魔法。それが現実の技術として確立されてから約一世紀が過ぎていた。国立魔法大学附属第一高校、通称“第一高校”にとある兄妹が入学する。魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。すべてが完全無欠な優等生の妹・深雪。二人の学生生活は激動に次ぐ激動の日々だった。政治結社《ブランシュ》の襲撃。九校戦への香港系国際犯罪シンジケート《無頭竜(ノー・ヘッド・ドラゴン)》の介入。大亜連合軍の横浜への侵攻。人の精神に取り憑いて変質させる魔物パラサイトの出現。そしてUSNA軍魔法師部隊スターズ総隊長アンジー・シリウスことアンジェリーナ＝クドウ＝シールズの来訪。波乱に満ちた一年が終わり、二年生になった二人の生活も少しずつ変化する。四葉家から使わされた桜井水波が達也たちと同居することになり、達也は新設された魔法工学科、通称《魔工科》に転科する。深雪と共に平穏な学園生活を送るはずだったがそれを世界が許すはずもなく…。そして、──波乱の日々が、再び幕開く。
01 ダブルセブン編Ⅰ
2096年4月を迎え、二年生に進級した達也の身の回りには色々な変化があった。達也と美月は新設された魔法工学科に転科。幹比古は二科から一科へと転科した。また達也と深雪は四葉本家から使用人として使わされた水波と同居することになり、三人での生活が始まった。今年こそ平穏な学生生活を、と願って登校する達也だが、新入生は七草家の双子である香澄・泉美と、新入生総代で七草家に対抗意識を持つ七宝琢磨と、一癖も二癖もある顔ぶればかりだった……。
そう、私たちは3年前とは違う。私とお兄様の関係も。お兄様に向ける、私の気持ちも…お兄様愛が止まらない、深雪ちゃん！周囲もすっかり諦め…受け入れてるようですし、あとは既成事実を作るだけですわ？しかしますます達也くんの完璧っぷりに磨きがかかってますし、なんというかもう…さすがはお兄様です…!?