在来線との共用駅の場合で一般的なのは在来線改札の中に新幹線乗換改札があるパターンですね。
規模が大きい駅だと新幹線の改札内に在来線改札外からダイレクトに入れる場合があります。特に在来線と新幹線でＪＲ会社が異なる場合。
規模が小さい駅だと乗り換え改札が無い場合があります。飯山駅や燕三条駅は在来線・新幹線の乗り換えに改札外を通ります。三河安城駅は連絡通路があるものの改札外です。
釜石線ホームが道路の向かいにある新花巻駅、駅舎内から小海線ホームへ通路がある佐久平駅など（おそらく繁忙期以外は）無人駅のように乗務員が改札対応している場合もあります。
在来線が経営分離されたケースだと別会社なので新幹線単独駅と同じでそれぞれの改札が別にあります。二戸駅とか上田駅とか出水駅とか。
ただ、ＪＲ在来線と３セクが同居しているばあいはそれらの共用の改札と新幹線の改札があります。金沢駅とか富山駅とか糸魚川駅とか
ミニ新幹線の場合は山形と秋田に新幹線改札がありますが、他の停車駅はそもそもホームが共用でバリアもへったくれもありません。おそらく本数が少ないので列車毎の改札が出来るからだと思います。
以上、東海道新幹線の開業から半世紀以上経って、さまざまなバリエーションが出来たもんだなと。
[今日の更新]
埼京線各駅
武蔵野線：新八柱駅
高崎線：新町駅
鹿児島本線：東市来駅
鶴見線：扇町駅
横浜線：相原駅
南武線：中野島駅
南武線：稲田堤駅
根岸線：洋光台駅