シリカベースの逆相カラムは、一般的には強塩基性条件に弱いので、解離抑制のための移動相条件としては酸性側で使う方が多いと思います。解離抑制のために移動相を酸性にするということは、分析種も酸性ですから、LC/MSでの検出には正イオンより負イオンの方が適しています。移動相が酸性、分析種も酸性、そして分析種を負イオンで検出するということは、分析種の負イオン検出におけるイオン強度は移動相の種類（酸性度）に大きく依存します。
先日、ソルナックチューブの実験のために日本電子㈱で装置をお借りした時、1つの化合物（分析種）を負イオンで検出する時、移動相を酢酸、ギ酸、TFAと変化させた時、分析種のイオン強度がどの程度変化するのか確認してみました。試料はアミノ酸の一種であるメチオニンを用いました。各移動相条件で測定した時の、メチオニンの[M-H]―に相当する抽出イオンクロマトグラム（EIC）とマススペクトルを示します。
酢酸条件
ギ酸条件
TFA条件
各条件におけるEIC強度は、酢酸の時は5233、ギ酸の時は958、そしてTFAの時は未検出でした。移動相の酸性度が大きくなる程、メチオニンの[M-H]―の生成が抑制されて、強度が減少していることが分かります。
また、TFA条件でHPLCとMSイオン源の間に陰イオン交換型のソルナックを接続した時のデータを示します。チューブ内での拡散の影響でピークはブロードニングしていますが、EICピークが確認できます。
TFA条件でソルナックチューブを用いた場合
また保持時間は、酢酸の時は1.8分、ギ酸の時は2.0分、TFA（＋ソルナックチューブ）の時は3.6分でした。TFAでは、メチオニンのカルボキシ基の解離が抑制されたために保持が向上したことが分かります。
酸性移動相を用いて分析種を負イオンで検出する場合、移動相に添加した酸が付加したイオンが高い強度で検出される場合がありますが、今回のように酸が付加したイオンが検出されない場合、基本的には移動相の酸性度が高くなるほど、分析種の負イオンの生成は抑制される傾向にあります。
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引用元：LC-ESI/MSにおける酸性移動相条件での負イオン検出につ・・・