「ネタバレの感想」でも述べたが、『ガッチャマン』には変な点や疑問点が多すぎる。具体的にあげてみた。
１．ギャラクターが占領地を徹底的に焼け野原にする目的は？
２０１５年の東ヨーロッパは、一面焼け野原になり、さらにギャラクターの物と思われるミサイルが次々に撃ち込まれている。ここまで徹底的に焼け野原にする目的は何だろう？もし、地球資源の独占や人間の奴隷化なら、ここまで焼け野原にしたら逆効果だろう。
２．幼い健はなぜ「石」を持ってベルクカッツェに追われている？
「石」を持った幼い健が、２代目ベルクカッツェに崖の縁に追い詰められる。健の服装は研修施設の物だが、逃げ出してきたのだろうか？しかも貴重なあんなに大きい「石」をどうやって手に入れたのか？何をするつもりだったのか？
３．東京が征服されていないのはなぜ？
ギャラクターは１７日間で世界の半分を征服したそうだ。それから１３年も経つのに、なぜ東京は征服されていないのだろうか？ギャラクターの世界征服の進行が遅すぎる。
４．潜入任務って何？
ガチャマン達が行っていた潜入任務とは何だろう？ジュンは買い物しかしていない。甚平は内務省のサーバーに不正アクセスしているが、大衆の前でハッキングしていいの？健はサラリーマン風の服装で食事しているけど、これも任務？竜は作業員風の服装で育ての母に電話しているけど、任務中に私的な電話をしても良いの？
５．南部博士はなぜギャラクターの狙いと作戦コードを知ったの？
南部博士はガッチャマン達に潜入任務の終了を告げ、「ギャラクターの狙いはＩＳＯ総会で、作戦コードはラスト・スーサイドだ」と告げる。キャタローラー出現前に、何でそんな詳細を知っているの？ギャラクター内にスパイがいるの？
６．キャタローラーはなぜ、もっとＩＳＯ支局の近くに出現しないの？
キャタローラーが空に現れた異次元ゲートから出現し、ＩＳＯ支局のビルを目指したが、異次元ゲートをＩＳＯ支局の近くに作ればいいのでは？
７．「石」を江戸時代に発見したの？
南部博士はＩＳＯ支局で「１７１８年、アフリカ奥地の古代遺跡で、我々が２８個の未知の結晶体を発見し、石と名付けた」と発表する。１７１８年は江戸時代の享保３年、徳川吉宗の時代。我々とは国際文化庁の事だろうが、江戸時代からあったの？鎖国時代にアフリカ探検をしていたの？発見当時のカラー写真（！）を見せていたが、写真は１９世に発明されたので、１７１８年には白黒写真はもちろん、カラー写真はない。
８．ウイルスⅩでシールド発生はなぜ？
人間とギャラクターのDNAは９９％一致し、１％差はウイルスⅩのだそうだ。そして要するにギャラクターはウイルスに感染したミュータントなのだろう。でも、このわずかの遺伝子の差で、科学技術でなく生態的にどうやってシールドを発生しているの？
９．腕の上に立てるのは重力制御？
健が出現した時、ギャラクターが持った剣の上に立った。普通だと体重で腕が支えきれないと思うが、重力制御でもしているの？その後、ギャラクターを潰したし。でも、今の科学力で重力制御とはすごすぎない？
１０．「俺が見えるか、悪党ども」誰に言ってるの？
いつの間にか健はビルの屋上にいて｢俺が見えるか、悪党ども。実態を見せずに忍び寄る白い影が｣と小声でつぶやく。声が小さいし、ビルの上で遠いし、誰に向かって言ったのだろう？
１１．忍法変わり身の術を他の場面で使わないのは？
ギャラクターに攻撃された甚平は偽物で、甚平は「忍法変わり身の術」と言った。おそらくホログラムで欺いたのだろう。でもその後、甚平がギャラクターによって壁に固定された時や、イリヤに捕まった時、なぜ使わないの？
１２．おもちゃ屋にヤッターマンがあるという事は『科学忍者隊ガッチャマン』もあるという事？
健とギルマンがオモチャ屋に落下した時、ヤッターマン、キャシャーン、ハクション大魔王のオモチャが置いてあった。これらはタツノコプロのアニメ作品であるが、タツノコプロはこの前に『科学忍者隊ガッチャマン』も作っている。という事は、この世界にアニメ『科学忍者隊ガッチャマン』のあるという事になり、どうなっちゃうの？
１３．ＰＣＢ爆弾って何？
キャタローラーを探査した甚平が、中にＰＣＢ爆弾を発見し、死者１００万人と言った。ＰＣＢとはポリ塩化ビフェニルで、１９６８年（昭和４３年）に起こった「カネミ油症事件」の様に、生体内に入ると強い毒性を示す発がん性物質である。でも、１００万人もどうやって殺すの？癌で？
１４．なぜ先に時限爆弾を止めないの？
キャタローラーがＩＳＯ支局に近づいている最中、ガッチャマン達は約７分間もギャラクターと戦い、ジュンが時限爆弾の処理を始めたときは、爆発まで３分しかなかった。ギャラクターと戦う前に時限爆弾の処理を始めれば、１０分もあった。順番を間違えているのでは？
１５．ワイヤーを引っ張ってキャタローラーを止められるの？
キャタローラーをガッチャマン達はワイヤーを張って止める。ワイヤーの先は建物に打ち込んであるが、もう一方は固定せず、ガッチャマン達が持っていた。踏ん張っても無理だと思う。
１６．甚平の秒読みが遅すぎる
甚平が「あと１０秒」と言ってから「０」と言うまで、２４秒もかかっている。２倍とは遅すぎる。「あと６秒」あたりで爆発しているはず。
１７．時限爆弾に「注意」と書いている理由は？
ジュンが時限爆弾を処理している時、その機会のカバーに英語で「ＣＡＵＴＩＯＮ」つまり「注意」と書いてあった。ギャラクターはガッチャマンにわざわざこれが危険ですよと教えたの？
１８．時限爆弾を破壊したら爆発しないの？
ジュンのジュ現爆弾の処理が手間取るが、健の鳥型のブーメラン「バードラン」で破壊した。時限爆弾を勝手に破壊すると爆発するのでは？
１９．アジア支局のメディカルチェックがしょぼすぎ
ガッチャマン達はアジア支局の島でメディカルチェックを受ける、所員が無言で体の上をセンサーの様な物を動かすだけで、治療らしいことはやっていない。チェック後は、隊員たちは哺乳瓶の様な物で何かを呑んでいるだけ。
２０．戦闘スーツはいつ着替えるの？
アニメ版だと「バード・ゴー！」の掛け声で、服が（多分）分子変化を起こして戦闘スーツに変身する。実写では、先の潜入調査の服装から、すぐに戦闘スーツ姿になっていたので、アニメ版同様に変身したのかと思った。ところがメディカルチェックを受けている間、戦闘スーツが後ろに飾られ、やはり所員がチェックしていた。つまり実写版のスーツは脱ぎ着する物らしい。キャタローラーの戦闘時には、どこで着替えたのだろう？
２１．指紋認証のハッキング準備が遅すぎる。
イリヤに接触するため、健とジュンは「ヨーロッパ奪還計画」の会場に侵入する。甚平が入場のための指紋認証と顔写真をすり替えるが、健がチェックを受けている最中にやっと完了した。もっと早く準備しておけば。それにチェックをする職員は、一度指紋が合わず顔写真も違うのに、何で健を通すの？ジョーがすり替えた相手を拘束したが、もし見つからなかったら？とにかく準備が遅すぎる。
２２．顔写真を照合しているのに、中で仮面を着けている意味あるの？
「ヨーロッパ奪還計画」の会場に入場する時は、上記の様に顔写真もチェックする。だったら、会場内で仮面を着けても意味がないのでは？
２３．「ヨーロッパ奪還計画」って何をする会なの？
このように厳重な（？）チェックを受けて会場に入ったが、中では音楽を演奏し、立食しているだけで、特に「ヨーロッパ奪還計画」の会議をやってるように見えなかった。何の会だったの？
２４．ギャラクターに顔を知られているとは、秘密がバレバレでは？
イリヤは健とジュンに「お前たちのデータは全て把握済みだ。顔を見せて本物か確認させろ」と要求する。ガッチャマンの秘密がギャラクターにバレバレなの？ひどすぎる。
２５．任務中のプロポーズは職務放棄では？
５年前、避難民を乗せた国連のバスの中で、ジョーがナオミにプロポーズする。これまでもジュンがケンを好きだと話すことがあったが、無駄話的なものと思っていいだろう。でもプロポーズはあきらかに職務放棄では？
２６．イリヤを恨むのは相手が違うのでは？
健とジョーはナオミが殺されたことで、イリヤを恨んでいた。しかし、イリヤに撃たれそうになった健を庇ってナオミが撃たれた。イリヤはナオミを殺そうとはしていなかった。悪いのは、ぼーと立っていた健の方では？
２７．６００トンの液体窒素は多すぎでは？
水だと体積１ｍ３の重さは１トンであるので、６００トンの体積は６００ｍ３である。水の密度は１、液体窒素の密度は０．８なので液体窒素の体積は、６００ｍ３÷０．８＝１２００ｍ３である。
イリヤが入れられた檻の大きさは縦横５ｍ、高さ２ｍとみて、５０ｍ３である。つまり液体窒素の体積は檻の体積の２４倍もある。檻だけでなくアジア支部じゅうに溢れ出すことになり、大惨事だ。
２８．電磁シールドの檻は出入り自由？
イリヤが入れられた電磁シールドの檻の中に、健は銃を持った手を２回も入れている。イリヤは檻の外にいた警備員を檻の中に引っ張り込んだ。その直後シールドが消えてイリヤが脱出した。電磁シールドって出入り自由だったの？
２９．椅子を壊すより、液体窒素を止めるのが先では？
イリヤが脱出し、椅子に縛られた甚平に液体窒素が降りかかる。それを見た竜は、床に固定してある椅子を壊して甚平を助けた。液体窒素を止めたり、拘束を解いたりした方が早いのでは？
３０．Ｇ粒子は人間も殺すの？
南部博士は、「石」のエネルギーＧ粒子は、ギャラクターのシールドを突破し、ウイルスⅩを破壊して活動を停止すると説明していた。だったらウイルスⅩに感染していない人間には無害では？なんで「捕虜の命は」と心配するの？
３１．カークランド博士は、わざわざ生体認証の制御装置の場所を教えた？
カークランド博士はイリヤに、「モスコーンは生体認証の制御装置がないと起動しない」と言って、首の後に手を当てた。わざわざイリヤに生体認証のありかを教えたの？
３２．高圧電流弾を撃たれたジョーが動けないと言ったのは嘘？
高圧電流弾を撃たれて自室で寝ていたジョーを健が見舞った時、ジョーは「すぐには動けない」と言っていた。その直後、ジョーは脱走したイリヤを追う。動けないと健に言ったのは嘘だったのだろうか？
３３．ウイルスⅩが紀元前５世紀に宇宙からやって来たって？
イリヤによれば、ウイルスⅩは紀元前５世紀に宇宙よりもたらされた。紀元前５世紀とは日本では縄文時代。何でそんなことが分かるの？
３４．ウイルスⅩの感染者はゾンビ？
さらにイリヤによれば、ウイルスⅩに感染したものは、ゾンビ、吸血鬼、悪魔と呼ばれ恐れられたそうだ。それぞれ特徴が全く違う気がするのだが。ギャラクターが不死身なのはゾンビだから？
３５．ウイルスⅩはキス感染？
ウイルスⅩはどのように感染するのだろうか？空気感染なんだろうか？などと考えていたら、何とキスによる感染だった？キス以外にも濃厚な接触感染があるのだろうが。
３６．「醜いスーツを着せられて」は同感。
ジュンは健に「普通に生きたかった。なのに石を埋め込まれ、醜いスーツを着せられ戦っている」と不満を言う。ジュンがスーツは醜いと言うのは賛成である。特にジュンのスーツがミニスカートでないのはおかしいと思っていた。
３７．ゴッド・フェニックスを射出する向きは？
ゴッド・フェニックスの射出を待つ隊員は、上を向いてシートに座っていたので、てっきりロケットの様に、上向きに射出されるのかと思った。ところが、島の横から水平方向に出てきた。何で上向きに座っていたの？
３８．シールドは人間の兵器で破壊できないのでは？
冒頭で「シールドと呼ばれる赤い光が全ての攻撃を跳ね返して、人間が作ったあらゆる戦争の道具は役に立たなかった」と言っていた。要塞タートルキングをゴッド・フェニックスがバードミサイルでシールドを破壊したが、矛盾していない？
３９．ニューヨークの代わりに島を破壊しても良いの？
甚平は衛星の軌道を変えたと言っていたが、見ると衛星の向きを変えて、ニューヨークの代わりに大西洋沖の島を破壊させた。島が爆発した位置を見ると、バミューダ諸島付近だった。そこにも人が住んでいると思うけど、破壊していいの？海上に発射すれば良かったのでは？それにＧ粒子は破壊兵器だったの？
他に、地図が出たリオデジャネイロの代わりの攻撃地点は、チリ沖の海上のようだったので良いだろう。でも、シドニーの代わりの攻撃地点はニューギニア島付近だった。これは良いの？
４０．地球のほぼ反対側にあるリオデジャネイロと東京を１つの衛星でほぼ同時に攻撃できるの？
ニューヨークとロスはアメリカ合衆国の東と西だが、同じ国なので１つの衛星で破壊するのは、可能だろう。でも、シドニーは南半球なので、同時に攻撃するのは難しい。さらに、リオデジャネイロはブラジルにあり、ブラジルと日本は地球のほぼ裏側にある。１つの衛星で攻撃するのは無理だろう。
４１．東京攻撃の秒読みも遅すぎる
南部博士が「東京を目標にしたモスコーンの発射は回避できない。避難の時間もない」と言った時、博士の背後のモニターの表示は、残り６分０７秒だった。残り０秒で衛星に要塞が激突したが、それまで１４分かかっている。やはり時間が２倍以上かかっている。
４２．要塞を衛星に激突させようとしたのはジョーでなく、ナオミでは？
健は南部博士に「ジョーは要塞を衛星に激突させるつもりだ」と報告する。でも、要塞を宇宙に飛ばしたのはナオミでは？ジョーが最後にコントローラーで要塞の進行を微調整していた。でも、甚平はコントローラーを見て「どうやってハッキングすればいいの？」と嘆いていた。甚平にできないけどジョーにはできたの？
４３．南部博士はジョーを犠牲にしても良いの？
南部博士は「適合者５人を失うわけにいかないので、ジョーに託して脱出せよ」と健に命令する。ジョーは犠牲にしても良いの？
４４．ジョーのベルクカッツェの扮装は？
ナオミにキスされウイルスⅩに感染したジョーは、４代目ベルクカツェに変身する。ナオミの仮面は左目部分を健に切られた。ジョーの仮面も左目の部分がないので、直前のナオミのベルクカッツェのコスチュームに変身したようだ。でもナオミのコスチュームは左足が網タイツだったが、ジョーは網タイツになっていないぞ。
その後、ナオミが死んだので、ジョーは４代目ベルクカッツェを引き継いだはず。なのに元の姿に戻っていたのはなぜ？
４５．ゴッド・フェニックスは墜落したのでは？
ゴッド・フェニックスは要塞の攻撃に被弾して墜落を始め、５人の隊員全員がゴッド・フェニックスから脱出した。自動操縦に切り替えたのかもしれないが、破損しないで着陸していたのはなぜ？
４６．バードミサイルで衛星を攻撃すれば？
バードミサイルが２発も残っていた。爆風で脱出するのではなく、バードミサイルで衛星を攻撃すればいいのでは？それより、要塞を攻撃に来るより先に、衛星を破壊すればよかったのでは？
４７．続編を作る気だったの？
エンドクレジット後、自室で寝ていたジョーの腕の石の光が消え、目が赤く光る。含みを持たせて終わったという事は、続編と作る気でいたの？
『ガッチャマン』の変な点や疑問点を上げたら、以上の様に何と４７か所もあった。今までも様々な「とんでも映画」で疑問点を上げてきたが、これは格段に多い。監督や脚本家は気付かなかったのだろうか？もし、今後（あり得ないだろうが）続編を作るなら、脚本の変な所を指摘してあげるので、ぜひ私を呼んで欲しい。