運用
嵯峨野線
1990年の山陰本線の京都 - 園部間電化により113系が投入され、向日町運転所に配置された。運転開始時は非冷房の初期車である網干電車区の0番台・福知山運転所の800番台が転入したが、同年夏より冷房車の2000番台が転入し、翌年には大多数が2000番台となった。
電気連結器を装備するC編成が運用され、L編成（電気連結器を未装備）による湖西線・草津線系統の運用に入ることもあった。1996年の園部 - 福知山間の電化後は、福知山電車区113系S編成（5300・5800番台）との併結運用も見られた。
嵯峨野線113系
2004年から2005年にかけて、ラッシュ時用としてサハ111形を組み込んだ8両固定編成が3編成存在していた。サハ111形は体質改善工事を受けた6両が在籍していたが、2005年の宮原電車区への転属時に編成から外されて保留車となり、2007年5月30日に廃車となった。これによりサハ111形は形式消滅となっている。
2008年の福知山線223系新製投入により同線の221系が網干総合車両所から京都総合運転所へ転入し、嵯峨野線・湖西線での221系の運用が2008年2月より開始された。余剰となった113系は広島地区へ転用され、広島運転所の103系を順次置き換えた。京都 - 園部間の複線化が完成した2010年3月13日のダイヤ改正で嵯峨野線での113系の運用は終了した。
山陰本線での運用終了で余剰となった京都総合運転所所属車のうち、3編成（湘南色）が岡山電車区に2012年10月まで貸し出され、2008年から2010年にかけて17編成が広島運転所に転属している。なお、米子支社管内の「通勤ライナー」用としてL08編成が後藤総合車両所に貸し出されていたが、2010年3月13日のダイヤ改正で返却された。
山陰本線・舞鶴線・
1996年の山陰本線（園部 - 福知山間）電化開業に際して、300番台の2両編成が先頭車化・ワンマン化改造により登場したほか、800番台Y編成の一部が再び2連化とともにワンマン化され、S編成を名乗った。前者の編成番号が一桁（S2 - S5・S7・S9）であるのに対し、後者は二桁（S33・S77・S99）とすることで区別された。後にワンマン車は高速化改造が行われ、5300番台・5800番台に改番された。1999年に電化された舞鶴線でも使用されている。
2001年の小浜線電化開業時には、京都所属の車両を抜き取る形で小浜線専用の4両編成（W編成3本）が用意され、ラッシュ時を中心に運用されていた。2006年10月に北陸本線の敦賀駅までの直流化に伴う521系
の増備により小浜線から撤退、3編成とも京都総合運転所へ転属し、塗装も従来のものに変更されている。
S33・S77・S99編成は、嵯峨野線での運用が2010年3月13日のダイヤ改正で221系と223系5500番台に置き換えられ、運用区間が園部 - 城崎温泉間とされた際に余剰となり、廃車となった。その後、2012年3月17日ダイヤ改正で山陰本線園部 - 福知山間（舞鶴線直通を除く）を運行する普通列車のすべてを223系5500番台または221系に統一させる旨が福知山支社から公式発表された。これにより113系は舞鶴線と福知山 - 豊岡 - 城崎温泉間の運用となった。
2023年10月1日現在、ワンマン運転対応車の5300番台によるS編成（2両編成）12両が吹田総合車両所福知山支所に所属する。全編成とも地域色（抹茶色）に塗装変更されている。そのうち、S2・S4編成は40N体質改善工事施行済み、S4・S9編成はクモハ112形に集電装置を2基搭載となっている。115系R編成と共通で舞鶴線と山陰本線（綾部 - 城崎温泉間）を中心に運用しており、2編成連結した4両での運用も見られる。京都丹後鉄道宮福線たんこへの乗り入れ運用にも充当されている。