だいぶ古いケースもあって思い出すのも大変ですが、
十和田観光電鉄
小坂鉄道
栗原電鉄（３セク化後のくりはら田園鉄道が廃止）
新潟交通
蒲原鉄道
日立電鉄
鹿島鉄道
江若鉄道
有田鉄道
片上鉄道
などあります。あと、野上電鉄は乗ったはずですが記憶がありません。
JRの廃止が目立つ中、次はどこだろうということになるのですが、ヤバそうなところは一通り駅巡りスミになってます。
むしろ意識の外にある３セクの方が危ういかも。駅巡りしてない山形鉄道は一応気をつけてみてますが。
[今日の更新]
越後線各駅
指宿枕崎線：西頴娃駅
御殿場線：岩波駅
鹿児島本線：田原坂駅
大阪環状線：天満駅
相模線：門沢橋駅
川越線：指扇駅
横須賀線：鎌倉駅