＜例文＞
情報の共有システムが確立されていないということは、このプロジェクトを運営するうえでマイナスなことだ。
「こと」という言葉は、じつにさまざまなシチュエーションで使われます。
「～ということだ」（伝聞）、「寝坊することがある」（場合）、「行ったことがある」（経験）、「そこまですることはない」（必要）、「努力しただけのことはある」（価値）などが代表的なものです（ほかにもたくさんあります）。
例文の「こと」は、「状態や事柄、程度などを強調する」という意味で使われています。
最初の「こと」は、＜情報の共有システムが確立されていない＞という事柄を強調したもので、次の「こと」は＜マイナス＞という事柄を強調しています。
もちろん、意味は伝わります。
ただし、強調というのは、ここぞというときに使わなければ効果が得られません。
「キミ、情報の共有システムが確立されていないということが、何を意味しているのか分かっているのか？」
こんなセリフに使うのであれば、いいかもしれません（笑）
一方で、強調の「こと」を不用意に用いた文章は、読者にとって読みづらいものになりがちです。
例文に関していうなら、あえて「こと」を使わなくてもいいような気がします（少なくとも連続して使用するのはナンセンスです）。
例文から「こと」を外して、文章をすっきりさせてみましょう。
＜例文の修正＞
情報の共有システムが確立されていないのは、このプロジェクトを運営するうえでマイナスだ。
いかがでしょうか？
読みやすくなったと思います。
強調の「こと」を使うときには、本当にその「こと」が必要なのか、別の表現に言い換えることはできないのか、考えるようにしましょう。
情報の共有システムが確立されていないということは、このプロジェクトを運営するうえでマイナスなことだ。
「こと」という言葉は、じつにさまざまなシチュエーションで使われます。
「～ということだ」（伝聞）、「寝坊することがある」（場合）、「行ったことがある」（経験）、「そこまですることはない」（必要）、「努力しただけのことはある」（価値）などが代表的なものです（ほかにもたくさんあります）。
例文の「こと」は、「状態や事柄、程度などを強調する」という意味で使われています。
最初の「こと」は、＜情報の共有システムが確立されていない＞という事柄を強調したもので、次の「こと」は＜マイナス＞という事柄を強調しています。
もちろん、意味は伝わります。
ただし、強調というのは、ここぞというときに使わなければ効果が得られません。
「キミ、情報の共有システムが確立されていないということが、何を意味しているのか分かっているのか？」
こんなセリフに使うのであれば、いいかもしれません（笑）
一方で、強調の「こと」を不用意に用いた文章は、読者にとって読みづらいものになりがちです。
例文に関していうなら、あえて「こと」を使わなくてもいいような気がします（少なくとも連続して使用するのはナンセンスです）。
例文から「こと」を外して、文章をすっきりさせてみましょう。
＜例文の修正＞
情報の共有システムが確立されていないのは、このプロジェクトを運営するうえでマイナスだ。
いかがでしょうか？
読みやすくなったと思います。
強調の「こと」を使うときには、本当にその「こと」が必要なのか、別の表現に言い換えることはできないのか、考えるようにしましょう。