これは漢字の見た目も意味も似ているので、非常に間違いやすい言葉であります。
「少額」のほうはわずかな金額のとき、「小額」のほうは額面金額が小さいときに使います。
こう書いてもなお、何が違うかいま一つわかりづらいでしょうから、例を挙げてみましょう。
（例）小額の紙幣に両替をした。
少額ながら寄附を行った。
額面金額について触れることは少ないでしょうから、使うのは主に「少額」のほうになるかと思いますが、使用頻度が小さいので失念しがちになるため、やはり注意が必要になります。
なお、例で「少額の寄附」を挙げておりますが、同音で、民間企業が大学や研究機関などの研究や教育のために寄附を行う「奨学寄附金」という制度もありますので、頭の片隅に置いておくといつか役立つかもしれません。