ＪＲ九州によりますと、九州新幹線は回送列車が熊本市内で脱線したことや、余震が続いていることから、始発から全線で運転を見合わせています。また、在来線は、熊本県内などの次の区間で始発から運転を見合わせています。鹿児島線が荒尾と八代の間の上下線、豊肥線が熊本と宮地の間の上下線、肥薩線が八代と鹿児島県の吉松間の上下線、それに三角線の全線です。また、豊肥線は線路上に落石が確認されたため、午前６時すぎから大分と大分県の犬飼の間で運転を見合わせています。
また、博多と熊本県の長洲を結ぶ特急列車の「有明」と、大分県の別府と熊本を結ぶ特急列車の「九州横断特急」が１日運休となっています。さらに熊本県内の観光列車で、熊本と人吉を結ぶ「ＳＬ人吉」、熊本と三角を結ぶ「Ａ列車で行こう」、熊本と宮地を結ぶ「あそぼーい！」も終日運休します。
日本道路交通情報センターによりますと、九州自動車道は熊本県の南関インターチェンジと宮崎県のえびのインターチェンジの間、南九州自動車道はいずれも熊本県の八代ジャンクションと津奈木インターチェンジの間、九州中央自動道はいずれも熊本県の嘉島ジャンクションから小池高山インターチェンジの間の上下線が通行止めになっています。西鉄によりますと、高速道路の通行止めが続いているため、福岡と熊本、福岡と宮崎、福岡と鹿児島を結ぶ路線が始発から運休しています。全日空は、熊本空港から羽田と大阪に向かう始発の２便のほか、ソラシドエアも羽田との間の１往復２便の欠航が決まっています。また、日本航空の羽田に向かう始発の１便と、ソラシドエアの羽田に向かう１便に１時間以上の遅れが出る見通しだということです。