エンドファイト（内生菌）は植物体内で共生的に生活している真菌や細菌のことで，endo(within)とphyte(plant)からの造語である．広義には，根粒菌や菌根菌もエンドファイトに含まれるが，一般にはイネ科植物に寄生する麦角病菌科の真菌を指すことが多い．家畜の中毒との関連では，トールフェスクに寄生するNeotyphodium（以前はAcremoniumと呼ばれていた） coenophialumとペレニアルライグラスに寄生するN. loliiが問題となる．
エンドファイトは種々の生理活性物質を産生し，これらの働きによってエンドファイトに感染した植物が病害虫に対して抵抗性になったり，環境ストレスに対して耐性になったりする．このため，植物への有用形質付与にエンドファイトが利用されている．特に芝草はエンドファイトによる虫害防除効果を活用しており，エンドファイト感染種であることが商品価値を高めている．
一方，エンドファイトは動物に有害な物質も産生する．アメリカやニュージランドで問題になっているフェスクトキシコーシス（fescue toxicosis）やライグラススタッガー（ryegrass stagger）は，トールフェスクやペレニアルライグラスに感染したエンドファイトが産生する毒素が原因であることが明らかになっている．
現在，オレゴン州から輸入されているライグラスあるいはフェスクのストローは，芝草用の種子を取ったあとのストローがほとんどであるから，ほとんどがエンドファイトに感染したペレニアルライグラスやトールフェスクのストローであろうと思われる．使用にあたっては十分な注意が必要である．
植物の体内に入り込む微生物。「クローズアップ現代」で紹介
