その頃、ランプを手に入れ損なったジャファーは自らの魔力でサルタンを操り、ジャスミンと結婚して王位に就こうとしていた。そこへアリ王子として現れたアラジンがジャスミンやサルタンに瞬く間に気に入られていくのを邪魔に思ったジャファーは、アリ王子を暗殺しようと目論んで、部下を使いアラジンを捕まえる。捕まったアラジンは顔に白い手拭いを巻かれて口を塞がれて声を出せなくされ、手足を重り付きの鎖で縛りあげられ、海の底に沈められてしまう。重りの重さで海底に沈むアラジンは呼吸ができなくなり気を失うが、偶然にもランプが手に触れたことで入浴中のジーニーが現れる。ジーニーは気絶しかけるアラジンに2つ目の願いごとをするように言うと、アラジンは無事命を救われた。それと同時にアラジンとジーニーは固い友情で結ばれた。アリ王子の暗殺に失敗した上に暗躍がバレたジャファーは失脚し、その犯行を暴いたアリ王子はジャスミンの結婚相手として大々的に告知される。順風満帆な未来が待つかに見えるアラジンだったが、ジーニーの魔法が解けて王子でないことがばれたらジャスミンに嫌われてしまうと不安を感じ、ジーニーに「君を自由にはできない」と言い出す。それを聞いたジーニーは怒ってランプの中に引き籠ってしまう。ジーニーに「本当のことを告げろ」と教えられたアラジンは遠慮なく本当のことをジャスミンに告げるため彼女の元へ向かうが、その隙を突かれてジャファーの手下のイアーゴにランプを奪われてしまう。イアーゴからランプを渡されてジーニーの新たな主人となったジャファーが、1つ目の願いでアグラバーの支配者になり、ジャスミンが相手が支配者であろうがどうしても逆らうことから2つ目の願いで自分を世界一の魔法使いにする。さらにジャファーは魔法でジャスミン達をいいようにする上にアラジンを元の姿に戻して冬山へ追放してしまう。
アラジンはジーニーを自由にしなかったことを後悔し、絨毯の助けを借りてアグラバーに戻る。そして、アグラバーの危機を救うべくジャファーに戦いを挑むが、手強い魔法を操り、遂には大蛇に変身したジャファーに巻き付かれて絞め殺されそうになる