特許事務所
の仕事では、インターネット経由で特許出願や商標登録出願しますが、その時にインターネット出願ソフトを使います。
電子出願サポートサイトのインターネット出願ソフト
から無料でダウンロードできます。URLにアクセスして出願ソフト送付を申請（ソフトのダウンロード請求）すると、数分で指定した電子メールアドレスにアクセス情報が送られてきます。
アクセス情報に従って、指定のURLにアクセスすると、出願ソフトや、出願ソフトひな型をダウンロード出来ます。
特許出願手続の方法は、私が運営している特許明細書の書き方等を紹介するブログの2009年7月4日のエントリーをご覧ください。
http://tokyotokkyo.jugem.jp/?month=200907
特許庁から拒絶理由通知などもこのインターネット出願ソフト経由で送られてきますし、特許庁に対する手続の殆どが、このソフトで出来ます。
但し、総ての手続がインターネット出願ソフト経由で出来る訳ではない（例えば、包括委任状の提出など）ので、注意して下さい。