僕も、走り始めの初心者の頃に経験したんですが、と言うより、初心者がさけて通れない故障の一つに、足底筋の炎症（痛みがあります）
程々ジョギング程度の人だとここまでなりませんが、走り始めて数ヶ月、月間１００～２００キロと、距離を伸ばしてくると、自分の足（筋力）と走行距離が比例しなくなり、かなりの確率で、足の裏とか横とか痛くなってきます。
でも、走り始めるとそうでもない。
これを放置して走り続けると、朝起きて、足付いた瞬間に大きな痛みに襲われるようになります。これが、足底筋膜炎です。
こうなると、病院に行って足の裏に注射するという荒療治（凄く痛い）もあるんですが、治るまで暫くかかりますし、走るにあたっての大きな悩みの一つになってしまいます。
で、私が、昔そうなったときに、色々と研究しまして、予防や対処方法を書いた記事がありますので、ここに張っておきますので、悩んでいる方は、覗いて見て下さい。足底筋の痛みを抑える、キネシオテープの張り方なんかを掲載しています。
足底筋膜炎に効果のありそうな物とケア（２００８年１１月の記事）
http://ameblo.jp/yoshi4261/entry-10152659969.html
これプラス、アイスバックを使ったアイシングが効果的だと思います。
ご参考まで。