンブルドア校長や先生達が来る。猫は死んだのではなく石にされていた。ダンブルドア校長はハリーを不問にし、スプラウト先生にマンドレイクから、石にされた者を蘇生させる薬を作るよう頼む。
授業中にハーマイオニーがマクゴナガル先生に、秘密の部屋について質問する。先生は「1000年以上前にこの学校が、凌の名前になっている4人の偉大な魔法使いと魔女によって創設された。その中のスリザリンは、魔法教育は純粋な魔法族「純血」にのみ与えるべきだと考えた。３人が反対し、スリザリンは学校を去った。伝説ではスリザリンは、この学校のどこかに秘密の部屋を作り封印した。継承者だけが秘密の部屋の封印を解き、その中の恐ろしい怪物を解き放ち操って、スリザリンが魔法を学ぶ資格がないと考えた者を学校から追放すると言われた。学校側は部屋を探したが見つからなかった。」と教える。
３人は、スリザリンの継承者はドラコではないかと思い、聞き出そうと考える。ハーマイオニーはポリジュース薬でハリーとロンがクラッブとゴイルに変身して、ドラコから聞き出す方法を提案する。ポリジュース薬を完成させるには1か月かかると言う。
クィディッチのグリフィンドール対スリザリンの試合が行われる。暴れ玉のブラッジャーが操られ、ハリーを執拗に襲う。ドラコとスニッチの取り合いになり、ハリーが手に入れ勝利するが、ブラッジャーが当たって右腕が骨折する。
ロックハート先生が魔法で治すと言って、ハリーの腕を骨なしにする。骨の再生のため、ハリーは病室で一夜を明かすことになる。
夜、ハリーの元へドビーが現れ、学校から離れるように言う。駅のホームに行けなくしたのも、ブラッジャーを操ったのもドビーの仕業だった。ドビーは、屋敷しもべは主人が服を与えると自由の身になれると教える。ドビーは前にも恐ろしい事が起こったと言う。ハリーは詳しい話を聞こうとすると、ドビーは姿を消す。
生徒のコリン・クリービーが石にされ、校長や先生達が病室に運んでくる。ダンブルドア校長は、生徒に危険が迫っており、秘密の部屋が再び開かれたと言う。寝たふりをしたハリーがそれを聞く。
ハーマイオニーは、女子トイレで薬の調合をしていた。少女の幽霊「嘆きのマートル」がいて、誰も近寄らないために昼間でも堂々と薬を作れた。
ロックハート先生は物騒な事件が続くので、決闘クラブを開き、身を守れるように生徒を鍛えると言う。ロックハート先生はスネイプ先生と模範演技の決闘をするが、負ける。次に、ハリーとドラコが決闘する。ドラコがズルして開始前に術を出し、ハリーも応戦する。ドラコが魔法で蛇を出すと、ハリーが蛇語で話しかける。スネイプ先生が魔法で蛇を消す。皆がハリーに怯える。
ハリーは前に動物園で蛇と話した事があり、蛇と話しができる人は沢山いると思っていた。ロンとハーマイオニーは、蛇語を話せる人間を「パーセルマウス」と言い、非常に特殊な才能だと教える。スリザリンも「パーセルマウス」だった。
「パーセルマウス」であるハリーが「スリザリンの継承者」ではないかと、噂が広まる。授業中、視線に耐えられなくなったハリーが廊下に出ると、また「血が欲しい。殺してやる」と言う声が聞こえる。声がする方へ行くと、生徒が石にされ、沢山の蜘蛛が移動していた。
ハリーはダンブルドア校長に呼ばれ、魔法で開く入口から校長室に入ると組分け帽子があった。ハリーは寮分けが正しかったか尋ねると、組分け帽子は「スリザリンでも上手くやれただろう」と言う。
校長室にいた不死鳥のフォークスが燃えて灰になり、ハリーは驚く。ダンブルドア校長は、不死鳥は燃えても灰の中から蘇り、重い物を運び、涙は癒しの力があると教える。灰の中から不死鳥が復活する。
ハグリッドが校長室に来て、ハリーは犯人じゃないと言う。ダンブルドア校長もハリーを犯人だとは思っていなかった。校長は何か話したいことはないかと質問するが、ハリーはないと答える。
冬、雪が降る。ハーマイオニーの薬が完成した。変身する相手の体の一部が必要で、３人はクラッブとゴイルを睡眠薬入りのお菓子で眠らせて物置に隠し、髪の毛を貰う。ハーマイオニーはスリザリンの女子生徒の髪の毛を手に入れていた。ロンとハリーはポリジュース薬を飲んで、クラッブとゴイルに変身する。変身の時間は1時間だ。ハーマイオニーは行けないと言う。
変身したハリーとロンは寮の談話室で、ドラコに後継者か聞くと、ドラコは否定する。ドラコは、秘密の部屋が50年前に開かれ、「穢れた血」が１人死に、開けた者は学校を追放されたと教える。変身が解けかけ、２人は急いで退散する。
変身が解けた２人が女子トイレに戻ると、ハーマイオニーの顔が猫になっていた。
廊下が水浸しになっているのでハリーとロンが女子トイレに行くと、嘆きのマートルが、誰かが本を投げつけたと泣いていた。床に日記が落ちていた。
日記を部屋に持ち帰ったハリーは、中を見ると白紙で、表紙に「トム・マールヴォロ・リドル」と名前があった。ハリーが日記に何か書くと、返事が現れる。ハリーは「秘密の部屋について教えてくれ」と書くと、「答えられないが、見せられる」という文字が現れる。
ハリーは50年前の6月13日に出現する。ハリーは見るだけで、人達と会話はできない。生徒のトム・リドルがいて、犠牲者が運ばれていく。ダンブルドアがトムを呼び、ディペット校長が学校を閉鎖すると言う。ダンブルドアが何か言いたい事があるか尋ねるが、トムは何もないと答える。
ハリーがトムの跡を追うと、秘密の部屋でハグリッドが怪物蜘蛛アラゴグを飼い、それが女生徒を殺した。トムが始末しようとすると、アラゴグが逃げる。ハグリッドは退学処分になった。ということを知る。ハリーは元の世界に戻る。
ハリーは、ロンとハーマイオニーにその話をする。50年前に「秘密の部屋」を開けたのはハグリッドだと言う話を２人は疑う。ハリーの部屋が荒らされて、日記がなくなっていた。
マクゴガナル先生がハリーとロンを病室に連れて行くと、ハーマイオニーが図書館で襲われ、石にされており、２人はショックを受ける。
生徒は夕方６時まで寮に戻り、授業に出る時は先生が引率すると言う規則ができる。マクゴガナル先生は、犯人が捕まらないので学校の閉鎖もあり得ると言う。
ハリーとロンはハグリッドに話を聞くために、透明マントを着てハグリッドの小屋に行く。客が来たので、ハグリッドは２人に透明マントを着て隠れるように指示する。客はダンブルドア校長と魔法省の役人コーネリアス・ファッジだった。シリウス・マルフォイも来て、理事会で決定した、校長の停職命令を持ってくる。50年前の事件を起こしたハグリッドが疑われ、アズカバン監獄に送られる。連行される時、ハグリッドは「蜘蛛の跡を追えば糸口が見つかる」と、隠れているハリー達に伝える。
ハリーとロンは小さな蜘蛛の跡を追って「暗黒の森」の奥に行き、巨大蜘蛛アラゴグに会う。ハリーが、ハグリッドが前のように秘密の部屋を開け、生徒を襲わせていると疑われていると話す。アラゴグはハグリッドが秘密の部屋を開けた事はなく、怪物はアラゴグではない。太古の生物が女の子をトイレで襲い、ハグリッドは疑われたアラゴグを森に放したと言う。
ハリーとロンはアラゴグの子共達に襲われる。空飛ぶ車がやってきて２人を助け、空を飛んでハグリッドの小屋に戻ると、車は去っていく。
ハリーは、石にされたハーマイオニーの手が握っている紙を見つける。紙には、巨大な蛇で睨まれると死ぬ、怪物バジリスクについて書いてあった。ハリーは、秘密の部屋に棲む怪物はバジリスクだと考える。蛇なのでハリーにだけ声が聞こえたのだ。被害者は直接目を見ていないので死なず、石になったと考える。紙にはハーマイオニーの字で管と書かれ、バジリスクは配管の中を移動していた。50年前に死んだ女子生徒はマートルではないかと考える。
２階廊下に先生逹が集まる。スリザリンの継承者が「彼女の白骨は永遠に『秘密の部屋』に」と書き、ロンの妹ジニーが怪物に連れ去られた。ロックハート先生が「秘密の部屋」の入口を知っていると言っていたので、マクゴガナル先生が怪物を任せる。ハリー達は先生逹の話をこっそり聞き、驚く。
ハリーとロンはロックハート先生に会いに行くと、逃げ出そうとしていた。先生の今までの著書の武勇伝は、全て他の魔法使いの手柄で、忘却術で魔法使いの記憶を消していたのだった。先生はハリーとロンの記憶を消そうとし、２人は先生を制する。
ハリーはロンとロックハート先生を連れて、マートルに会う。50年前に死んだ女子生徒はマートルで、
自分を殺した相手は知らないが、黄色い目玉が２つ手洗い場の傍に見えたと言う。洗面所の蛇口に蛇の絵があり、秘密の部屋の入口はここだった。
ハリーが蛇語で話しかけると、洗面台が開き、深い穴が開く。逃げようするロックハート先生を先に穴に放り込む。２人も入ると、穴の底に巨大な蛇の抜け殻がたくさんあった。ロックハート先生がロンの杖を奪ってハリー逹に忘却術をかけようとして自分に跳ね返り、先生が天井に当たって天井が崩落する。岩でハリーとロンは分かれてしまい、先生は記憶喪失になる。ハリーはロンに岩を退かすように頼み、ハリーはジニーを探しに奥へ進む。
ハリーが蛇語で話すと、丸い扉の蛇状の鍵が動いて扉が開く。蛇の彫像が並ぶ通路の奥に、ジニーが横たわっていた。50年前の姿のままの、トム・リドルの記憶が現れ、ジニーを操って秘密の部屋の扉を開き、マグルを襲い、壁に脅迫文を書いたと言う。ジニーは日記の力が恐ろしくなって捨て、それをハリーが見つけたのだ。
トムはハリーに会いたかったので、ハグリッドが見つかった場面を見せたと言う。皆はトムを信用したが、ダンブルドアが疑うので、自分を日記に保存し、スリザリンの仕事を成し遂げる者を待ったと話す。
「トム・マールヴォロ・リドル」の綴りを置きかえると「私はヴォルデモート卿」になり、トム・リドルがヴォルデモートだった。ヴォルデモートは自分が最も偉大な魔法使いだと言うと、ハリーは最も偉大な魔法使いはダンブルドアだと反論する。
不死鳥のフォークスが、組分け帽子をハリーに持ってくる。ヴォルデモートはバジリスクを出し、ハリーを襲わせる。不死鳥がバジリスクの目を潰す。
バジリスクに追われたハリーが下水管の中を逃げまわり、ジニーの元に戻る。ヴォルデモートはジニーがもうすぐ死に、ヴォルデモートが実体化すると言う。バジリスクがハリーを襲う。組分け帽子の中に現れた剣で、ハリーはバジリスクと戦う。ハリーは剣でバジリスクの喉から頭蓋を貫いて倒すが、バジリスクの毒牙にやられる。
ハリーは毒に侵されながら、毒牙で日記を刺すと、ヴォルデモートは飛散する。
ジニーが目覚め、ハリーに謝る。不死鳥が来てハリーの傷口に涙を垂らす。涙の癒しの力でハリーは毒から回復する。不死鳥の足に捕まって、ハリー、ロン、ジニー、ロックハート先生が脱出する。
ダンブルドア校長は、ハリーとロンにホグワーツ特別功労賞を与える。校長はロンのフクロウで、ハグリッドの釈放通知をアズカバンに届けるように頼む。ハリーが蛇語を話せるのは、ヴォルデモートが赤ん坊のハリーに傷を負わせた時、意図せずに力の一部をハリーに移したからだろうと校長が言う。
ダンブルドアは、組分け帽子がハリーをグリフィンドール寮にしたのは、ハリーが自分で選択したからだと言う。ハリーは剣がグリフィンドールの物で、ハリーは真のグリフィンドール生だと知る。
そこへドビーを連れたルシウス・マルフォイが来る。ドビーはマルフォイの屋敷しもべだった。何人かの理事はルシウスに脅されたと言い、校長の停職処分は解かれた。犯人はヴォルデモートで、彼の日記をジニーに渡したのはルシウスである疑いがあった。
ハリーは日記をルシウスに返し、ダイアゴン横丁でジニーの鍋に入れたのだろうと言う。ルシウスはしらをきり、ドビーに日記を渡す。日記の間に、ハリーの靴下が入っていた。主人から着る物を貰ったドビーは自由になる。ルシウスは怒ってハリーを襲うが、ドビーがハリーをかばってルシウスを退ける。ドビーは恩人のハリーにお礼をしたいと言うが、「僕を救おうとしないで」とハリーは答える。
薬が完成し、石になったハーマイオニーが復活する。ハーマイオニーはハリーに抱きつくが、ロンには躊躇する。ダンブルドアは、マンドレイク薬で石にされた者を戻したスプラウト先生とマダム・ポンプリーに感謝する。また、お祝いとして期末試験は取り止めにする。生徒達は喜ぶが、優等生のハーマイオニーは残念がる。
ハグリッドが学校に戻ってきて、ハリー、ロン、ハーマイオニーに感謝する。ハリーはハグリッドに抱きつく。皆が拍手する。
(エンドクレジット)
ダイアゴン横丁で、ロックハート先生の写真が「私は誰」と言っていた。
（写真は「ＩＭＤｂ」より）