RでCRANサイトをコマンドで入力する

chooseCRANmirror(graphics=F)

WSL2にR, Rstudio serverをインストール

矢内氏の説明に基本的に従う。

矢内 勇生 - その他

$sudo apt-key adv --keyserver
keyserver.ubuntu.com --recv-keys
E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
$ sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.rproject.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

のところはproxyを突破できないかもしれない。

そこで

apt-key advでプロキシ設定してもエラーになる人へ - Qiita

を拝見。

同ブログの説明に従って、

OpenPGP Keyserver

に

0xE298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

と入力する。

取得した.acrファイルを丸ごと保存する。

（-----BEGIN PGP PUBLIC KEY BLOCK-----
Comment: Hostname: 
Version: Hockeypuck 2.1.1-10-gec3b0e7の部分の含めて丸ごと保存。）

サイト説明通りに、

cat hoge.txt | sudo apt-key add -

を行い、その後矢内氏の説明に戻って、

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.rproject.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

を行う。

これでRがインストールされる。

R-studio serverのインソールは

Posit

に従う。

さらに

Rのパッケージインストール時のプロキシ設定 - Qiita

に従って,~/.Rprofileと~/.Renvironにproxy情報及び、curlの記入を行う。

Guppyのモデル格納場所

/opt/ont/guppy/data

nvidia-smiを用いてGPUの稼働状況をモニターする

watch -d -n 0.5 nvidia-smi

0.5秒おきに変化したパラメータをハイライトする。

vContact2 インストール

vContact2をインストール

Python＝3.7.3だと動く。

3.11だと動かなかった。

--c1-bin /path/to/cluster_one-1.0.jar 

のオプションをつけてrunする。

R phangornとapeをインストール

まず基本的なこととして

install.packages('phangorn', Dependency = T)

のようにDependencyのインストールも一緒に行う。

libgfortran.so.4: 共有オブジェクトファイルを開けません: そのようなファイルやディレクトリはありません

と怒られた。

sudo apt install gfortran-7

をしてみる。。。

その後再度

install.packages('phangorn', Dependency = T)

したら解決。

apeのインストールでは、

/usr/bin/ld: cannot find -llapack 

/usr/bin/ld: cannot find -lblas

と怒られたが、これは

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev

sudo apt-get install libgsl0-dev

を行ったら、解決した。

何をやっているのか自分で分からない。。。