アドオンとかは使わず簡単にできます。
フォルダの上で右クリック→「フォルダを既読にする」を押すとそのフォルダ内全部が既読になるのは有名です。
でそこで一工夫。下のスクリーンショットで説明するとまず「受信トレイ」で左クリックで選択。次にキーボードの「Shift」(シフトキー)を押しながら「ゴミ箱」の上で左クリックをおします。すると「受信トレイ」から「ゴミ箱」まで一気に選択されます。
そしてあとは選択した青色の上で右クリックすると「フォルダを既読にする」という選択肢が現れますのでそれをおすと青色で選択したところ(フォルダとかもろもろ)のメールがすべて既読になります。
Gmailで灰色で[Gmail]と書かれているフォルダは開いてから同じ作業をするとすべて既読になります。
もしかしたらサブフォルダは開いてないと有効にならないかもしれません。それは調べてないです。
上のスクリーンショットでは選択されてないアカウント名を書かれてる項目も選択に入れてしまうと「フォルダを既読にする」という項目が現れなくなるのでアカウントをまたいですべて既読、というのはできないみたいです。