被控訴人が，控訴人の国外関連者との船舶建造請負取引について，いわゆる移転価格税制を適用し，控訴人の法人税等についての更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分は違法であるとして，その取消しを求めた事案について，本件更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分の一部は，違法であるが，これらの部分は裁決により，既に，取り消されて効力を失っており，その余の部分は適法であるから，その全部の取消しを求める控訴人の請求は，理由がないとした事例
法人税更正処分等取消請求控訴事件
【事件番号】 高松高等裁判所判決／平成１６年（行コ）第１７号
【判決日付】 平成１８年１０月１３日
【判決要旨】 （１） 移転価格税制の目的は、特殊関連企業間においては、種々の理由から相互に独立した企業間の取引において通常設定される対価（独立企業間価格）とは異なる対価で取引されやすいことにかんがみ、国外関連取引を通じた所得の海外移転に対処して、適正な国外課税の実現を図ることにある。
（２）～（１０） 省略
【掲載誌】 訟務月報５４巻４号８７５頁
税務訴訟資料２５６号順号１０５２８
ＬＬＩ／ＤＢ 判例秘書登載
租税特別措置法第六十六条の四第三項（国外関連者との取引に係る課税の特例）」とする。（国外関連者との取引に係る課税の特例）
第六十六条の四 法人が、昭和六十一年四月一日以後に開始する各事業年度において、当該法人に係る国外関連者（外国法人で、当該法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式又は出資（当該他方の法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額の百分の五十以上の数又は金額の株式又は出資を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める特殊の関係（次項、第五項及び第十項において「特殊の関係」という。）のあるものをいう。以下この条において同じ。）との間で資産の販売、資産の購入、役務の提供その他の取引を行つた場合に、当該取引（当該国外関連者が恒久的施設を有する外国法人である場合には、当該国外関連者の法人税法第百四十一条第一号イに掲げる国内源泉所得に係る取引として政令で定めるものを除く。以下この条において「国外関連取引」という。）につき、当該法人が当該国外関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格に満たないとき、又は当該法人が当該国外関連者に支払う対価の額が独立企業間価格を超えるときは、当該法人の当該事業年度の所得に係る同法その他法人税に関する法令の規定の適用については、当該国外関連取引は、独立企業間価格で行われたものとみなす。
２ 前項に規定する独立企業間価格とは、国外関連取引が次の各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法のうち、当該国外関連取引の内容及び当該国外関連取引の当事者が果たす機能その他の事情を勘案して、当該国外関連取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該国外関連取引につき支払われるべき対価の額を算定するための最も適切な方法により算定した金額をいう。
一 棚卸資産の販売又は購入 次に掲げる方法
イ 独立価格比準法（特殊の関係にない売手と買手が、国外関連取引に係る棚卸資産と同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階、取引数量その他が同様の状況の下で売買した取引の対価の額（当該同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階、取引数量その他に差異のある状況の下で売買した取引がある場合において、その差異により生ずる対価の額の差を調整できるときは、その調整を行つた後の対価の額を含む。）に相当する金額をもつて当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）
ロ 再販売価格基準法（国外関連取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係にない者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額（以下この項において「再販売価格」という。）から通常の利潤の額（当該再販売価格に政令で定める通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。）を控除して計算した金額をもつて当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）
ハ 原価基準法（国外関連取引に係る棚卸資産の売手の購入、製造その他の行為による取得の原価の額に通常の利潤の額（当該原価の額に政令で定める通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。）を加算して計算した金額をもつて当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）
ニ イからハまでに掲げる方法に準ずる方法その他政令で定める方法
二 前号に掲げる取引以外の取引 同号イからニまでに掲げる方法と同等の方法
３ 法人が各事業年度において支出した寄附金の額（法人税法第三十七条第七項に規定する寄附金の額をいう。以下この項及び次項において同じ。）のうち当該法人に係る国外関連者に対するもの（恒久的施設を有する外国法人である国外関連者に対する寄附金の額で当該国外関連者の各事業年度の同法第百四十一条第一号イに掲げる国内源泉所得に係る所得の金額の計算上益金の額に算入されるものを除く。）は、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。この場合において、当該法人に対する同法第三十七条の規定の適用については、同条第一項中「次項」とあるのは、「次項又は租税特別措置法第六十六条の四第三項（国外関連者との取引に係る課税の特例）」とする。
４ 第一項の規定の適用がある場合における国外関連取引の対価の額と当該国外関連取引に係る同項に規定する独立企業間価格との差額（寄附金の額に該当するものを除く。）は、法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
５ 法人が当該法人に係る国外関連者との取引を他の者（当該法人に係る他の国外関連者及び当該国外関連者と特殊の関係のある内国法人を除く。以下この項において「非関連者」という。）を通じて行う場合として政令で定める場合における当該法人と当該非関連者との取引は、当該法人の国外関連取引とみなして、第一項の規定を適用する。
６ 法人が、当該事業年度において、当該法人に係る国外関連者との間で国外関連取引を行つた場合には、当該国外関連取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他の人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。以下この条において同じ。）の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。）を、当該事業年度の法人税法第七十四条第一項又は第百四十四条の六第一項若しくは第二項の規定による申告書の提出期限までに作成し、又は取得し、財務省令で定めるところにより保存しなければならない。
７ 法人が当該事業年度の前事業年度において当該法人に係る一の国外関連者との間で行つた国外関連取引（前事業年度がない場合その他の政令で定める場合には、当該事業年度において当該法人と当該一の国外関連者との間で行つた国外関連取引）が次のいずれにも該当する場合又は当該法人が前事業年度において当該一の国外関連者との間で行つた国外関連取引がない場合として政令で定める場合には、当該法人が当該事業年度において当該一の国外関連者との間で行つた国外関連取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類については、前項の規定は、適用しない。
一 一の国外関連者との間で行つた国外関連取引につき、当該一の国外関連者から支払を受ける対価の額及び当該一の国外関連者に支払う対価の額の合計額が五十億円未満であること。
二 一の国外関連者との間で行つた国外関連取引（無形資産（有形資産及び金融資産以外の資産として政令で定めるものをいう。以下この号及び次項において同じ。）の譲渡若しくは貸付け（無形資産に係る権利の設定その他他の者に無形資産を使用させる一切の行為を含む。）又はこれらに類似する取引に限る。）につき、当該一の国外関連者から支払を受ける対価の額及び当該一の国外関連者に支払う対価の額の合計額が三億円未満であること。
８ 法人が各事業年度において当該法人に係る国外関連者との間で行つた特定無形資産国外関連取引（国外関連取引のうち、特定無形資産（国外関連取引を行つた時において評価することが困難な無形資産として政令で定めるものをいう。以下この項において同じ。）の譲渡若しくは貸付け（特定無形資産に係る権利の設定その他他の者に特定無形資産を使用させる一切の行為を含む。）又はこれらに類似する取引をいう。以下この項において同じ。）について、当該特定無形資産国外関連取引の対価の額を算定するための前提となつた事項（当該特定無形資産国外関連取引を行つた時に当該法人が予測したものに限る。）についてその内容と相違する事実が判明した場合には、税務署長は、第二項各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法のうち、当該特定無形資産国外関連取引の内容及び当該特定無形資産国外関連取引の当事者が果たす機能その他の事情（当該相違する事実及びその相違することとなつた事由の発生の可能性（当該特定無形資産国外関連取引を行つた時における客観的な事実に基づいて計算されたものであることその他の政令で定める要件を満たすものに限る。）を含む。）を勘案して、当該特定無形資産国外関連取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該特定無形資産国外関連取引につき支払われるべき対価の額を算定するための最も適切な方法により算定した金額を第一項に規定する独立企業間価格とみなして、当該法人の当該事業年度の所得の金額又は欠損金額につき法人税法第二条第三十九号に規定する更正（以下この条において「更正」という。）又は同法第二条第四十号に規定する決定（第十二項、第十四項及び第二十七項において「決定」という。）をすることができる。ただし、当該特定無形資産国外関連取引の対価の額とこの項本文の規定を適用したならば第一項に規定する独立企業間価格とみなされる金額とが著しく相違しない場合として政令で定める場合に該当するときは、この限りでない。
９ 前項本文の規定は、法人が同項の特定無形資産国外関連取引（第二十五項の規定により各事業年度において法人が当該法人に係る国外関連者との間で取引を行つた場合に当該事業年度の確定申告書（法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書をいう。同項において同じ。）に添付すべき書類に、当該特定無形資産国外関連取引に係る同項に規定する事項の記載があるものに限る。以下この項及び次項において同じ。）に係る次に掲げる事項の全てを記載した書類（その作成に代えて電磁的記録の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。）を作成し、又は取得している場合には、適用しない。
一 当該特定無形資産国外関連取引の対価の額を算定するための前提となつた事項（当該特定無形資産国外関連取引を行つた時に当該法人が予測したものに限る。次号において同じ。）の内容として財務省令で定める事項
二 当該特定無形資産国外関連取引の対価の額を算定するための前提となつた事項についてその内容と相違する事実が判明した場合におけるその相違することとなつた事由（以下この号において「相違事由」という。）が災害その他これに類するものであるために当該特定無形資産国外関連取引を行つた時に当該法人がその発生を予測することが困難であつたこと、又は相違事由の発生の可能性（当該特定無形資産国外関連取引を行つた時における客観的な事実に基づいて計算されたものであることその他の政令で定める要件を満たすものに限る。）を勘案して当該法人が当該特定無形資産国外関連取引の対価の額を算定していたこと。
１０ 第八項本文の規定は、法人に係る特定無形資産国外関連取引に係る判定期間（当該法人と特殊の関係にない者又は当該法人との間で当該特定無形資産国外関連取引を行つた国外関連者と特殊の関係にない者から受ける同項の特定無形資産の使用その他の行為による収入が最初に生じた日（その日が当該特定無形資産国外関連取引が行われた日前である場合には、当該特定無形資産国外関連取引が行われた日）を含む事業年度開始の日から五年を経過する日までの期間をいう。以下この項において同じ。）に当該特定無形資産の使用その他の行為により生ずることが予測された利益の額と当該判定期間に当該特定無形資産の使用その他の行為により生じた利益の額とが著しく相違しない場合として政令で定める場合に該当するときは、当該判定期間を経過する日後において、当該特定無形資産国外関連取引については、適用しない。
１１ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が法人に前二項の規定の適用があることを明らかにする書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項において同じ。）又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日（その求めた書類又はその写しが同時文書化対象国外関連取引（第七項の規定の適用がある国外関連取引以外の国外関連取引をいう。次項及び第十七項において同じ。）に係る第六項に規定する財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。次項及び第十七項において同じ。）又はその写しに該当する場合には、その提示又は提出を求めた日から四十五日）を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときは、前二項の規定の適用はないものとする。
１２ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が、法人に各事業年度における同時文書化対象国外関連取引に係る第六項に規定する財務省令で定める書類若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から四十五日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたとき、又は法人に各事業年度における同時文書化対象国外関連取引に係る第一項に規定する独立企業間価格（第八項本文の規定により当該独立企業間価格とみなされる金額を含む。）を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項及び第十七項において同じ。）若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたときは、税務署長は、次の各号に掲げる方法（第二号に掲げる方法は、第一号に掲げる方法を用いることができない場合に限り、用いることができる。）により算定した金額を第一項に規定する独立企業間価格と推定して、当該法人の当該事業年度の所得の金額又は欠損金額につき更正又は決定をすることができる。ただし、当該事業年度において、当該同時文書化対象国外関連取引につき第八項又は第九項の規定の適用がある場合は、この限りでない。
一 当該法人の当該国外関連取引に係る事業と同種の事業を営む法人で事業規模その他の事業の内容が類似するものの当該事業に係る売上総利益率又はこれに準ずる割合として政令で定める割合を基礎とした第二項第一号ロ若しくはハに掲げる方法又は同項第二号に定める方法（同項第一号ロ又はハに掲げる方法と同等の方法に限る。）
二 第二項第一号ニに規定する政令で定める方法又は同項第二号に定める方法（当該政令で定める方法と同等の方法に限る。）に類するものとして政令で定める方法
１３ 前項本文の規定は、同項の同時文書化対象国外関連取引につき第十項の規定の適用がある場合には、同項に規定する経過する日後は、適用しない。
１４ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が、法人に各事業年度における同時文書化免除国外関連取引（第七項の規定の適用がある国外関連取引をいう。以下この項及び第十八項において同じ。）に係る第一項に規定する独立企業間価格（第八項本文の規定により当該独立企業間価格とみなされる金額を含む。）を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項及び第十八項において同じ。）又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときは、税務署長は、第十二項各号に掲げる方法（同項第二号に掲げる方法は、同項第一号に掲げる方法を用いることができない場合に限り、用いることができる。）により算定した金額を第一項に規定する独立企業間価格と推定して、当該法人の当該事業年度の所得の金額又は欠損金額につき更正又は決定をすることができる。ただし、当該事業年度において、当該同時文書化免除国外関連取引につき第八項又は第九項の規定の適用がある場合は、この限りでない。
１５ 前項本文の規定は、同項の同時文書化免除国外関連取引につき第十項の規定の適用がある場合には、同項に規定する経過する日後は、適用しない。
１６ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人と当該法人に係る国外関連者との間の取引に関する調査について必要があるときは、当該法人に対し、当該国外関連者が保存する帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この条において同じ。）又はその写しの提示又は提出を求めることができる。
１７ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人に各事業年度における同時文書化対象国外関連取引に係る第六項に規定する財務省令で定める書類若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から四十五日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたとき、又は法人に各事業年度における同時文書化対象国外関連取引に係る第十二項に規定する独立企業間価格を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたときに、当該法人の各事業年度における同時文書化対象国外関連取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、その必要と認められる範囲内において、当該法人の当該同時文書化対象国外関連取引に係る事業と同種の事業を営む者に質問し、当該事業に関する帳簿書類を検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができる。
１８ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人に各事業年度における同時文書化免除国外関連取引に係る第十四項に規定する財務省令で定める書類又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときに、当該法人の各事業年度における同時文書化免除国外関連取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、その必要と認められる範囲内において、当該法人の当該同時文書化免除国外関連取引に係る事業と同種の事業を営む者に質問し、当該事業に関する帳簿書類を検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができる。
１９ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人の国外関連取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、前二項の規定に基づき提出された帳簿書類（その写しを含む。）を留め置くことができる。
２０ 前三項の規定による当該職員の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。
２１ 国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、第十七項又は第十八項の規定による質問、検査又は提示若しくは提出の要求をする場合には、その身分を示す証明書を携帯し、関係人の請求があつたときは、これを提示しなければならない。
２２ 次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした者は、三十万円以下の罰金に処する。
一 第十七項若しくは第十八項の規定による当該職員の質問に対して答弁せず、若しくは偽りの答弁をし、又はこれらの規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避したとき。
二 第十七項又は第十八項の規定による帳簿書類の提示又は提出の要求に対し、正当な理由がなくこれに応じず、又は偽りの記載若しくは記録をした帳簿書類（その写しを含む。）を提示し、若しくは提出したとき。
２３ 法人の代表者（人格のない社団等の管理人を含む。）又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関して前項の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の刑を科する。