決算期を9月から3月に変更した場合の変更後の決算期に対応する基準期間は、2年前の4/1~3/31でよいのでしょうか?

法人の基準期間は、前々事業年度が1年未満でない限り、事業年度を単位として、2年前にさかのぼった事業年度になります。今回のケースでは、前期以前の事業年度の期間が異なる場合でも、その課税期間の属する事業年度からさかのぼった前々事業年度が基準期間となります。

基準期間が1年でない場合には、その基準期間における税抜き課税売上高をその期間の月数で割り、これに12をかけて1年分に換算します。