2009年10月、マスコフ大統領の失脚と死によりNRFは解体が始まり、東ヨーロッパの国々は勿論、所属国でさえ陣営離脱を始める。このような状況の中で、政治的混乱の収拾とEU政府との終戦協定の進行のために設立された新ロシア政府による旧マスコフ派勢力に対する大規模な逮捕、拘禁などの弾圧が開始され、NRF政府と軍の要職にそれぞれ残留していた旧マスコフ派要人の国外脱出が一斉に始まった。NRF内務省特殊部隊の責任者だったアンドレイ中佐と化学兵器とバトルギアの開発に深く関与したパーヴェル准将は、シベリア内陸鉄道を利用してウラジオストクへ脱出。ウラジオストクに身を置くNRF太平洋艦隊幹部でありマスコフの右腕と言われたニコライヴィッチと合流し、ウラジオストクの駐留艦隊を掌握して新ロシア政府の離脱、第2NRFの成立を宣言する。同時にNRF太平洋艦隊司令部を占拠し、司令官ワシリー大将を拘留した。そしてアドミラル・クズネツォフ級空母3番艦イワン・イサコフに兵力と物資を搭載してウラジオストクを出港し、南下を始めた。強大な機動戦力を有する太平洋艦隊の離脱と第3勢力の登場に衝撃を受けた新ロシア政府とEUは全力を挙げて第2NRF艦隊の追跡を始めた。5日後、イギリス、フランス海軍の第2機動艦隊は赤道を通過して南下する第2NRF艦隊を発見し、これを撃滅するべく全速力で接近し始める。一方、内部の主張の分裂により行き先が決まらず、ただ南下を続けていただけだった第2NRF艦隊はEU艦隊を補足し、EU艦隊との決戦を覚悟して転進した。第2NRF艦隊はイワン・イサコフを別働隊として出動させ、EU艦隊をおびき出し、空母護衛艦隊の攻撃で撃滅する作戦計画を立てた。これに従い第2NRF艦隊は再び南下を続け、オーストラリア沿岸のタスマン海に到達する。しかし、アメリカとの緊密な協力により、これを事前に察知したEU艦隊は第2NRFの空母護衛艦隊を一方的に奇襲攻撃で壊滅させてしまう。別働隊として行動していたイワン・イサコフは脱出するために、壮絶な逃走戦を展開し、満身創痍になりながらも、オーストラリア南部沿岸への迂回を試みる。しかし、EU艦隊の艦載機による攻撃で操舵室と機関室を破壊されたイワン・イサコフは、方向を変えることもできず、速度も落とせないまま、オーストラリアの湾口都市シドニーに向けて一直線の航海を続け、ついにシドニーの桟橋に激突してしまい、排水量6万トンの巨大な船体が地上に押し出され、市街地に達した。イワン・イサコフがシドニーに到達する前に、市民を避難させたオーストラリア政府は軍を動員してイワン・イサコフから脱出した陸戦隊を制圧し、搭載された化学兵器の破壊を試みるが、化学兵器の使用と弾道ミサイルの発射態勢を整えた第2NRFの脅威に押され、行動に移すことができず、シドニーの中心部で膠着状態が続いた。一方で、武力行使で第2NRFの殲滅を決意したEU艦隊は、オーストラリア政府の認可の下で弾道ミサイルと化学兵器を破壊するために特殊部隊を派遣し、結果によってはシドニー全域への空襲も決定した・・・・・。