● It's the thought that counts.
（大事なのは気持ちだから）
countは、数を数えるという意味以外に
自動詞として、「重要だ、大事だ」の意味があります
Happiness counts more more than money.
（幸福感は、お金よりも大事だ）
His opinion doesn't count for anything around here.
（彼の意見は、ここでは重要ではありません）
例文は、It is the thought that counts.
これは、いわゆる強調構文と呼ばれるものです
that 以下が後から加わり、Itの内容となっています
難しい説明が文法書にもありますが、
要するに、
It is the thought （気持ちだよ）
that counts （大事なのは）
となっているのです
これは、決まり文句ですので、このまま覚えて使いましょう
The thoughtfullness in it counts, regardless of the fact that you didn't do it well.
（そこに込められた気持ちが大事、うまくいかなかったという事実はさておき）
Nothing matters、compared to the fact you put in effort.
（努力したという事実にくらべて、大事なものはない）
Great day!