そのため、一口にもやしと言っても種類はひとつではありません。
豆を原料とするもやしには、中華料理とともに1965年ころから日本中に広まった「黒まめもやし（ブラックマッペ）」や、現在もっとも普及している「緑豆もやし」のほか、「大豆もやし」などがあります。
大豆もやしとは聞きなれないかもしれないが、ナムルやチゲなどでお馴染みの韓国料理には欠かせない種類です。
海外では様々な豆でもやしが作られており、ヨーロッパではスパイスとして利用されるフェネグリークという豆をもやしとして栽培しています。
穀物では、小麦・大麦・ライ麦などからもやしが作られています。
そして、誰もが知るカイワレ大根もまた実はもやしの一種。大根の種から発芽した茎や芽がカイワレ大根なのだ。このような種類は、新芽野菜と呼ばれ、芽を意味する英語から"スプラウト（sprout）とも呼ばれます。
カイワレ大根の他、ブロッコリーから作られるブロッコリースプラウトや赤キャベツから作られるレッドキャベツスプラウト、近年目にすることが多くなったクレソンなどももやしの仲間であります。
大豆もやしもカイワレ大根も総じて、もやしだが、一般的にもやしと言う場合にはもっとも普及している緑豆もやしを指します。
英語でもすべてsproutだが、豆もやしbean sproutと区別することが多いですね。