アラジンはジーニーを自由にしなかったことを後悔し、絨毯の助けを借りてアグラバーに戻る。そして、アグラバーの危機を救うべくジャファーに戦いを挑むが、手強い魔法を操り、遂には大蛇に変身したジャファーに巻き付かれて絞め殺されそうになる。ジャファーの手強い魔法に圧倒されて追い詰められるアラジンはジーニーを見つめて策を閃き、「世界一の魔法使いとして我は世界で一番強い」と主張するジャファーに対して「ジーニーこそが本当に世界で一番強い」と煽り返す。それを聞いて今の自分は実質的には世界で二番目であるという事に気づいたジャファーは、最後の願いで真の世界最強の存在＝ジーニーになることを願う。赤いジーニーとなって最強の力を得たジャファーだったが、それはジーニーから教えられていたランプの魔人の制約である「脅威の力を持つ代わりに自由がない」ことを逆手にとったアラジンの作戦であった。アラジンの罠に嵌った結果、ジャファーはイアーゴを巻き添えにして専用のランプの中に閉じ込められ、ジーニーに砂漠の彼方へ投げ飛ばされ追放された。
ジャファーとの戦いを終えてアグラバーの平和を取り戻した後、アラジンはジャスミンに嘘をついたことを謝罪して反省し、最後の願いでジーニーをランプから解放させて自由の身にする。アラジンのアグラバーを救った勇気に感動したサルタンはジャスミンとの婚約を認め、自由になったジーニーはアラジンと別れて旅立ち、最後に幸せにアラジンとジャスミンは結ばれた。話のラストでジーニーが視聴者に「どうだった？」と質問して映画は幕を閉じる。
しかし、仕事を失ったナニはリロと引き離されることが決まってしまい、スティッチはジャンバに「お前には家族はいない」と告げられ、ジャンバとの戦いで家を壊されたリロにも拒絶されてしまう。626の確保に手こずるジャンバとプリークリーをクビにした銀河連邦議長はガントゥ大尉を送り込むが、手違いでリロだけがガントゥ大尉に連れ去られてしまう。スティッチはナニ、ジャンバ、プリークリーを連れてリロの救出に向かった。