辞書にも一つの項目で書かれているけれども、用字用例辞典では使い分けることとされているパターンです。
ただし、用字用例辞典で「跳ぶ」と書くよう定められているのは、デジタル大辞泉でいくと「はずみをつけて、地面、床などを蹴り、体が空中に上がるようにする。強く踏み切って遠くへ行く。また、はねて越える」の意味の場合でありますが、その冒頭には【「跳ぶ」と書くことが多い】とただし書きがされていますので、この言葉については、用字用例時点のルールは一般的な認識とそう変わらないと言えるでしょう。
例）何かが空を飛んでいる。
議場には怒声が飛び交っていた。
問題を解決するために、すぐ現地に飛んだ。
走り高跳びの世界記録は、男子で２メートル４５センチだ。
複合語になっても同様です。
例）課長を飛び越して部長に直訴した。
亀裂を跳び越して向こう側に渡らねばならない。
日常的にもそのように使い分けているはずなんですが、変換ミスをしたら見逃してしまいがちな言葉であると思います。先ほど納品したものでも納品前のチェックで発見しまして何とか事なきを得ましたので、納品前チェックリストからいつまでたっても外せません。