構内には、３面５線のホームでは、函館からの普通列車の交換と、上下線のスーパー白鳥号の交換があり、相互の乗り換えできるようになっています。
北海道新幹線の高架駅が建設中で、将来は3線軌条で新幹線規格で作られた青函トンネルに接続する計画で、江差線の木古内駅から江差駅までは来春に廃止される予定です。木古内駅から伸びていた松前線は、すでに廃止され、江差線だけが青函トンネルが接続するため残りましたが、木古内駅から五稜郭駅までは、ＪＲから経営分離されるため、現在の地上の木古内駅の風景も大きく変わります。
江差線 木古内駅
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%9C%A8%E5%8F%A4%E5%86%85%E9%A7%85
http://watchizu.gsi.go.jp/watchizu.html?longitude=140.12794086057&latitude=41.856639465185