Binding of Isaacのボスは中ボス含めて90種類いる。ちなみに敵は197種類いる。敵の種類の約二分の一と言う比率は他にはないのではないかというぐらいボスが多いのだが、それもマップがランダムなローグライグゲームならではの特色と言える。
本記事ではそのボスの解説を作者的な基準で雑魚から順番に紹介していきたいと思う。非常に多いので４つに記事を分ける。
目次：
73~51位←現在
10~1位
注意：
・天使２体以外の中ボスは、ボスラッシュにも登場せずHPが非常に低いので除外している。
・Mom's Heart と It Lives はほとんど変わらないので一つとした。
・出現場所はボスステージのみ記載する。「x2」はDouble Troble(2体いる)ということである。
・特定の条件のボスを除いて、Afterbirthのボスは???を３つの異なるキャラクターで、Afterbirth+のボスは???を６つの異なるキャラクターで倒すことでアンロックされる。
・ランキングの基準は筆者のプレイ感に基づく総合評価的な独断である。以下の考えがある。
①ボスの攻撃パターンはほとんどの場合シンプルなのでHPが高くても低くても時間がちょっと長くなるくらいであまり難易度に影響を与えない。（Mega FattyやThe Cageのように妙に高い場合は除く）
①雑魚敵召喚より弾の方が無効化しにくいので難しい。
②弾幕よりも体当たりの方が避けるのが難しい。
③Chaos CardやPlan CやThe Bibleなどの即死アイテム、PyromaniacやHost Hat、The Soulなど攻撃の大半を無力化するアイテム、Gnowed Leafと自動攻撃アイテムの組み合わせによる無敵攻撃、Stop Watchや「I'm Drowshy」ピルなどによる無限遅延効果など、あまりに強力なアイテムはどのボスに対しても勝てるのでランキングに影響を与えないものとする。
＊
73.Monstro
出現ステージ：The Basement(1-2F), Burning Basement(1-2F)
The Caves(3-4F)x2, The Catacombs(3-4F)x2
HP：250
関連ボス：Monstro II, Gish
Monstroはポルトガル語でモンスターの意味。
その強烈な外見と初見で読めるパターンの単純さから、キングオブ雑魚ボスの筆頭といえるMonstro。
ジャンプで移動し、緩めのモーションで拡散弾を出すか、大ジャンプしてプレイヤーの上に落ちて周囲に拡散弾を出す攻撃の二種類をする。
拡散弾の中には小さな弾と大きな弾があり、大きな弾はハート一個分怪我するので注意。Monstro攻略が簡単なのは攻撃を読みやすく避けやすいからなのだが、逆に言えばChallenge 30. The Gurdianのようにプレイヤーが自身の弱点（Isaac Heart）をコントロールできない場合、大ジャンプ攻撃を避けられず非常に厄介なボスになることもある。
Isaac Heartはそもそもプレイヤーを追尾するので所持した場合はMonstroの大ジャンプに要注意だ。
強化：
黒-大きい。HPが高い。大ジャンプができない。狭い部屋でなければなんと言うこともない。
赤-小さい。HPが低い。必ず２体いる。この形態は予測が少々難しい。片方を早めに殲滅しよう。
72.Gish
出現ステージ：The Depths(5F), Dark Depths(5F)
HP：632.5
関連ボス：Monstro, Monstro II
GishはIsaacの作者Edmund McMillenのゲーム"Gish"の主人公である。それはベタベタネチョネチョしながら飛び回るジャンプアクションゲームである。
フロア3-4Fの洞窟ステージを２０回クリアすると登場する。
GishはMonstroの別バージョンで、HPこそ高いが攻撃性能はMonstro以下である。彼が周囲に撒き散らす黒い液体は動きがやや遅くなるだけでダメージはない。Depthsボスの中でも非常に弱い。
Monstroの拡散弾の代わりに爆発弾一発、大ジャンプ攻撃では雑魚敵Clotを１−２体召喚する。Clotは斜め４方向に弾を飛ばす敵で複数いると弾幕になるのでそれだけがちょっと厄介。
撃破するとLittle Gishというアイテムがもらえる。敵を遅くする弾を発するオプション武器で、結構いい仕事をしてくれる。接近戦向きとは非常に相性がいい。
71.The Duke of Flies
出現ステージ：The Basement(1-2F), The Cellar(1-2F), Burning Basement(1-2F)
The Caves(3-4F)x2, The Catacombs(3-4F)x2
HP：110
関連ボス：The Husk
Lord of the Flies（蝿の王）はキリスト教の悪霊ベルゼブブの事を指すのだが同じ意味であろう。それはカナン人の高位の神バアルの事でもあり、カナン人の間では「バアル・ゼブル（崇高なるバアル）」と呼ばれていたのをカナンに流入したヘブライ人によって「バアル・ゼブブ（蝿の王）」と嘲笑されているのが名の由来である。バアルの神は聖書では度々批判されている存在で、預言者エリヤがバアルの預言者と雨乞いの儀式によって争い勝利したエピソードが有名である。
ウィリアム・ゴールディングの「蝿の王」という小説では蝿が群がっている豚の生首がベルゼブブのようだと形容している。このキャラクターデザインがやたら丸いのと関係があるかもしれない。
さて、The Duke of FliesはHPがボスにしては非常に少ないが雑魚敵の赤蝿を大量に吐き散らかして自分の身を守るのが特徴である。複数の赤蝿の他、プレイヤーを追尾する大きな赤蝿を出す。
このため貫通攻撃を持っていないとボスにダメージを与えにくく、放置するとステージが赤蝿だらけになるので序盤にしては少し厄介。AzazelやThe Forgottenなどの接近攻撃でも、吐き出した蝿にダメージを負う危険がある。
接近戦をする時はThe Duke of Fliesの吹く寸前のモーションの時点で下がるべし。
逆に言えば貫通弾を持ってると非常に弱い。蝿もろとも消してしまおう。
強化：
緑-小さな赤蝿の代わりに８方向弾。大きな赤蝿の代わりに結合蝿のMotersになる。迂闊に近寄ると危険にはなった。
橙-大きい。大きな赤蝿の代わりに４方向弾蝿であるSuckersになる。こちらも強力な武器を持っている時ほど流れ弾に注意されたし。
70.Larry Jr.
出現ステージ：The Basement(1-2F), The Cellar(1-2F), Burning Basement(1-2F)
The Caves(3-4F)x2, The Catacombs(3-4F)x2
The Depths(5F)x2, Necropolis(5F)x2
HP：各パーツ22 (パーツの数は8-13ほど)
関連ボス：The Hollow
Super meat boyのボスステージLarries' Lamentによく似た芋虫型のボスがいる。このボスはエンドクレジット後にその死体から子供が出てくる。つまりLarryのJr.ということだろうか。
アイキャッチは全身肌色だが戦闘時は涙を流しており、下半分に血が付着している。Larry Jr.のバトルフィールドは必ず血まみれであり、這いずり回るうちに怪我をしているのかもしれない。それでも休む事を知らない怖い子。
ムカデ状に節があり、上下左右にランダムに動き回ってウンチをするだけの敵である。ウンチはLarry Jr.自身の頭に当たると破壊される。真ん中の節が撃破されると分裂する。奇妙な動きのため避けるのも当てるのも少しだけ難しいボスでもあるが、全てのパーツに固有のダメージ判定があるので貫通弾や部屋内攻撃をすると大ダメージを与える事ができる。Isaacが黒ハート一つ失うだけで試合終了である。
ウンチに爆発効果を与えるトリンケット「Brown Cap」を持っていると自分のウンチを喰らった時に自爆して死ぬ。そんな死に方だけは嫌だ。
強化：
緑-時々止まって進行方向に弾を出す。そもそもLarryは素早いので進行方向に避ける事が多く滅多にこの弾のダメージを受けることはないだろう。
青-HPが高い。ウンチを出さない。倒すと青ハートが落ちる。耐久力があるのが少し癪である。
69.The Hollow
出現ステージ：The Catacombs(3-4F), Flooded Caves(3-4F)
The Depths(5F)x2
HP：各パーツ22
関連ボス：Larry Jr.
Hollowは虚ろ、空洞の意味。キャラデザインは確かに虚ろである。
Larry Jr.の死後バージョンで、空中に浮かびながらボールがバウンスするように斜めに移動する。
ウンチを出す事も、そのウンチを自ら破壊する事も、真ん中が途切れると分裂することも全てLarry Jr.と同じ。
やはり貫通弾や部屋内攻撃に弱いし、「Brown Cap」持つとクソ喰らって自爆して死ぬ事も同じ。
このボスと対面するときはアイテムをそれなりに取っている上に、移動先がむしろ読みやすいので体感Larry Jr.より楽である。しかし強化版がLarry Jr.に比べると厄介な性質を持つ。
強化：
金-破壊された部位からコインが出ることがある。Greedy!
緑-時々止まって３方向弾を出す。破壊された部位からChagerが出ることがある。ちょっと嫌らしい。
黒-死ぬとBoom Flyを出す。自爆に注意。
68.Gemini
出現ステージ：The Basement(1-2F)
The Caves(3-4F)x2, The Catacombs(3-4F)x2
HP：140(Contusion)/140(Suture)
関連ボス：Blighted Ovum, Steven
Geminiはふたご座の意味。
作者Mcmillen曰く、前述したGishのゲームのボスとしてデザインされていたらしい。結合双生児がモチーフで頭に縫合の痕がある。
Geminiは大きなContusion（挫傷）と小さなSuture（縫合糸）の２体からなっている。Contusionはプレイヤーを追尾し時々走る。Sutureはプレイヤーに弾を飛ばすが、Contusionが死ぬと暴走して猛高速でプレイヤーを追いかけてくる。
追尾系の敵ということもあって避けやすいボスなのだが、序盤にしてはHPがやや高く、暴走したContusionに涙を当てるのは少し難しい。
強化：
緑-Stevenのように２体は独立している。通常同様最初はSutureはおとなしい。
青-HPが高い。倒すと青ハート2落ちる。ありがたい。
67.Pin
出現ステージ：The Cellar(1-2F)
The Caves(3-4F)x2, The Catacombs(3-4F)x2
HP：180
関連ボス：The Frail, Scolex
Pinworm（ギョウ虫）という寄生虫がモチーフ。
Binding of Isaacの元ネタであるゼルダの伝説の神々のトライフォースのラネモーアというボスと攻撃が全く同じである。
Pinは戦闘時姿を見せず、突然地面から現れてプレイヤーに突進する。その際に斜め４方向弾を出したりもする。
また時々静止したまま姿を見せ、爆発弾をプレイヤーに向けて一発出すことがある。
この時がダメージチャンスだが、突進時も各パーツに当たり判定があるのでダメージを大きく与える事ができたりする。そんなわけで例によって貫通攻撃に弱い。
どこから姿を現すかわからないので、静止するか単純な円周運動で歩くかのどちらかが安全である。
66.Steven
出現ステージ：The Basement(1-2F)
HP：Big Steven: 140 / Small Steven: 140
関連ボス：Gemini, Blighted Ovum
Stevenは作者Mcmillenのフラッシュゲーム「Time Fcuk」に登場する。Geminiと同様結合双生児である。
にも関わらずStevenはGeminiと違い、初めから両者が独立している。
Big Stevenは常に追いかけ続け息切れする。Small SteavenはBigの方の体力が半分になると暴走する。
両方とも死ぬと８方向弾を放つ。
と、Geminiから地味に嫌らしい強化がされているボスである。
なお、The Basementを４０回クリアするとアンロックされるボスである。毎回思うけどアンロック条件時間食い過ぎではなかろうか。
Stevenを撃破するとLittle StevenかStevenのどちらかのアイテムが取得できる。Little Stevenは誘導弾を打つオプション武器で、Stevenは涙ダメージを上げる。どちらも結構良い。
Mcmillen曰くStevenはIsaacの将来の自己、らしい。どういうことだ。。
65.Little Horn (Afterbirth)
出現ステージ：The Basement(1-2F), The Cellar(1-2F), Burning Basement(1-2F)
The Depths(5F)x2, Necropolis(5F)x2（Rag manと２人で）
The Womb(7F)x2, Utero(7F)x2（The Fallenと２人で）
HP：200
関連ボス：Big Horn
作者が後述のLokiのデザインが好きすぎて生まれてきた新生キャラ。Super Meat Boyに同名のいかついボスがいるが似ても似つかないキュートさである。
Little Hornの名前自体はダニエル書に登場する、聖なる存在を滅ぼす小さな角に由来するのではないかと思われる。
穴を使って瞬間移動、ボム設置してからの瞬間移動の繰り返し、穴を仕込む、穴をプレイヤーに放つ、煙玉をプレイヤーに放つ、などの攻撃パターンを持つ。爆弾も（橙強化でない限り）触ってもダメージを食いにくい。爆弾を飛ばされても攻撃で跳ね返すこともできるだろう。ノーダメでクリアするのが結構簡単なボスである。ただしボムなので食らうと結構リスキー。
ちなみにかなりの確率で自爆して死ぬ。
なお死んだ時は穴に落ちるだけで血を撒き散らすことの無い清潔感溢れるボスである。
強化：
橙-黒い球の代わりに爆弾を吐く。爆弾は炎を残す。爆弾に接触ダメージがある。非常に戦闘的な強化がされているのでLittle hornと言えどあまり油断しないほうがいい。炎に自ら当たって燃え死ぬ事がある。
黒-穴も爆弾も出さずひたすら煙玉を吐きまくる。逃げ回って雑魚敵量産するだけなのでとにかく面倒である。煙玉は頑張れば逃げ回れるので無視するのも手。
64.Loki
出現ステージ：The Depths(5F), Dark Depths(5F)
HP：350
関連ボス：Lokii
強化：無し
Lokiは北欧神話のいたずら好きの神の名前であるが、そのいたずらが邪悪であるためにキリスト教が伝播したときにはサタンに影響を受けたと言われるようになる。
４本の腕を持つボスであり、８方向弾と、４方向弾を角度を45度変えて３連発と、Boom Fly召喚の攻撃を行うが、どの技も見破りやすくワンパターンで避けやすい。Boom Fly召喚だけがちょっと厄介。体力はそこそこ高いがあまり強くない。
しかし可愛い。作者Mcmillenも彼を気にいるあまり前述のLittle Hornを新たに作ってしまったくらいである。
63.Gurglings
出現ステージ：The Basement(1-2F), The Cellar(1-2F)
HP：90x２体
関連ボス：Turdlings, Gurdy Jr. , Gurdy, Mama Gurdy
Gurdyシリーズの"卵"の時期に相当する。Gurdyの名前の由来は胃食道逆流症（GERD）に由来するという説がある。
上下左右に歩き回り、その視線上にIsaacがいると血を流しながら突進し、蝿を出す。血で汚された床にはダメージがある。
シンプルな攻撃だが突進スピードがかなり速い上に、必ず２体以上現れるので避ける上で細心の注意が必要なボスだ。
なおGurglingsは3F以降は雑魚敵として出現し、この場合常に血を流しながら歩くので実はボスより厄介になっている。
強化：
黒-走る時に爆弾を投げる。あまり走らせないほうがおすすめ。自ら爆弾の巻き添えを食うこともある。
黄-血を流さずHPは低いが、３体で速い。より難しいので１体ずつ専心して倒そう。
62.Widow
出現ステージ：The Cellar(1-2F)
HP：130
関連ボス：The Wretched
Widowは未亡人の意味だが、セアカゴケグモでおなじみゴケグモ属の別名がWidow spiderでもある。これはカマキリのごとく後尾の際にメスがオスを食べる習慣に関連しているのだろう。メスのみ極めて猛毒でもある。
そんなIsaacのモンスターWidowは性別が女性とはっきり決められている。咎めるように指をさすアイキャッチの絵からしてもThe momを想起する。
さてそんな彼女だが、Monstroをはるかに凌ぐ速いジャンプと蜘蛛吐き、そして蜘蛛を生み出す白玉Suckと足が遅くなる白い液体を同時に吐く攻撃パターンを持つ。蜘蛛自体が避けにくいやっかいな雑魚敵であるし、widow自身のジャンプも常に逃げ回らないと踏み潰されてしまうぐらいは速い。油断禁物。
ちなみに子グモやSuckはWidowに踏み潰されると死ぬので誘導するのも一手。
強化：
桃-白玉Suckの代わりに弾を出す複数の弾を出す赤玉Boilやゲロ爆弾を出す緑玉Gutを吐く。蜘蛛の代わりに蝿を吐く。ジャンプが速い。このようにちょっと手強いが、放出する敵はどれも早期対応すれば死ぬので、逃げ回りながらさっさと退治していこう。
黒-白玉Suckの代わりに大蜘蛛を吐き、その時の液体も黒いものとなる。蜘蛛の代わりに６方向弾を吐く。大蜘蛛には体力があり、弾は避けるのに手一杯になりがちなので涙を当てるタイミングを伺うのが難しいと思われる。
61.Famine
出現ステージ：The Basement(1-2F), The Cellar(1-2F), Burning Basement(1-2F)
HP：240
関連ボス：Pestilence, War, Death, Conquest, The Headless Horseman
The momを倒すことで解き放たれるHarbingers・・・彼らは聖書の世界の終末を描いた「ヨハネの黙示録」に登場する、封印を解かれた４人の災いの騎士である。
Famine...飢饉はこのうち第三の騎士であり、黒色とされている。第一形態では横方向に突進攻撃とPooterという弾を打つバエの召喚を行う。しばらくダメージを与えると頭だけの第二形態になるが、この時はisaacにゆっくり接近し、捕捉すると３方向弾を出すようになる。
Harbingersの中では序盤に出るだけあって最も弱い。Pooterの対応が面倒ならば横向きに常に立って突進を誘うのも手である。Pooterは突進するFamineに当たると死ぬ。
撃破アイテムはHarbingersはほぼ共通してCube of Meat、あるいはBall of Bandageでなる。ダメージ防御として優秀なだけではなく、同じアイテムを取り続けることで徐々に成長していく特徴を持つ。
強化：
青-Pooter召喚の代わりに６方向弾になる。突進は若干isaacを追尾する。第二形態の弾はMonstroと同じ拡散弾になり、ダメージのある赤い血を地面に流し続ける。諸々血気盛んになって攻撃が少し強くなってるので注意が必要だが、通常の時よりもよく動き回れば問題ない。撃破するとソウルハート２つを手に入れることができる。
60.Chub
出現ステージ：The Caves(3-4F),Flooded Caves(3-4F)
The Depths(5F)x2
HP：350
関連ボス：C.H.A.D., Cariion Queen, The Matriarch
Chubはコイ科の魚の名前で、ぽっちゃりした様を示すスラングでもある。この場合後者であろう。
突進芋虫であるChargerの親玉のようなボスでChargerを大量に生み出すだけではなく、Gurglings同様、上下左右の視線上にisaacがいると大口を開けて高速で突進してくる。この突進攻撃はハート１のダメージなので要注意。
Flooded Cavesだと雑魚敵がDrowned Chargersに成り代わって少々厄介である。
突進時にChargerがいるとChargerが死ぬ。気軽に産んで即座に事故で殺す恐ろしい親である。
素早く耐久力が高く同様の雑魚敵を出すので手強いボスであるが、その体は３パーツからなり各パーツにダメージ判定があるので貫通攻撃や範囲の大きい攻撃だと大きなダメージを与える事ができる。
なおゼルダの伝説のドドンゴのように、突進の進行方向に爆弾（トロールボム・Bestfriendも同じ）があるとChubは爆弾を食べて突進をやめ、大ダメージを与える事ができる。このためDr fetusで挑むと非常に楽なのだが貫通効果があると爆弾を食べなくなる。
ちなみに女性。
強化：
橙-小さくて速い。Chargerの代わりに弾を放つSpittyを産む。Spitty自体は弱いので割とどうでもいいが、移動速度が速いことがとにかく怖い。速度が遅い時は距離を取った方がよさそうだ。
青-大きくて遅い。Chargerの代わりに真っ黒のBoilを産む。このBoilは赤玉と同じく複数の弾を打つが、色の都合上部屋によっては気づかないこともあるので要注意。
59.Fistula
出現ステージ：The Cellar(1-2F)
HP：大60 / 中15 x4 / 小8 x2(x4)
関連ボス：Teratoma, The Matriarch
Fistulaとは瘻（ろう）のことであり、なんらかの炎症が原因で内臓同士や内臓と皮膚の間に生じた管上の穴のことである。胃瘻のように人工的に作ることもある。
分裂系のボスであり、倒すとより高速で小さなFistulaに分裂する。ただそれだけなのに、接触ダメージはハート１つ分のためなかなか馬鹿にならない強さである。
大中小、の３段階があり、大Fistulaを倒すと中Fistulaが４体、中Fistulaを倒すと小Fistulaがそれぞれ２体、小Fistulaを倒すと雑魚敵Chargerが現れる。Chargerはプレイヤーの方ばかり向くので移動を予測しやすいので、Chargerを倒すことばかりに専念するよりはFistulaを先に全滅させた方がおそらくリスクが少ない。
強化：
黒-より大きく、そして遅くなる。また、中Fistulaの数が３つに減る。Chargerの代わりにBoom Fryになる。誘爆を誘うこともできるが危険も大きい。Mom's KnifeやAzazelのブリムストーンなどの強力な接近武器持ちは要注意。
58.Big Horn (Afterbirth+)
出現ステージ：The Caves(3-4F),The Catacombs(3-4F),Flooded Caves(3-4F)
HP：480
関連ボス：Little Horn
キュートな美少年が大人になると残念になるという話はよく聞くがそれにしてもあのLittle Hornからどうしてこうなった感のあるボスである。ただし死んだ時はやはり穴に落ちるだけで血を撒き散らすことの無い清潔感はある。口が汚いけど。
どこからともなく穴から巨体を現し、頭の攻撃と腕の攻撃を交互に行う。頭の攻撃の時はisaacに寄ってくる煙玉１つ、ただ壁をバウンスするだけの煙玉２つ、あるいは同時に両方の攻撃を行う。この煙玉はBig Horn本体に当たると自壊する。頭の攻撃の時は全く動かないのでダメージチャンスである。
なお煙玉を吐いてる時にその口に爆弾を放り込むとダメージを与えるばかりかしばらく麻痺して大きなダメージチャンスを得る。
腕の攻撃の時は最初に穴が複数現れ、火炎爆弾・トロール爆弾１−３個・メガトロール爆弾のどれかを投げるか、腕自らisaacをはたきにかかるか、HPの著しく低いLittle Hornを召喚する。
攻撃のパターンが多くて面倒だが根気よく戦えば難しくは無いボスである。あまり死ぬ事はないのではなかろうか。
ちなみにBig Hornの腕のHPは10000だが、腕へのダメージはBig Horn本体に移るプログラミングがされている。
つまり敵のHPの10%を攻撃するSharp strawを使うとBig Hornは即死する。しかしこれ、実質バグなので改善される可能性はあるかもしれない。
57.Blighted Ovum
出現ステージ：The Cellar(1-2F)
Necropolis(5F)x2
HP：140
関連ボス：Gemini, Steven
Blighted Ovumとは涸死卵もしくは枯死卵のこと。妊娠したにも関わらず検査すると心拍も胎児の姿も確認されない状態を指す。
このボスはGeminiの死後版である。大きなContusionは生ける屍のような姿を、小さなSutureは幽霊の姿をしている。
Contusionはダメージのある赤い血を床に遺して加速しながら追いかける。Geminiのように休んだりはせず時々減速するぐらいである。
Sutureは無敵であり左右にisaacがいるとブリムストーンのレーザーを放つ。敵を必ず殺すアイテムLittle hornのみ撃破可能だが、Contusionを撃破すると死ぬ。敵をリロールするD10を使うと別の敵に変わってしまうので楽になる。
Contusionをあまり歩き回らせるとIsaacの安全地帯が徐々に減り、その時にSutureのレーザーに撃たれるというパターンが起きやすく、序盤にしてはかなり手強いボスである。Contusionの進行方向とは反対に涙をぶつけて減速させる事でこの危険はある程度軽減できるが、つまり攻撃手段が涙だけだった場合に、どれだけなるべく彼に当てることができるかのスキルが問われるボスと言える。
56.The Haunt
出現ステージ：The Cellar(1-2F), Burning Basement(1-2F)
The Depths(5F)x2, Necropolis(5F)x2
HP：200
関連ボス：The Forsaken
幽霊みたいな名前をした幽霊ボス。
意地悪な動きをする序盤の難敵。無敵時間が長いためタイムアタックをする時に現れて欲しくないボスである。
第一段階ではThe Hauntの周りのLil'Hauntが１体、２体の順番にIsaacに襲いかかる。Lil'Hauntは小さい割に地味に体力が高くIsaacと妙に距離を取りたがる奇妙な動きをするために倒しにくい。
全員倒すとThe Hauntが顔の皮を剥いて正体を表す。画面上部に左右に移動し、ランダムなタイミングで下方に５方向弾かもしくはモーション後にブリムストーン・レーザーのどちらかの攻撃をする。攻撃間はやや長いが、いつ攻撃してくるのかタイミングが読めない所が難しく、ヒットアンドアウェイ戦法が求められる。
なお真上にいるとThe Hauntが直々体当たりしてくる。この攻撃のダメージはハート１。
また恐怖状態や混乱状態にさせると左右にめちゃくちゃに素早く移動し、攻撃は引き続き行われるので非常に危険である。
強化：
桃-HP低め。第一段階のLil'Hauntは１体のみ。第二段階では５方向弾の代わりにアイザックに向かって１１連続弾の連射、ブリムストーンレーザーは左右に分裂しそれぞれが「く」の字型に跳ね返る。このレーザーに限っては通常のThe Hauntとは逆に真ん中にいないと危険である。ますますヒットアンドアウェイ戦法が求められる難敵。
灰-第一段階のLil'Hauntは２体。ブリムストーンレーザーの代わりに１〜２体の蜘蛛を吐き出すようになる。弱体化
55.Teratoma
出現ステージ：Necropolis(5F), The Womb(7F)
HP：大60 / 中15 x3 / 小8 x2(x3)
関連ボス：Fistula
Fistulaの死後版。Teratomaとはブラックジャックのピノコでおなじみ奇形腫のことで、腫瘍にも関わらず高度に構成されており、皮膚や軟骨、体毛などが内包されている。
基本的にはFistulaとほとんど同じ分裂型ボスだが、小Teratomaを破壊したした時に蜘蛛が２体誕生する点が違う。蜘蛛は動きが読めない雑魚敵であり、それが最大１２匹もフロアをうろうろされたら対処が大変である。蜘蛛退治とTeratoma退治をそれぞれ配分よくやっていこう。
54.C.H.A.D.
出現ステージ：The Caves(3-4F),Flooded Caves(3-4F)
HP：350
関連ボス：Chub, Carrion Queen
Super Meat Boyのボスである。McmillenによればスプラッターホラーのC.H.U.D.が元ネタらしい。何の略かは不明。
Chubとほとんど同じだが排出する敵は倒すとSuckerという倒すと４方向に弾を飛ばす蝿を二体召喚する。
そしてダメージを与えると徐々に小さくなり素早くなる。武器が涙だと攻略がなかなか厳しいボスと言える。
Chubと同じく突進時に爆弾を飲ませるとダメージがある。
徐々に縮むこと、そして死後に友好的でキス魔のLittle C.H.A.D.がアイテムとして残る所までSuper Meat Boyの展開と同じである。Little C.H.A.D.は運が良ければ回復の赤ハートを落としてくれる素晴らしいオプション武器である。ただし赤ハートが要らないキャラクターにとっては邪魔である。
洞窟ステージ（3-4F）を３０回クリアすることでアンロックされるボスである。
53.The Forsaken (Afterbirth)
出現ステージ：The Caves(3-4F),The Catacombs(3-4F),Flooded Caves(3-4F)
HP：220
関連ボス：The Haunt
Forsakenは「見捨てられた」の意味。The Hauntの死後版ボスである。
雑魚敵としてガイコツのBonyを召喚し姿を半透明にする。この時は攻撃を一切受け付けずBonyを全滅しないと姿を全て表さない。
そして姿を表すと３方向のブリムストーンレーザーを出しそのレーザーが回転する。以下繰り返しである。
The Hauntよりはシンプルだが攻撃がより積極的にはなっている。無敵時間が長いのでダメージをなかなか与えにくい。
素早く動き回りながら倒していこう。
Boss Rushで登場するとブリムストーンで他のボスを確実に倒してしまう酷いヤツである。
強化：
黒-Bonyの代わりに爆発するBlack Bonyを召喚する。ブリムストーンの代わりに４体のDank Death's Heads（黒の丸いガイコツ）を召喚する。この骸骨がいる限りThe Forsakenは次の動きをしないのでそれさえわかれば非常に弱い。やはり弱体化
52.Rag Man (Afterbirth)
出現ステージ：Burning Basement(1-2F)
The Depths(5F)x2, Necropolis(5F)x2（Little hornと２人で）
HP：200
関連ボス：Rag Mega
Rag Manはマジック：ザ・ギャザリングの同名のキャラクターが元ネタである。
序盤の強敵。誘導弾を１〜５連発する攻撃、頭を地面に転がしてその頭を蜘蛛Raglingに変化する召喚攻撃、死んだRaglingsを蘇らせて自身のHPを上げる回復技の３パターンの攻撃手段を持つ。
Raglingがそこそこの耐久力持ちで、とんでもないジャンプ力をもちなおかつ回転する軌道の弾を放つので最大４体が放たれると非常に見辛い画面になる。
頭を投げたら頭をできるだけ攻撃して破壊し、その他の涙もできるだけRag Manに当てる事が求められ、しかし静止したままだと誘導弾が当たるので逃げなければならない・・・と諸々と難しい。
強化：
黒-Raglingの代わりに普通の蜘蛛２体。回復技はMonstroのような拡散弾が伴う。蜘蛛は体力が低いのであまり強くない。
赤-弾攻撃をせず、Raglingの召喚をとにかくやりまくる。同時に２体Raglingを復活させることができる。画面中動きの予測できない蜘蛛だらけになるのでできれば関わりたくないボスの一人といえる。
51.Lokii
出現ステージ：The Womb(7F), Utero(7F)
HP：350 x 2
関連ボス：Loki
Lokiの死後バージョン。iiが２を表すゆえの名前だろう。
単純にLokiが二体に別れ、Boom Flyの代わりにRed Boom Flyを召喚するようになっただけである。しかしながらおかげで弾幕が結構激しいことになるので、ただでさえダメージの大きい子宮ステージで、ダメージを被りやすいボスとなった。Red Boom Flyはなるべく攻撃しない方が吉かもしれない。