パナマとコロンビアの間は、別名「ダリエンギャップ」と呼ばれていて、北米のアラスカから南米のウシュアイアまでを結んでいるパンアメリカン・ハイウェイも、ここで道が途切れています。そのため、①空路、②海路、③空路と海路のコンボ、④海路（その２）の四つが主な方法となります。
①「パナマシティからコロンビアの主要都市に飛行機で行く」
わかりきってますが、一番速くて一番楽。だけど大体US$300ぐらいします。ただこれを選ぶとなると、別にコロンビアじゃなくても良いような・・・
②「カルタヘナまでのヨットツアーに参加する」
パナマシティの安宿やポルトベーロで頻繁に乗客を募ってますんで、見つけるのはそう難しくありません。が、大体5日ぐらいかかってUS$400～500ぐらいします。その代わり、三食付でサンブラス諸島へのスノーケリングが付いていたりと、内容はかなり充実しています。
ですのでこちらは「陸路にこだわるけれど、お金と時間に余裕がある」又は「サンブラス諸島と船旅を満喫したい」という人にオススメです。
③「パナマシティからプエルト・オバルディアまで国内線飛行機で行き、そこからボートを乗り継ぐ」
パナマシティからプエルト・オバルディアまではエア・パナマAir Panama（http://www.flyairpanama.com/）がUS$94ぐらいで週三便ほど結んでいます。そこからランチャと呼ばれるスピードボートでカプルナガー（もしくはサプスーロZapuzurro）まで行き、さらにランチャでトゥルボへと抜けます。ランチャの料金は、カプルナガーまでがUS$15、トゥルポまでCOP55,000（米ドルだとUS$32）で荷物が10kg以上あるときはさらに超過料金を取られます。ここまでトータルUS$150ぐらい。さらにメデジンまでバスがCOP55,000～60,000ほどかかります。
こちらは最速3日ほどで、海が大シケだったり雨でも降らない限りは、さほど濡れることはありませんし、体力的にもそこまで辛くはありませんし、国際線を使うより安くいけます。
④「（ミラマールか）カルティCarti Suitupoからランチャをひたすら乗り継ぐ」
カルティからプエルト・オバルディアまでランチャがUS$80～100ほどで結んでいます（本数不明、一本はとりあえずあります）。カルティまではパナマシティからジープをUS$25でチャーターして行くことができます。プエルト・オバルディア以降は③と同じです。ポルトベーロのさらに奥のミラマールからも、オバルディアへの直通のランチャがあるという話を聞きましたが、不定期便のようでかなり運に左右されます。さらに、パナマ側のランチャは、場合によっては目的地にたどり着けずに、途中の島で止まってしまうこともあります。ある意味カリブの島々を回れるとも取れますが、思い通りに行かないことが十分にあります。ただ、島と島とを繋ぐランチャは確実にあるので、たどり着くことは可能です。
この方法は本当に陸路にこだわりのある人以外はオススメしません。特にミラマールから出発するメリットはほとんどありません。
実はポルトベーロにたまに貨物船が停泊していて、それでオバルディアまで行くこともできます。値段はガッツリ交渉制ですが、私の友人は逆ルートでUS$70ほどで行ったと言ってました。5日かかったそうですが（笑）
ざっとこんなもんです。
ぶっちゃけ、①か②が一番楽です。③は少しでも安く行きたい人だけにオススメします。④は陸路にこだわる変人だけにしかオススメできません。私は変人です！
ちなみに、逆ルートだとプエルト・オバルディアで貨物船が見つかりやすいんで、④が若干楽になります。
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追記：なんとパナマのコロンとコロンビアのカルタヘナを結ぶフェリーが2014年10月から運航してるようです！
【2015年1月更新】パナマ～コロンビア間のフェリー情報
リンク先では座席で99ドルと書いてあるので、こちらが最安でさらに楽な移動手段となりました。いや、便利な世の中になったね！
・・・と思ったら2016年現在運行していないそうです。