このサイトの記事に
（PPPoEの）”混雑の原因となる「IDとパスワードによる認証」が不要だから混雑しない”
と書かれてますがそもそもPPPoEは接続を確立するためのプロトコルであって
その後はIPパケットなどで通信されます
OSI参照モデルでPPPはデータリンク層でありプロバイダから
ルータのWANにIPが振り分けられるまでだと認識してます
そもそもIPv4のパケットのヘッダにも問題があります
TTL という生存期間を定めたものがありルータを通過するたびに減算されます
ヘッダにはチェックサムもありルータを通過するたびに再計算しなければならない
この負担が原因の一つだと思います
IPv6 は色々改善されルータ通過時の負担は IPv4 より軽いです
PPPoE も IPoE もフレッツ網終端装置がやってる事は同じでISPやVNEへの出入口
圧倒的に利用者が多いISPが混雑するのは当たり前
IPoE はまだ利用者が少ないし今後力を入れていくだろうから速いというのが結論です
>>追記
下記のサイトの説明がわかりやすいです
https://www.denet.ad.jp/technology/2018/03/ntt-flets.html